Locus 10092

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,043,437 – 27,043,649
Length 212
Max. P 0.888795
window16067 window16068 window16069 window16070

overview

Window 7

Location 27,043,437 – 27,043,529
Length 92
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.97
Mean single sequence MFE -31.33
Consensus MFE -27.65
Energy contribution -27.23
Covariance contribution -0.41
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.656153
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27043437 92 - 27905053
GCGUGACAUUGACUCGGCCGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCCGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUAUGUAUUGGUUU-----CGUUGGGCAC----
((((((((((((((((((((((((.....)))))).....))))....)))))))))))).(((.(((((....))))).))-----).....))..---- ( -35.20)
>DroVir_CAF1 131936 97 - 1
GCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGUUCCGGUUCGUAUUGGUUACCAAUUGUUAAGCGU----
((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......))))))))))))))((((.(((((....)))))..))))........))..---- ( -34.60)
>DroPse_CAF1 102906 91 - 1
CCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUUCGUAUUGGUUU-----UGUUGUUAC-----
((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).))..(((((....)))))...-----.........----- ( -28.40)
>DroWil_CAF1 99920 85 - 1
GCGCGAUAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGUUCCGGUUCGUAUUGGUUG-----C------CA-----
..((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).(((.(((((....)))))..)-----)------).----- ( -31.70)
>DroMoj_CAF1 123821 97 - 1
GCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGUUCCGGUUCGUAUUGGUUU----UCGUUAAGCUUUCGA
((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).((..(((((....)))))...----)).....))...... ( -29.70)
>DroPer_CAF1 96620 91 - 1
CCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUUCGUAUUGGUUU-----UGUUGUUAC-----
((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).))..(((((....)))))...-----.........----- ( -28.40)
>consensus
GCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUUCGUAUUGGUUU_____CGUUGAGCA_____
..((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).....(((((....)))))...................... (-27.65 = -27.23 +  -0.41)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 27,043,489 – 27,043,609
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.00
Mean single sequence MFE -33.57
Consensus MFE -32.36
Energy contribution -32.42
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.04
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.888795
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27043489 120 - 27905053
AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCCGUUGCAUUGCUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCACGCGUGACAUUGACUCGGCCGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((.((.((((.((........((((....))))....)).)))).))...(((((......))))).((((((((..........))))).)))((((((.....))))))))))) ( -36.20)
>DroPse_CAF1 102957 120 - 1
AGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCACCCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((((((((((.((((((((..((((....))))..)).))).....(((((((((......))))......((((....))))..))))).))).))))).......))).))))) ( -34.41)
>DroGri_CAF1 125569 120 - 1
AGCCAAACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCACCAGUCACGCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((..((((((.((.(((((..((((....))))..)).)))...(..((((((((......))))......((((....))))..))))..))).))))))....)))))...... ( -31.90)
>DroWil_CAF1 99965 120 - 1
AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCUCCAGUCACGCGCGAUAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((.....(((((.((((............((.(((....))).))..((((((((......))))).....((.....))))).))))..)))))(((((.....))))).))))) ( -29.60)
>DroAna_CAF1 102111 120 - 1
AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACUCCCGUUGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCACGCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAGUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((.....(((((..(((((..((((....))))..)).))).....(((((((((......))))......((((....))))..))))))))))(((((.....))))).))))) ( -34.90)
>DroPer_CAF1 96671 120 - 1
AGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCACCCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((((((((((.((((((((..((((....))))..)).))).....(((((((((......))))......((((....))))..))))).))).))))).......))).))))) ( -34.41)
>consensus
AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCACGCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU
.(((((.....(((((.((((............((.(((....))).)).....(((((......))))).....((((....)))).))))..)))))(((((.....))))).))))) (-32.36 = -32.42 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 27,043,529 – 27,043,649
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.61
Mean single sequence MFE -45.27
Consensus MFE -39.50
Energy contribution -39.50
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.551754
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27043529 120 + 27905053
GUGACUGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGCAAUGCAACGGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUCUGGCUCUGGCUGAUGAUGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC
(((.((.((.(((((......)))))((((..(((((((((((((((....)))))))).......((((..(((.(((....))))))..))))))))).))..)))))).)))))... ( -44.80)
>DroVir_CAF1 132033 120 + 1
GUGACUGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGUAAUGCUACGGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUUUGGCUCUGGCUGAUAACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUAUUGC
((((((....(((((......)))))...((((((((....))))))))((((.((((..(...((((((.((.....)).))))))...)..)))).))))...))))))......... ( -48.80)
>DroPse_CAF1 102997 120 + 1
GUGACGGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUUUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAGGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC
....(((...(((((......))))).(((((((((((.((((((((....))))))))))(((((((((..(.....)..))((((....)))))))))))....))))))))).))). ( -44.70)
>DroGri_CAF1 125609 120 + 1
GUGACUGGUGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUUUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUAUUGC
(((((((((.(((((......))))).))).((.(((....))).))..((((.((((..(.(.((((((.((.....)).)))))).).)..)))).))))...))))))......... ( -44.60)
>DroWil_CAF1 100005 120 + 1
GUGACUGGAGAGGUCUGGAAUGACCUGAUUUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUAUUGC
..........(((((......))))).(((((((((((.((((((((....))))))))))((((((((...(((.(((....)))...))).).)))))))....)))))))))..... ( -44.00)
>DroPer_CAF1 96711 120 + 1
GUGACGGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUUUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAGGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC
....(((...(((((......))))).(((((((((((.((((((((....))))))))))(((((((((..(.....)..))((((....)))))))))))....))))))))).))). ( -44.70)
>consensus
GUGACUGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC
(((((((...(((((......)))))....((.((((((((((((((....))))))))(((..((((((.((.....)).))))))....))).)))))))).)))))))......... (-39.50 = -39.50 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 27,043,529 – 27,043,649
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.61
Mean single sequence MFE -31.50
Consensus MFE -27.72
Energy contribution -27.25
Covariance contribution -0.47
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.605716
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27043529 120 - 27905053
GCAGUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCAUCAUCAGCCAGAGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCCGUUGCAUUGCUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCAC
((((((..((((((...(((((.(......)....(((((((.....))))))).)))))(....).......)))))).))))))....(((((((((......))))).)...))).. ( -34.00)
>DroVir_CAF1 132033 120 - 1
GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUUAUCAGCCAGAGCCAAACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCCGUAGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCAC
.....(((.((((...(((((((((...)))....(((((((.....))))))).))))))............((.(((....))).))......((((......)))))))).)))... ( -30.80)
>DroPse_CAF1 102997 120 - 1
GCAGUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCAC
((((((..((((((...(((((.(.((((...((.((....))..))...))))))))))(....).......)))))).))))))........(((((......))))).......... ( -32.40)
>DroGri_CAF1 125609 120 - 1
GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAAACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCACCAGUCAC
(((.....)))((((.((((((......(....).(((((((.....))))))).))))))............((.(((....))).))......))))......(((.......))).. ( -29.70)
>DroWil_CAF1 100005 120 - 1
GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCUCCAGUCAC
(((.....)))((((.((((((......(....).(((((((.....))))))).))))))............((.(((....))).))......))))......(((.......))).. ( -29.70)
>DroPer_CAF1 96711 120 - 1
GCAGUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCAC
((((((..((((((...(((((.(.((((...((.((....))..))...))))))))))(....).......)))))).))))))........(((((......))))).......... ( -32.40)
>consensus
GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCAC
((((...))))((((.((((((.(.((........))).(.(((((...))))))))))))............((.(((....))).))......))))......(((.......))).. (-27.72 = -27.25 +  -0.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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