Locus 8003

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,121,217 – 21,121,410
Length 193
Max. P 0.971365
window13068 window13069 window13070

overview

Window 8

Location 21,121,217 – 21,121,330
Length 113
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.17
Mean single sequence MFE -38.46
Consensus MFE -33.48
Energy contribution -36.34
Covariance contribution 2.86
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.67
SVM RNA-class probability 0.971365
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21121217 113 + 23771897
CUGUG-------CUUGACUAACGGUAGUAAAGCGGCAAAAGCAGCGGCAACCACCGCAUUACGCUGAAAAGUUCAUUUACAUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCA
....(-------(((.((((....)))).))))((((..((((((((......)))).....(((....))).........)))).((.((((.......)))))).........)))). ( -31.70)
>DroSec_CAF1 171904 120 + 1
CUGUGUGGGCGGCUUGGCUAACGGUAGUAAAGCGGCAAAAGCAGCGGCAACCACCGCAUUACGCUGAAAAGUUCAUUUACAUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCA
(((((((.((.((((.((((....)))).))))(((...((((((((......)))).....(((....))).........)))).)))((((.......)))))).)))))))...... ( -41.40)
>DroSim_CAF1 83611 120 + 1
CUGUGUGGGCGGCUUGGCUAACGGUAGUAAAGCGGCAAAAGCAGCGGCAACCACCGCAUUACGCUGAAAAGUUCAUUUACAUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCA
(((((((.((.((((.((((....)))).))))(((...((((((((......)))).....(((....))).........)))).)))((((.......)))))).)))))))...... ( -41.40)
>DroEre_CAF1 94480 120 + 1
CUGUGUGGGCAGCUUGACUAACGGUAGUAAAGCGGCAAAAGCAGCGGCAACCACCGCAUUACGCUGAAAAGUUCAUUUACAUGCUGGCUGUGCUGACAUUUAACGCGCACACAGAUGCCA
(((((((.((.((((.((((....)))).))))((((..((((((((......)))).....(((....))).........)))).....))))..........)).)))))))...... ( -40.60)
>DroYak_CAF1 65290 120 + 1
CUGUGUGGGCAGCUUGACUAACGGUAGUAAAGCGGCAAAAGCAGCGGCAACCACCGCAUUACGCUGAAAAGUUCAUUUACAUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACUGACGCCA
..(((((.((.((((.((((....)))).))))(((...((((((((......)))).....(((....))).........)))).)))((((.......)))))).)))))........ ( -37.20)
>consensus
CUGUGUGGGCAGCUUGACUAACGGUAGUAAAGCGGCAAAAGCAGCGGCAACCACCGCAUUACGCUGAAAAGUUCAUUUACAUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCA
(((((((.((.((((.((((....)))).))))(((...((((((((......)))).....(((....))).........)))).)))((((.......)))))).)))))))...... (-33.48 = -36.34 +   2.86)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 21,121,290 – 21,121,410
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.89
Mean single sequence MFE -35.78
Consensus MFE -30.54
Energy contribution -31.34
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.43
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.795504
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21121290 120 + 23771897
AUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCAGAAAGACACCCUUAGAUAUUGCUGUGUGGGUGUGCUUGUGUGCGAAAGAAGUCAAACGCCCAUUGAUAACGAUGUAGCUC
..((((((.((..((((.(((..(((((((...(....)...(((((((((.(((......)))...)))))).))))))))))..))).)))).)))))(((((....))))).))).. ( -37.90)
>DroSec_CAF1 171984 117 + 1
AUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCAGAAAGACACCCCUAGAUAUUGCUGUGUGGGUCUGCUUGUGUGCGAA---AGUCAAACGCCCAUUGAUAACGAUGUAGCUC
..((((((.((..((((.((((.((((((..(((((.(((.(.((.((...........)))).).))))))))..)))))).)))---))))).)))))(((((....))))).))).. ( -36.10)
>DroSim_CAF1 83691 117 + 1
AUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCAGAAAGACACCCCUAGAUAUUGCUGUGUGGGUGUGCUUGUGUGCGAA---AGUCAAACGCCCAUUGAUAACGAUGUAGCUC
..((((((.((..((((.((((..((((((...(....)...(((((((((((((......))).).)))))).))))))))))))---))))).)))))(((((....))))).))).. ( -35.90)
>DroEre_CAF1 94560 109 + 1
AUGCUGGCUGUGCUGACAUUUAACGCGCACACAGAUGCCAGAAAGACACCCUUAGAUAUUGCUGUGUGGGUGUGCUUGUGUGUGAA---AGUCAAACGCCCAUUGAUAACGA--------
.....(((.((..((((.(((....(((((((((..((.......((((((.(((......)))...)))))))))))))))))))---))))).)))))............-------- ( -29.21)
>DroYak_CAF1 65370 117 + 1
AUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACUGACGCCAUAAAGACACCCUUAGAUAUUGCUGUGUGGGUGUGCUUGUGUGUGAA---AGUCAAACGCCCAUUGAUAACGAUGUAGCUC
..((((((.((..((((.((((((((((....((....))..(((((((((.(((......)))...)))))).))))))))))))---))))).)))))(((((....))))).))).. ( -39.80)
>consensus
AUGCUGGCUGUGAUGACAUUUCACGCACACACAGAUGCCAGAAAGACACCCUUAGAUAUUGCUGUGUGGGUGUGCUUGUGUGCGAA___AGUCAAACGCCCAUUGAUAACGAUGUAGCUC
..((((((.((..((((......(((((((...(....)...(((((((((.(((......)))...)))))).))))))))))......)))).)))))(((((....))))).))).. (-30.54 = -31.34 +   0.80)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 0

Location 21,121,290 – 21,121,410
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.89
Mean single sequence MFE -34.04
Consensus MFE -26.98
Energy contribution -27.62
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.640290
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21121290 120 - 23771897
GAGCUACAUCGUUAUCAAUGGGCGUUUGACUUCUUUCGCACACAAGCACACCCACACAGCAAUAUCUAAGGGUGUCUUUCUGGCAUCUGUGUGUGCGUGAAAUGUCAUCACAGCCAGCAU
..(((.(((.(....).)))(((...(((((((...((((((((.((...........)).........(((((((.....))))))).)))))))).)))..)))).....)))))).. ( -35.30)
>DroSec_CAF1 171984 117 - 1
GAGCUACAUCGUUAUCAAUGGGCGUUUGACU---UUCGCACACAAGCAGACCCACACAGCAAUAUCUAGGGGUGUCUUUCUGGCAUCUGUGUGUGCGUGAAAUGUCAUCACAGCCAGCAU
..(((.(((.(....).)))(((...(((((---(((((.((((.((((((((...............))).((((.....))))))))).)))).)))))).)))).....)))))).. ( -38.06)
>DroSim_CAF1 83691 117 - 1
GAGCUACAUCGUUAUCAAUGGGCGUUUGACU---UUCGCACACAAGCACACCCACACAGCAAUAUCUAGGGGUGUCUUUCUGGCAUCUGUGUGUGCGUGAAAUGUCAUCACAGCCAGCAU
..(((.(((.(....).)))(((...(((((---(((((.(((..((((((((...............)))(((((.....))))).)))))))).)))))).)))).....)))))).. ( -35.06)
>DroEre_CAF1 94560 109 - 1
--------UCGUUAUCAAUGGGCGUUUGACU---UUCACACACAAGCACACCCACACAGCAAUAUCUAAGGGUGUCUUUCUGGCAUCUGUGUGCGCGUUAAAUGUCAGCACAGCCAGCAU
--------............((((((((((.---..((((((...((((((((................)))))).......))...))))))...)))))))))).((.......)).. ( -27.60)
>DroYak_CAF1 65370 117 - 1
GAGCUACAUCGUUAUCAAUGGGCGUUUGACU---UUCACACACAAGCACACCCACACAGCAAUAUCUAAGGGUGUCUUUAUGGCGUCAGUGUGUGCGUGAAAUGUCAUCACAGCCAGCAU
..(((.(((.(....).)))(((...(((((---(((((.(((..((((((((................))))(((.....)))....))))))).)))))).)))).....)))))).. ( -34.19)
>consensus
GAGCUACAUCGUUAUCAAUGGGCGUUUGACU___UUCGCACACAAGCACACCCACACAGCAAUAUCUAAGGGUGUCUUUCUGGCAUCUGUGUGUGCGUGAAAUGUCAUCACAGCCAGCAU
....................(((...((((......((((((((.((...........)).........(((((((.....))))))).))))))))......)))).....)))..... (-26.98 = -27.62 +   0.64)

alignment

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