Locus 8162

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	21,507,840 – 21,507,960
Length	120
Max. P	0.999996

overview

Window 2

Location	21,507,840 – 21,507,960
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.50
Mean single sequence MFE	-31.35
Consensus MFE	-29.74
Energy contribution	-29.34
Covariance contribution	-0.40
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	4.85
SVM RNA-class probability	0.999955
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21507840 120 + 23771897
UUGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCUUAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA
.....((((.....))))(((.(((((((((.(((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))))).))) ( -33.72)
>DroPse_CAF1 37031 120 + 1
UCAAUUGGAAUAUUUGUGUGCACCCAUUAUAGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUACAGCCGUAUUAAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA
..................(((.(.((((((.((((((((((..(((..(((.((((((((..((((....)))))))))).....)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -30.40)
>DroSec_CAF1 13336 120 + 1
UCGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCCCAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA
.....((((.....))))(((.(.(((((((.(((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -31.12)
>DroSim_CAF1 13218 120 + 1
UCGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCCCAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA
.....((((.....))))(((.(.(((((((.(((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -31.12)
>DroPer_CAF1 31845 120 + 1
UCAAUUGGAAUAUUUGUGUGCACCCAUUAUAGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUACAGCCGUAUUAAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA
..................(((.(.((((((.((((((((((..(((..(((.((((((((..((((....)))))))))).....)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -30.40)
>consensus
UCGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCCCAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA
..................(((.(.((((((.((((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) (-29.74 = -29.34 +  -0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	21,507,840 – 21,507,960
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.50
Mean single sequence MFE	-33.88
Consensus MFE	-33.48
Energy contribution	-33.92
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.57
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	6.07
SVM RNA-class probability	0.999996
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21507840 120 - 23771897
UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUAAGGGCACACACGGAUUGCGAUCAA
..((((.((((((((((((.((..(((..((((((......(((....)))(((....))).....))))))..)))..)).)))))).)))))).))))........(((....))).. ( -31.00)
>DroPse_CAF1 37031 120 - 1
UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUUAAUACGGCUGUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACUAUAAUGGGUGCACACAAAUAUUCCAAUUGA
..(.(((((((((((((((.((..(((..((((((...(((....)))...(((....))).....))))))..)))..)).))))))).)))))))).).................... ( -32.90)
>DroSec_CAF1 13336 120 - 1
UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUGGGGGCACACACGGAUUGCGAUCGA
..(((((((((((((((((.((..(((..((((((......(((....)))(((....))).....))))))..)))..)).)))))).)))))))))))........(((....))).. ( -36.30)
>DroSim_CAF1 13218 120 - 1
UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUGGGGGCACACACGGAUUGCGAUCGA
..(((((((((((((((((.((..(((..((((((......(((....)))(((....))).....))))))..)))..)).)))))).)))))))))))........(((....))).. ( -36.30)
>DroPer_CAF1 31845 120 - 1
UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUUAAUACGGCUGUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACUAUAAUGGGUGCACACAAAUAUUCCAAUUGA
..(.(((((((((((((((.((..(((..((((((...(((....)))...(((....))).....))))))..)))..)).))))))).)))))))).).................... ( -32.90)
>consensus
UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUGGGGGCACACACGGAUUGCGAUCGA
..(((((((((((((((((.((..(((..((((((...(((....)))...(((....))).....))))))..)))..)).))))))).)))))))))).................... (-33.48 = -33.92 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:07:57 2006