Locus 7999

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,119,378 – 21,119,538
Length 160
Max. P 0.999937
window13055 window13056 window13057

overview

Window 5

Location 21,119,378 – 21,119,498
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.42
Mean single sequence MFE -37.75
Consensus MFE -35.20
Energy contribution -35.04
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.47
SVM RNA-class probability 0.999904
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21119378 120 + 23771897
UGCAAGUGGAAAGCACAAAAAUCGAUUAAGUUUUUUUCCAAGUCGAUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGUCAGUCUCCCCUCGGACUC
(((..(((.....)))..(((((((((.............))))))))))))(((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......))))). ( -37.92)
>DroSec_CAF1 170027 120 + 1
UGCAAGUGGAGAGCACAAAAAUCGAUUUAGUUUUUUUCCAAGUCGUUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCUCGGACUC
..(.((.((((((((...(((.((((((.(.......).)))))))))))).(((((((((((((.....(((((((.....))))))))))))))))))))...))))).)).)..... ( -39.00)
>DroSim_CAF1 81742 120 + 1
UGCAAGUGGAGAGCACAAAAAUCGAUUUAGUUUUUUUCCAAGUCGUUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCUCGGACUC
..(.((.((((((((...(((.((((((.(.......).)))))))))))).(((((((((((((.....(((((((.....))))))))))))))))))))...))))).)).)..... ( -39.00)
>DroEre_CAF1 92525 117 + 1
UGCAAGUGGAAAGCACAAAAAUCGAUAUAGUUU-UUUCCAAGCCGUUUUGCAGCGGCA-AGUUGUUACGCUCAAGUAGUA-GUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCACGGACUC
(((((((((((((.((.............)).)-))))))......))))))((((((-((((((.....(((((((...-.)))))))))))).))))))).(((((......))))). ( -33.42)
>DroYak_CAF1 63429 120 + 1
UGCAAGUGGAAAGCACAAAAAUCGAUUUAGUUUUUUUCCAAGCUGUUCUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGGGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCCCCCCUCGGACUC
((((.(((.....))).......((..((((((......)))))).))))))(((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......))))). ( -39.40)
>consensus
UGCAAGUGGAAAGCACAAAAAUCGAUUUAGUUUUUUUCCAAGUCGUUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCUCGGACUC
((((((((((((..((.............))...))))))......))))))(((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......))))). (-35.20 = -35.04 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 21,119,378 – 21,119,498
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.42
Mean single sequence MFE -38.02
Consensus MFE -34.40
Energy contribution -34.80
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 3.77
SVM RNA-class probability 0.999602
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21119378 120 - 23771897
GAGUCCGAGGGGAGACUGACAGCAAAGUUGUUCAAGUACUCGCUACUUGAGCGUAACAACUUUGCCGCUGCAAAUCGACUUGGAAAAAAACUUAAUCGAUUUUUGUGCUUUCCACUUGCA
.....((((.(((((......(((((((((((((((((.....))))))).....)))))))))).((.(((((((((.((((........)))))))))..))))))))))).)))).. ( -33.70)
>DroSec_CAF1 170027 120 - 1
GAGUCCGAGGGGAGACUGGCAGCAAAGUUGUUCAAGUACUCGCUACUUGAGCGUAACAACUUUGCCGCUGCAAAACGACUUGGAAAAAAACUAAAUCGAUUUUUGUGCUCUCCACUUGCA
.....((((.(((((..(((.(((((((((((((((((.....))))))).....)))))))))).)))(((((((((.((((.......)))).)))..))))))..))))).)))).. ( -40.40)
>DroSim_CAF1 81742 120 - 1
GAGUCCGAGGGGAGACUGGCAGCAAAGUUGUUCAAGUACUCGCUACUUGAGCGUAACAACUUUGCCGCUGCAAAACGACUUGGAAAAAAACUAAAUCGAUUUUUGUGCUCUCCACUUGCA
.....((((.(((((..(((.(((((((((((((((((.....))))))).....)))))))))).)))(((((((((.((((.......)))).)))..))))))..))))).)))).. ( -40.40)
>DroEre_CAF1 92525 117 - 1
GAGUCCGUGGGGAGACUGGCAGCAAAGUUGUUCAAGUAC-UACUACUUGAGCGUAACAACU-UGCCGCUGCAAAACGGCUUGGAAA-AAACUAUAUCGAUUUUUGUGCUUUCCACUUGCA
..((..((((..((((..(((((.((((((((((((((.-...))))))).....))))))-)...)))))....(((..(((...-...)))..)))......)).))..))))..)). ( -37.50)
>DroYak_CAF1 63429 120 - 1
GAGUCCGAGGGGGGACUGGCAGCAAAGUUGUUCAAGUACCCGCUACUUGAGCGUAACAACUUUGCCGCUGCAGAACAGCUUGGAAAAAAACUAAAUCGAUUUUUGUGCUUUCCACUUGCA
.(((((......))))).((((((((((((((((((((.....))))))).....)))))))))).((((.....)))).((((((...((.(((.....))).))..))))))..))). ( -38.10)
>consensus
GAGUCCGAGGGGAGACUGGCAGCAAAGUUGUUCAAGUACUCGCUACUUGAGCGUAACAACUUUGCCGCUGCAAAACGACUUGGAAAAAAACUAAAUCGAUUUUUGUGCUUUCCACUUGCA
..((..(.((((((...(((.(((((((((((((((((.....))))))).....)))))))))).)))(((((((((.((((.......)))).)))..)))))).)))))).)..)). (-34.40 = -34.80 +   0.40)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 7

Location 21,119,418 – 21,119,538
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.24
Mean single sequence MFE -35.06
Consensus MFE -33.94
Energy contribution -33.82
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 4.68
SVM RNA-class probability 0.999937
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21119418 120 + 23771897
AGUCGAUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGUCAGUCUCCCCUCGGACUCUCUGCACCCUACUAUCAUCCCCAUUCCCCGACAGCUGGCA
.((((...(((((((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))..(((((......)))))..))))).....((.((.............)).)).)))). ( -32.42)
>DroSec_CAF1 170067 120 + 1
AGUCGUUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCUCGGACUCUCUGCACCCCACUAUCAUCCCCAUUCUCCGCUAGCUGGCA
.((((((..((.(((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......)))))..............................)).))).))). ( -35.10)
>DroSim_CAF1 81782 120 + 1
AGUCGUUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCUCGGACUCUCUGCACCCCACUAUCAUCCCCAUUCUCCGCCAGCUGGCA
(((.(...(((((((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......)))))...))))..).)))................(((....))). ( -37.40)
>DroEre_CAF1 92564 116 + 1
AGCCGUUUUGCAGCGGCA-AGUUGUUACGCUCAAGUAGUA-GUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCACGGACUCUAC--ACCCCACUAUCAUCCCCAUUCCCCGCCAGCUGGCA
.((((.((.((.((((((-((((((.....(((((((...-.)))))))))))).))))))).(((((......)))))....--........................)).)).)))). ( -32.60)
>DroYak_CAF1 63469 117 + 1
AGCUGUUCUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGGGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCCCCCCUCGGACUCCAU--AC-ACACUAUCAUCCCCAUUUCCCGCCAGCUGGCA
(((((....((.(((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......)))))....--..-.....................))))))).... ( -37.80)
>consensus
AGUCGUUUUGCAGCGGCAAAGUUGUUACGCUCAAGUAGCGAGUACUUGAACAACUUUGCUGCCAGUCUCCCCUCGGACUCUCUGCACCCCACUAUCAUCCCCAUUCCCCGCCAGCUGGCA
.((((.((.((.(((((((((((((.....(((((((.....)))))))))))))))))))).(((((......)))))..............................)).)).)))). (-33.94 = -33.82 +  -0.12)

alignment

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