Locus 976

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,908,027 – 2,908,138
Length 111
Max. P 0.875436
window1504 window1505

overview

Window 4

Location 2,908,027 – 2,908,138
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.48
Mean single sequence MFE -48.27
Consensus MFE -20.65
Energy contribution -21.79
Covariance contribution 1.14
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.567535
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2908027 111 + 23771897
GGAUCUCUACCAGCAGCUGGCGGUGCUGCUUAUCACCUUGGGCCAGCUAAUCCCGCAGGCC---------UCGUUUCUCGUCACUUGGAUUACGGUGAUGGCGGCCACCUUGCUGGCCCA
.........(((((((.....(((((((((.((((((..(((((.((.......)).))))---------).((.(((........)))..))))))))))))).))))))))))).... ( -41.50)
>DroVir_CAF1 197044 120 + 1
GGAACUGUCACAGCAGCUGGCGGCGCUGCUUAUAACGGUGGCGCAGCUGCUGCCGGCGGCGCUGUUAUCCUCAACAAUCGCCACAUGGAUUAUGCUGAUGGCGUCGGCAUUGCUGGCCCA
((....(((((((((((((((((((((((((((....)))).))))).)))))))))((((.((((......))))..))))..........))))).))))((((((...)))))))). ( -56.40)
>DroPse_CAF1 171886 120 + 1
GGACCUGUGGCAGCAGCUGGCUGCCCUGCUUAUAACAUUGGGCCAGGUGCUGCCGGCGGCCCAAUGGUCCUCAACAAUCGUCACAUGGACUAUGCUGAUGGCGGCCACCCUGCUGGCCCA
......(.((((((((.((((((((..((......(((((((((.((.....))...)))))))))((((................))))...))....))))))))..))))).)))). ( -52.99)
>DroWil_CAF1 144513 120 + 1
GGAUCUGUCCCAACAGCUGGCAGUGGUGCUUAUAACAUUGGCCCAAAUGUUGCCGGCGGCCCACUUGUCCUCAACAAUCGUCACCUGGAUUAUGCUGAUGGCAGCCACAUUGGUGGCCCA
((.......(((.((((.((((((((((((..(((((((......)))))))..))))..)))).))))......((((........))))..)))).)))..(((((....))))))). ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 189822 120 + 1
GGAGCUGUCACAGCAGCUGGCGGCGGUGCUUAUAACAGUGGGCCAACUGUUGCCGGCGGCGCUGUUGUCGCCAACAAUCGGCACUUGGAUUAUGCUGAUGGCAUCGGCAUUGCUGGCCCA
((((((((....))))))(.((((((((((.((((((((......))))))((((((((((....)))))))....(((((((.........)))))))))))).)))))))))).))). ( -54.40)
>DroAna_CAF1 138881 99 + 1
GGAUCUGUCGCAGCAGGUGGCGGCGCUGGUUAUCACCUUGGACCUGCUGGUGCCGC---------------------UCGCCACCUGGAUUAUCCUGAUGGCGGCCACCUUGCUGGCCCA
..........((((((((((((((((..((..((......))...))..)))))..---------------------.(((((.(.((.....)).).))))))))))).)))))..... ( -46.50)
>consensus
GGAUCUGUCACAGCAGCUGGCGGCGCUGCUUAUAACAUUGGGCCAGCUGCUGCCGGCGGCCC__UUGUCCUCAACAAUCGUCACAUGGAUUAUGCUGAUGGCGGCCACAUUGCUGGCCCA
..........((((((((((((((((((...............)))).)))))))))......................((((...((......))..))))........)))))..... (-20.65 = -21.79 +   1.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 2,908,027 – 2,908,138
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.48
Mean single sequence MFE -48.38
Consensus MFE -17.76
Energy contribution -20.07
Covariance contribution 2.31
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.36
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.875436
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2908027 111 - 23771897
UGGGCCAGCAAGGUGGCCGCCAUCACCGUAAUCCAAGUGACGAGAAACGA---------GGCCUGCGGGAUUAGCUGGCCCAAGGUGAUAAGCAGCACCGCCAGCUGCUGGUAGAGAUCC
(((((((((..(((((...))))).(((((..((..((........))..---------))..))))).....))))))))).((((........))))(((((...)))))........ ( -45.30)
>DroVir_CAF1 197044 120 - 1
UGGGCCAGCAAUGCCGACGCCAUCAGCAUAAUCCAUGUGGCGAUUGUUGAGGAUAACAGCGCCGCCGGCAGCAGCUGCGCCACCGUUAUAAGCAGCGCCGCCAGCUGCUGUGACAGUUCC
..(((((((..(((((..((.....)).........((((((.((((((....)))))))))))))))))...)))).)))...((((((.(((((.......)))))))))))...... ( -50.40)
>DroPse_CAF1 171886 120 - 1
UGGGCCAGCAGGGUGGCCGCCAUCAGCAUAGUCCAUGUGACGAUUGUUGAGGACCAUUGGGCCGCCGGCAGCACCUGGCCCAAUGUUAUAAGCAGGGCAGCCAGCUGCUGCCACAGGUCC
.(((((.....(((((((.((.((((((..(((.....)))...)))))))).......)))))))(((((((.(((((((..(((.....))).))..))))).)))))))...))))) ( -58.30)
>DroWil_CAF1 144513 120 - 1
UGGGCCACCAAUGUGGCUGCCAUCAGCAUAAUCCAGGUGACGAUUGUUGAGGACAAGUGGGCCGCCGGCAACAUUUGGGCCAAUGUUAUAAGCACCACUGCCAGCUGUUGGGACAGAUCC
..((((((....)))))).(((.((((((((((..(....)))))))...((...((((((((...)))((((((......)))))).......))))).)).)))).)))......... ( -39.40)
>DroMoj_CAF1 189822 120 - 1
UGGGCCAGCAAUGCCGAUGCCAUCAGCAUAAUCCAAGUGCCGAUUGUUGGCGACAACAGCGCCGCCGGCAACAGUUGGCCCACUGUUAUAAGCACCGCCGCCAGCUGCUGUGACAGCUCC
(((((((((..(((((((((.....)))).......(((.((.((((((....)))))))).))))))))...)))))))))((((((((.(((..((.....))))))))))))).... ( -51.30)
>DroAna_CAF1 138881 99 - 1
UGGGCCAGCAAGGUGGCCGCCAUCAGGAUAAUCCAGGUGGCGA---------------------GCGGCACCAGCAGGUCCAAGGUGAUAACCAGCGCCGCCACCUGCUGCGACAGAUCC
((..((((((.(((((((((((((.((.....)).))))))).---------------------((((.(((....)))))..(((....))).))...))))))))))).).))..... ( -45.60)
>consensus
UGGGCCAGCAAGGUGGCCGCCAUCAGCAUAAUCCAAGUGACGAUUGUUGAGGACAA__GGGCCGCCGGCAACAGCUGGCCCAAUGUUAUAAGCAGCGCCGCCAGCUGCUGCGACAGAUCC
(((((((((........((.(((.............))).))..................((.....))....)))))))))..(((...((((((.......))))))..)))...... (-17.76 = -20.07 +   2.31)

alignment

Postscript

secondary structure

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