Locus 8609

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 22,400,954 – 22,401,056
Length 102
Max. P 0.805142
window14106

overview

Window 6

Location 22,400,954 – 22,401,056
Length 102
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.03
Mean single sequence MFE -54.63
Consensus MFE -32.37
Energy contribution -30.27
Covariance contribution -2.10
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.63
SVM RNA-class probability 0.805142
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22400954 102 + 23771897
GCCGUGAUCGUAGUGGUGGAGUUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGGCCGCUUAGAGAGGCGG------GCGGUAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUAGCCCACCGCCUCGGG
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>DroPse_CAF1 4842 102 + 1
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>DroSec_CAF1 205 102 + 1
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........(.(((((((((.((.((((.((((((((((((.(..(((((((........))------))))).).)))).)))))))))))).))))))))).)).). ( -54.10)
>DroSim_CAF1 205 102 + 1
GCCGUGAUCGCAGUGGUGGAGUUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGGCCGCUUAGAGAGGCGG------GCGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGCUUGGGG
.((((....))((((((((.((.((((.((((((((((((.(..(((((((........))------))))).).)))).)))))))))))).)))))))))).)).. ( -54.60)
>DroEre_CAF1 205 108 + 1
GCCGUGAUCGCGGUGGUGGAGCUGUUUAGGCAGCUGCCUGGCGGCCCGCUGAGGGAGGCGGGCGGCGGAGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGUCUGGGC
(((((....)))))(((((.((.((((.((((((((((((((.(((((((......))))))).))(....)...)))).)))))))))))).)))))))........ ( -59.10)
>DroPer_CAF1 4899 102 + 1
UCGGUGAUCGUGGUGGUGGAGCUGUUCAAGCAGCUUCCGGGUGGCGCCCUGCGCGAGACGA------CCGGAAAGCGGGACGGCUGCCGCCUGGGGCACCGCCUGGGC
.......(((.((((((((((((((....)))))))((((((((((((.(((....).)).------(((.....)))...))).)))))))))..)))))))))).. ( -49.70)
>consensus
GCCGUGAUCGCAGUGGUGGAGCUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGCCCGCUGAGAGAGGCGG______GCGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGCCUGGGC
...........((((((((((((((((.....(((((((......(((((......)))))......).))).))).)))))))).))((.....))))))))..... (-32.37 = -30.27 +  -2.10)

alignment

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secondary structure

Postscript

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