Locus 8117

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,369,094 – 21,369,212
Length 118
Max. P 0.811750
window13262 window13263

overview

Window 2

Location 21,369,094 – 21,369,212
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.02
Mean single sequence MFE -36.52
Consensus MFE -18.30
Energy contribution -18.13
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.536232
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21369094 118 + 23771897
CCGCUGCUACGGCGAUGAGCAGUAACUGCGACAUUGUCAUAGUGGCCGCCCAGCCCCAAACCACCAUAGCAAACAAUAAUAACAAUGAGACGGUCACCCAGGCCACGCAUCCGGCUCA
(((.(((...(((((((.((((...))))..)))))))...((((((.....((..............)).....................((....)).)))))))))..))).... ( -32.04)
>DroVir_CAF1 34592 115 + 1
AGGCCGCUGCGGCAAUGAG---CAAUUGCGACAUUGUCAUUGUUGCCGCGCAACCGCAGACCACCAGCGCCAACAACAAUAACAAUGACACUGUUACACAGGCAAGCCAUGCCAGCCA
.(((......((((.((.(---(..((((..((((((.(((((((..((((...............))))...))))))).))))))...(((.....))))))))))))))).))). ( -36.56)
>DroPse_CAF1 19308 118 + 1
CUGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUUGUUAUUGUGGCCUCUCAGCCGCAGACGACGAUUGCCAACAACAACAACAAUGAUACGGUCACACAGGCCACUCAUCCCGGUCA
.........(((.((((((..((...((((((..((((((((((((......)))((((.......))))...........)))))))))..))))))...))..))))))))).... ( -39.20)
>DroGri_CAF1 51073 112 + 1
AGGCCGCCGCGGCAAUGAG---CAAUUGUGACAUUGUCAUCGUUGCCGCGCAGCCGCAAACAACUAGCGCCAACAAC---AACAAUGAUACUGUUACACAGGCGAGUCAUGCCAGCCA
.(((.((.(((((((((((---((((......)))))..)))))))))))).)))(((....(((..((((......---((((.......)))).....)))))))..)))...... ( -36.70)
>DroAna_CAF1 30432 118 + 1
CCGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUCGUCAUCGUGGCCUCCCAGCCGCAGACGACUAUAGCGAAUAACAAUAACAACGAUACGGUCACCCAGGCCACGCAUCCCAGCCA
..((((....(((((((.((((...))))..)))))))..((((((((......(((...........)))....................((....)))))))))).....)))).. ( -35.40)
>DroPer_CAF1 21207 118 + 1
CUGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUUGUUAUUGUGGCCUCUCAGCCGCAGACGACGAUUGCCAACAACAACAACAAUGAUACGGUCACACAGGCCACUCAUCCCGGUCA
.........(((.((((((..((...((((((..((((((((((((......)))((((.......))))...........)))))))))..))))))...))..))))))))).... ( -39.20)
>consensus
CCGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUUGUCAUUGUGGCCGCCCAGCCGCAGACGACCAUAGCCAACAACAAUAACAAUGAUACGGUCACACAGGCCACUCAUCCCAGCCA
..((......(((((((.(((.....)))..)))))))...(((((......)))))...........)).....................((((.....)))).............. (-18.30 = -18.13 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 21,369,094 – 21,369,212
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.02
Mean single sequence MFE -47.53
Consensus MFE -26.15
Energy contribution -28.98
Covariance contribution 2.84
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.811750
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21369094 118 - 23771897
UGAGCCGGAUGCGUGGCCUGGGUGACCGUCUCAUUGUUAUUAUUGUUUGCUAUGGUGGUUUGGGGCUGGGCGGCCACUAUGACAAUGUCGCAGUUACUGCUCAUCGCCGUAGCAGCGG
(((((.(..(((((((((.((....))((((((..(..(((((.(....).)))))..).)))))).....))))))...(((...))))))....).)))))...((((....)))) ( -41.70)
>DroVir_CAF1 34592 115 - 1
UGGCUGGCAUGGCUUGCCUGUGUAACAGUGUCAUUGUUAUUGUUGUUGGCGCUGGUGGUCUGCGGUUGCGCGGCAACAAUGACAAUGUCGCAAUUG---CUCAUUGCCGCAGCGGCCU
.(((((...((((.....((.((((..(((.(((((((((((((((((((((((........))).))).))))))))))))))))).)))..)))---).))..))))...))))). ( -49.40)
>DroPse_CAF1 19308 118 - 1
UGACCGGGAUGAGUGGCCUGUGUGACCGUAUCAUUGUUGUUGUUGUUGGCAAUCGUCGUCUGCGGCUGAGAGGCCACAAUAACAAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCAG
((.((((((((((..((...((((((.........(((((((((((.(((..((((((....)))).))...))))))))))))))))))))...))..)))))).))).).)).... ( -50.90)
>DroGri_CAF1 51073 112 - 1
UGGCUGGCAUGACUCGCCUGUGUAACAGUAUCAUUGUU---GUUGUUGGCGCUAGUUGUUUGCGGCUGCGCGGCAACGAUGACAAUGUCACAAUUG---CUCAUUGCCGCGGCGGCCU
.(((((((.......)))((.((((..((..((((((.---.((((((.(((((((((....)))))).))).))))))..))))))..))..)))---).))..((....)))))). ( -46.80)
>DroAna_CAF1 30432 118 - 1
UGGCUGGGAUGCGUGGCCUGGGUGACCGUAUCGUUGUUAUUGUUAUUCGCUAUAGUCGUCUGCGGCUGGGAGGCCACGAUGACGAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCGG
.(((((.....(((((((((((((((.(((.......))).)))))))....((((((....))))))..)))))))).((((...)))))))))(((((.(((....)))))))).. ( -45.50)
>DroPer_CAF1 21207 118 - 1
UGACCGGGAUGAGUGGCCUGUGUGACCGUAUCAUUGUUGUUGUUGUUGGCAAUCGUCGUCUGCGGCUGAGAGGCCACAAUAACAAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCAG
((.((((((((((..((...((((((.........(((((((((((.(((..((((((....)))).))...))))))))))))))))))))...))..)))))).))).).)).... ( -50.90)
>consensus
UGACCGGGAUGAGUGGCCUGUGUGACCGUAUCAUUGUUAUUGUUGUUGGCAAUAGUCGUCUGCGGCUGAGAGGCCACAAUGACAAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCAG
....(((((((((((((...((((((......(((((((((((...((((....)))).....((((....)))))))))))))))))))))...)))))))))).)))......... (-26.15 = -28.98 +   2.84)

alignment

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secondary structure

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