Locus 870

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	2,614,955 – 2,615,112
Length	157
Max. P	0.998653

overview

Window 9

Location	2,614,955 – 2,615,075
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.25
Mean single sequence MFE	-36.63
Consensus MFE	-26.87
Energy contribution	-27.63
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-3.88
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	3.17
SVM RNA-class probability	0.998653
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2614955 120 + 23771897
UCAACAGUAAGCAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCCUAACAGUGCUGCCCAUCUACAAUUGGUUUUCAGGCAGCACUAUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCGGUGCUAUCGA
.........((((((......(((((((.(((.(((((....(((((((((.....((.....)).....)))))))))........)))))...))).)))))))...))))))..... ( -36.20)
>DroSec_CAF1 13164 118 + 1
CUAGCAGGAACCAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCUUAACAGUGCUGCCCAUCUGCAAUU--UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAAUGUUAUCGA
.(((((((((....))))...(((((((.(((.((((((((.((((((((((((........--...))))))))))))))).....)))))...))).))))))).....))))).... ( -37.50)
>DroSim_CAF1 16003 120 + 1
CUAGCAGGAACCAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCUUAACAGUGCUGCCCAUCUACAAAUUUUUAAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGAACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGA
.(((((((((....))))...(((((((.((((((((((((.((((((((((((.............))))))))))))))).....))))))..))).))))))).....))))).... ( -38.32)
>DroEre_CAF1 13819 117 + 1
CUAGUUUCAAACAUUUUCAAAAAGUAACGGCUGUUGCCUAACAGUGCUGCCCUGCUACCAUU--UUUAUGGGCAGCACU-UGCACACGCCAGUACAGCUGUUAUAAAUGAGUGUUAUCGA
.........(((((((.......(((((((((((.((.....((((((((((..........--.....))))))))))-.((....))..)))))))))))))....)))))))..... ( -38.46)
>DroYak_CAF1 17140 112 + 1
CUAGUUUCAAACAUUUUCAAAAAGUAACCGUUUUUACUUAACAGUGCUGCCCUUCAACAAUU--CUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGUAGUACAGCUGUU------CGGUGCUAUCGA
.....................((((((......))))))...((((((((((..........--.....)))))))))).......(((((((((.......------..))))))))). ( -32.66)
>consensus
CUAGCAGCAAACAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCUUAACAGUGCUGCCCAUCUACAAUU__UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGA
.....................(((((((.(((.(((((....((((((((((.................))))))))))........)))))...))).))))))).............. (-26.87 = -27.63 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	2,614,955 – 2,615,075
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.25
Mean single sequence MFE	-37.56
Consensus MFE	-28.61
Energy contribution	-28.57
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-3.02
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	2.53
SVM RNA-class probability	0.994950
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2614955 120 - 23771897
UCGAUAGCACCGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAUAGUGCUGCCUGAAAACCAAUUGUAGAUGGGCAGCACUGUUAGGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGCUUACUGUUGA
(((((((((.(((.(((((((.(((....((((......(((((((((((((...((.....))...)))))))))))))..))))..))).))))))).)))....))))....))))) ( -41.40)
>DroSec_CAF1 13164 118 - 1
UCGAUAACAUUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA--AAUUGCAGAUGGGCAGCACUGUUAAGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGGUUCCUGCUAG
.........(..(.(((((((.(((((((......))))..((((((((((((...--........))))))))))))..........))).))))))).)..)...((((....)))). ( -39.70)
>DroSim_CAF1 16003 120 - 1
UCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUUCUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUUAAAAAUUUGUAGAUGGGCAGCACUGUUAAGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGGUUCCUGCUAG
((((.(((((((........))).))))..(((((.(((..(((((((((((((...........))))))))))))).....)))...)))))......))))...((((....)))). ( -38.80)
>DroEre_CAF1 13819 117 - 1
UCGAUAACACUCAUUUAUAACAGCUGUACUGGCGUGUGCA-AGUGCUGCCCAUAAA--AAUGGUAGCAGGGCAGCACUGUUAGGCAACAGCCGUUACUUUUUGAAAAUGUUUGAAACUAG
.......((..(((((.(((.....(((.((((...(((.-((((((((((.....--..........)))))))))).....)))...)))).)))...))).)))))..))....... ( -35.76)
>DroYak_CAF1 17140 112 - 1
UCGAUAGCACCG------AACAGCUGUACUACCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAG--AAUUGUUGAAGGGCAGCACUGUUAAGUAAAAACGGUUACUUUUUGAAAAUGUUUGAAACUAG
....(((...((------((((.(.(((..(((((.(((..((((((((((.....--..........)))))))))).....)))...)))))))).....)....))))))...))). ( -32.16)
>consensus
UCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA__AAUUGUAGAUGGGCAGCACUGUUAAGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGGUUCCUGCUAG
....................(((..(((..(((((.(((..((((((((((.................)))))))))).....)))...))))))))...)))................. (-28.61 = -28.57 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	2,614,995 – 2,615,112
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.12
Mean single sequence MFE	-31.99
Consensus MFE	-24.19
Energy contribution	-24.55
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.79
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	2.20
SVM RNA-class probability	0.990078
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2614995 117 + 23771897
ACAGUGCUGCCCAUCUACAAUUGGUUUUCAGGCAGCACUAUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCGGUGCUAUCGAUAAAU--AUCAAGGACUCAAAAA-UUGGGACUAAUAAUAU
..(((((((((.....((.....)).....)))))))))......(((((......)))))...((((((((...))))))))..--.....((.((((....-.)))).))........ ( -29.20)
>DroSec_CAF1 13204 117 + 1
ACAGUGCUGCCCAUCUGCAAUU--UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAAUGUUAUCGAUUAAUAUAACAAGGACUCUAAAA-UUGGGACUAAAAGUAU
..((((((((((((........--...))))))))))))......(((((......)))))(((((.((..((((((........))))))..))(((.....-..))).....))))). ( -33.30)
>DroSim_CAF1 16043 117 + 1
ACAGUGCUGCCCAUCUACAAAUUUUUAAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGAACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGAUUAAU--AACAAGGACUCAAAAA-UUGGGACUAAAAGUAU
..((((((((((((.............))))))))))))......(((((......)))))(((((.((..((((((......))--))))..))((((....-.)))).....))))). ( -35.62)
>DroEre_CAF1 13859 115 + 1
ACAGUGCUGCCCUGCUACCAUU--UUUAUGGGCAGCACU-UGCACACGCCAGUACAGCUGUUAUAAAUGAGUGUUAUCGAUGAAU--AACAAGGACUCGAAAAAGUGACACUAAAAGUAU
..((((((((((..........--.....))))))))))-(((((....(((.....))).......((((((((((......))--)))....))))).....))).)).......... ( -29.06)
>DroYak_CAF1 17180 110 + 1
ACAGUGCUGCCCUUCAACAAUU--CUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGUAGUACAGCUGUU------CGGUGCUAUCGAUAAAU--AACAAGGACCCAAAUAUAUGGCACUAAAAGUAU
..((((((((((..........--.....)))))))))).(((...(((((((((.......------..)))))))))......--....((...(((......)))..))....))). ( -32.76)
>consensus
ACAGUGCUGCCCAUCUACAAUU__UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGAUAAAU__AACAAGGACUCAAAAA_UUGGGACUAAAAGUAU
..((((((((((.................))))))))))..(((((((((......))))).........))))..................((.((((......)))).))........ (-24.19 = -24.55 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	2,614,995 – 2,615,112
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.12
Mean single sequence MFE	-32.42
Consensus MFE	-22.73
Energy contribution	-22.53
Covariance contribution	-0.20
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.920307
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2614995 117 - 23771897
AUAUUAUUAGUCCCAA-UUUUUGAGUCCUUGAU--AUUUAUCGAUAGCACCGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAUAGUGCUGCCUGAAAACCAAUUGUAGAUGGGCAGCACUGU
................-......(((...((.(--((((((((.......))))))))).)))))((((......))))(((((((((((((...((.....))...))))))))))))) ( -31.70)
>DroSec_CAF1 13204 117 - 1
AUACUUUUAGUCCCAA-UUUUAGAGUCCUUGUUAUAUUAAUCGAUAACAUUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA--AAUUGCAGAUGGGCAGCACUGU
.(((((((((......-..)))))(((..((((((........))))))..))).)))).....(((((......))))).((((((((((((...--........)))))))))))).. ( -33.70)
>DroSim_CAF1 16043 117 - 1
AUACUUUUAGUCCCAA-UUUUUGAGUCCUUGUU--AUUAAUCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUUCUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUUAAAAAUUUGUAGAUGGGCAGCACUGU
................-.......(((..((((--(((....)))))))..)))..(((((.((......)).)).)))..(((((((((((((...........))))))))))))).. ( -33.30)
>DroEre_CAF1 13859 115 - 1
AUACUUUUAGUGUCACUUUUUCGAGUCCUUGUU--AUUCAUCGAUAACACUCAUUUAUAACAGCUGUACUGGCGUGUGCA-AGUGCUGCCCAUAAA--AAUGGUAGCAGGGCAGCACUGU
.........(((.(((......((((....(((--(((....))))))))))..........(((.....))))))))).-((((((((((.....--..........)))))))))).. ( -31.46)
>DroYak_CAF1 17180 110 - 1
AUACUUUUAGUGCCAUAUAUUUGGGUCCUUGUU--AUUUAUCGAUAGCACCG------AACAGCUGUACUACCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAG--AAUUGUUGAAGGGCAGCACUGU
((((...((((((......(((((.....((((--(((....))))))))))------)).....))))))..))))....((((((((((.....--..........)))))))))).. ( -31.96)
>consensus
AUACUUUUAGUCCCAA_UUUUUGAGUCCUUGUU__AUUAAUCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA__AAUUGUAGAUGGGCAGCACUGU
........................((..(((..........)))..))................(((((......))))).((((((((((.................)))))))))).. (-22.73 = -22.53 +  -0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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