Locus 8137

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,455,329 – 21,455,433
Length 104
Max. P 0.741954
window13294

overview

Window 4

Location 21,455,329 – 21,455,433
Length 104
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.03
Mean single sequence MFE -38.02
Consensus MFE -25.75
Energy contribution -26.73
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.741954
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21455329 104 - 23771897
UGAGAU---GUACACAGGGUUUAAGACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCCUUAGCCACGGUGACCGGAGCGCGUCUUCUGCUGUGAUGCGCUUGUCCG
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>DroVir_CAF1 8426 102 - 1
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>DroSec_CAF1 3952 104 - 1
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>DroSim_CAF1 3917 104 - 1
UGAGAU---GCACACAGGGUUUAACACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGACCGGAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG
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>DroEre_CAF1 3968 104 - 1
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>DroYak_CAF1 3851 101 - 1
UGAGAU---ACAUAUAGGGUGUAG---UUUGUGUACUUACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGAGCGAAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG
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>consensus
UGAGAU___GCACACAGGGUUUAA_ACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGACCGGAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG
...........(((((.(((.....))).)))))......((((((.((((((......)))))).))))))...(((((((((.........)))))))))..... (-25.75 = -26.73 +   0.98)

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