Locus 8737

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	22,806,457 – 22,806,553
Length	96
Max. P	0.642162

overview

Window 8

Location	22,806,457 – 22,806,553
Length	96
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.32
Mean single sequence MFE	-34.76
Consensus MFE	-20.96
Energy contribution	-21.60
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.631746
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22806457 96 + 23771897
GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCUGUGGCCGACUCCGAGCUCAAGGAGGUAGUGGUUGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU
(((((....((((((((.(.(((((((......))))))))))).((((........)))).(((((.....)))))...)))))..))))).... ( -39.60)
>DroPse_CAF1 89297 96 + 1
GUGCAUAGCUCCCCUUGAGGCGGAACUGGCGUUGUCCGUACCCGAUCCUACGCUCAAAGAAGUCAUUGUGGACACCAGCUGCGGAGCUGCUCUGCU
..((((((((((.(....)((((..((((...((((((((........)))(((......)))......))))))))))))))))))))...))). ( -27.10)
>DroSec_CAF1 68506 96 + 1
GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCUGUGGCCGACUCCGAACUGAAGGAGGUAGUGGUUGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU
(((((....((((((((.(.(((((((......))))))))))).((((........)))).(((((.....)))))...)))))..))))).... ( -39.60)
>DroSim_CAF1 71380 96 + 1
GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCUGUGGCCGACUCCGAGCUGAAGGAGGUAGUGGUUGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU
(((((....((((((((.(.(((((((......))))))))))).((((........)))).(((((.....)))))...)))))..))))).... ( -39.60)
>DroEre_CAF1 71603 96 + 1
GUGCAUUGAUCCGCUAGAGUCACAGCUUACCAAAGCCCAUGCCGACUCCGAGCUCAAGGAGAUAAUGGUGGACACUAACUGCGGAGCAGCACUACU
((((..((.((((((((.(((.((((((....))))((((.....((((........))))...))))))))).)))...))))).)))))).... ( -30.70)
>DroYak_CAF1 71332 96 + 1
GUGCAUUGAUCCGCUAGACUCACGGCUUACCAAAGCCCAUGCCGACUCCAAGCUUAAGGAGAUAAUGGUGGACAGUAGCUGCGGAGCUGCACUAUU
((((((((.(((((((......((((..............)))).((((........))))....)))))))))))((((....)))))))).... ( -31.94)
>consensus
GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCCGUGGCCGACUCCGAGCUCAAGGAGGUAAUGGUGGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU
(((((....(((((.........((((......))))..(((((.((((........))))....)))))..........)))))..))))).... (-20.96 = -21.60 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	22,806,457 – 22,806,553
Length	96
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.32
Mean single sequence MFE	-35.02
Consensus MFE	-22.06
Energy contribution	-21.95
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.642162
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22806457 96 - 23771897
AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUGAGCUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC
....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((((((((((....)))))))).)))..)))))....))))) ( -38.00)
>DroPse_CAF1 89297 96 - 1
AGCAGAGCAGCUCCGCAGCUGGUGUCCACAAUGACUUCUUUGAGCGUAGGAUCGGGUACGGACAACGCCAGUUCCGCCUCAAGGGGAGCUAUGCAC
.(((....(((((((.(((((((((((....(((.((((........))))))).....))))...))))))).).((....)))))))).))).. ( -32.00)
>DroSec_CAF1 68506 96 - 1
AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUCAGUUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC
....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((((((((((....)))))))).)))..)))))....))))) ( -38.00)
>DroSim_CAF1 71380 96 - 1
AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUCAGCUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC
....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((((((((((....)))))))).)))..)))))....))))) ( -38.00)
>DroEre_CAF1 71603 96 - 1
AGUAGUGCUGCUCCGCAGUUAGUGUCCACCAUUAUCUCCUUGAGCUCGGAGUCGGCAUGGGCUUUGGUAAGCUGUGACUCUAGCGGAUCAAUGCAC
....(((((((((((.((((((((.....)))))((.....)))))))))).))))))..((.(((((..((((......))))..))))).)).. ( -31.00)
>DroYak_CAF1 71332 96 - 1
AAUAGUGCAGCUCCGCAGCUACUGUCCACCAUUAUCUCCUUAAGCUUGGAGUCGGCAUGGGCUUUGGUAAGCCGUGAGUCUAGCGGAUCAAUGCAC
....(((((..(((((.((((..(((((((.....((((........))))..))..)))))..)))).((.(....).)).)))))....))))) ( -33.10)
>consensus
AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUGAGCUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC
....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((...(((((....)))))....)))..)))))....))))) (-22.06 = -21.95 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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