Locus 10140

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,217,638 – 27,217,743
Length 105
Max. P 0.781023
window16140 window16141

overview

Window 0

Location 27,217,638 – 27,217,743
Length 105
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.28
Mean single sequence MFE -30.90
Consensus MFE -17.37
Energy contribution -17.54
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.722179
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27217638 105 + 27905053
AC-UUGGGAAAAGGAGUUUCACUAGACAUCACAA--GUGC-------UGGAUGAUUAUUUAGUCAAACUUCUAGUCCCCGGAAAUGCUCGGCUCCGAAGCACUGAUAUACUGGAU
.(-(.((((..((((((((.((((((((((.((.--....-------))))))....)))))).))))))))..)))).))...((((((....)).)))).............. ( -31.10)
>DroSec_CAF1 31071 105 + 1
AC-UUGGGAAAAGGAGUUUCACUAGACAUCACAA--GUGC-------CGGAUGAUUAUUUAGUCAAACUUCUAGUCCCCGGAAAUGCUCGGCUCCGACGCACUGAUAUACUGGAU
.(-(.((((..((((((((.((((((((((.(..--....-------.)))))....)))))).))))))))..)))).))...((((((....))).))).............. ( -29.70)
>DroSim_CAF1 32025 105 + 1
AC-UUGGGAAAAGGAGUUUCACUAGACAUCACAA--GUGC-------CGGAUGAUUAUUUAGUCAAACUUCUAGUCCCCGGAAAUGCUCGGCUCCGACGCACUGAUAUACUGGAU
.(-(.((((..((((((((.((((((((((.(..--....-------.)))))....)))))).))))))))..)))).))...((((((....))).))).............. ( -29.70)
>DroEre_CAF1 34433 104 + 1
CC-CUGGGAAAAGGAGUUUCACUACACAUCACAA--GAGC-------AGGAUGAC-AUUUAGCUAAACUUCUAGUCCCCCGAAACGCUGGAGUCCGACGUACUGAUGUACUGGAU
..-..((((..((((((((..(((..((((.(..--....-------.)))))..-...)))..))))))))..))))(((......))).(((((..((((....))))))))) ( -25.70)
>DroYak_CAF1 32232 104 + 1
AC-UUGGGAAAAGGAGUUUCACUAGACAUCACAA--GUGU-------GGGAUGAC-AUUUAGUUAAACUUCUAGUCCCCCGAAACGCUGGAGUCCGAUGCACCGAUAUACUGGAU
..-..((((..((((((((.((((((((((.((.--...)-------).))))..-.)))))).))))))))..))))(((......))).(((((.((........)).))))) ( -26.70)
>DroAna_CAF1 34549 115 + 1
ACAUUCGGAAUACAAGUUUAUGGAGAUGCUGCUGGAGUACUUGGUACUCCAGGGUCAUCUGCAUAAACCUCUAUUCCUCGGUCAUUUUCGAAUCCUGGGCAGUGAUGUACUGAAU
..((((((((((...(((((((.(((((.(.(((((((((...))))))))).).))))).)))))))...))))))...((((((((((.....)))).)))))).....)))) ( -42.50)
>consensus
AC_UUGGGAAAAGGAGUUUCACUAGACAUCACAA__GUGC_______CGGAUGAUUAUUUAGUCAAACUUCUAGUCCCCGGAAAUGCUCGACUCCGACGCACUGAUAUACUGGAU
.....((((..((((((((.((((((((((...................))))....)))))).))))))))..))))(((......)))......................... (-17.37 = -17.54 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 27,217,638 – 27,217,743
Length 105
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.28
Mean single sequence MFE -29.67
Consensus MFE -19.26
Energy contribution -18.35
Covariance contribution -0.91
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.781023
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27217638 105 - 27905053
AUCCAGUAUAUCAGUGCUUCGGAGCCGAGCAUUUCCGGGGACUAGAAGUUUGACUAAAUAAUCAUCCA-------GCAC--UUGUGAUGUCUAGUGAAACUCCUUUUCCCAA-GU
............((((((.((....))))))))....((((..((.(((((.((((....(((((...-------....--..)))))...)))).))))).))..))))..-.. ( -27.60)
>DroSec_CAF1 31071 105 - 1
AUCCAGUAUAUCAGUGCGUCGGAGCCGAGCAUUUCCGGGGACUAGAAGUUUGACUAAAUAAUCAUCCG-------GCAC--UUGUGAUGUCUAGUGAAACUCCUUUUCCCAA-GU
............(((((.(((....))))))))....((((..((.(((((.((((....(((((...-------....--..)))))...)))).))))).))..))))..-.. ( -27.60)
>DroSim_CAF1 32025 105 - 1
AUCCAGUAUAUCAGUGCGUCGGAGCCGAGCAUUUCCGGGGACUAGAAGUUUGACUAAAUAAUCAUCCG-------GCAC--UUGUGAUGUCUAGUGAAACUCCUUUUCCCAA-GU
............(((((.(((....))))))))....((((..((.(((((.((((....(((((...-------....--..)))))...)))).))))).))..))))..-.. ( -27.60)
>DroEre_CAF1 34433 104 - 1
AUCCAGUACAUCAGUACGUCGGACUCCAGCGUUUCGGGGGACUAGAAGUUUAGCUAAAU-GUCAUCCU-------GCUC--UUGUGAUGUGUAGUGAAACUCCUUUUCCCAG-GG
..((.((((....)))).((((((......).)))))((((..((.(((((.((((.((-(((((...-------....--..))))))).)))).))))).))..)))).)-). ( -27.40)
>DroYak_CAF1 32232 104 - 1
AUCCAGUAUAUCGGUGCAUCGGACUCCAGCGUUUCGGGGGACUAGAAGUUUAACUAAAU-GUCAUCCC-------ACAC--UUGUGAUGUCUAGUGAAACUCCUUUUCCCAA-GU
.(((.((((....))))...)))..((........))((((..((.(((((.((((.((-(((((...-------....--..))))))).)))).))))).))..))))..-.. ( -24.20)
>DroAna_CAF1 34549 115 - 1
AUUCAGUACAUCACUGCCCAGGAUUCGAAAAUGACCGAGGAAUAGAGGUUUAUGCAGAUGACCCUGGAGUACCAAGUACUCCAGCAGCAUCUCCAUAAACUUGUAUUCCGAAUGU
((((.....(((.((....)))))(((........)))((((((.(((((((((.(((((...(((((((((...)))))))))...))))).))))))))).)))))))))).. ( -43.60)
>consensus
AUCCAGUAUAUCAGUGCGUCGGAGCCGAGCAUUUCCGGGGACUAGAAGUUUAACUAAAUAAUCAUCCA_______GCAC__UUGUGAUGUCUAGUGAAACUCCUUUUCCCAA_GU
.(((.((((....))))...)))..((........))((((..((.(((((.((((....(((((..................)))))...)))).))))).))..))))..... (-19.26 = -18.35 +  -0.91)

alignment

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