Locus 77

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 293,402 – 293,516
Length 114
Max. P 0.663042
window109 window110

overview

Window 9

Location 293,402 – 293,504
Length 102
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.97
Mean single sequence MFE -38.17
Consensus MFE -30.83
Energy contribution -31.08
Covariance contribution 0.26
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.663042
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 293402 102 + 23771897
GCUUUCGAUCUGGUUUUGGGA---CGGUAGAUUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGUUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGAGACGGACGCAGGGUGCGGCAGUCCAAUUC
...........((((((((..---(((.((...)).)))..)))))))).......((((((((((((((.((((...)))).)))))).))))))))....... ( -38.50)
>DroSec_CAF1 3195 102 + 1
GCUUUCGAUUUGGUUUUGGGA---CGGUAGAUUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUUCGAGACGGACGCAGGGUGCGGCAGUCCAGUUC
...........((((((((..---(((.((...)).)))..)))))))).((((..((((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))).)))).. ( -39.30)
>DroSim_CAF1 5221 102 + 1
GCUUUCGAUUUGGUUUUGGGA---CGGUAGAUUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUUCGAGACGGACGCAGGGUGCGGCAGUCCAGUUC
...........((((((((..---(((.((...)).)))..)))))))).((((..((((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))).)))).. ( -39.30)
>DroEre_CAF1 3194 102 + 1
GUUAUCGAUCUGGUUUUGGGA---CGGUAGGUUCUUCCGCUCCAGGAGCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGGGACGGGCGCAAGGUGCGGCAGUCUAGUUC
......((.((((.....((.---((((((.((((........)))).))))))))((((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))))))).)) ( -35.80)
>DroYak_CAF1 4193 105 + 1
GUUAUCGACCUGGUUUUGGGACGACGGCACGUUGCUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGGGACGGACGCAGGGUGCGACAGUCCAAUUC
........(((((...(((..(((((...)))))..)))..)))))..........((((((((((((((.((((...)))).)))))).))))))))....... ( -40.00)
>DroPer_CAF1 4384 83 + 1
GACAUCUGUUUGGCUU----------------------GCUCCAGGGCGAGCUGCUGCUGGCGCCUCUGCUUGCGCGACGGACGCAGAGUGCGACAGUCCAGCUC
...........(((((----------------------(((....))))))))(((((((.(((((((((.(.((...)).).)))))).))).)))..)))).. ( -36.10)
>consensus
GCUAUCGAUCUGGUUUUGGGA___CGGUAGAUUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGAGACGGACGCAGGGUGCGGCAGUCCAGUUC
...........(((((((((....(((.........))).))))))))).((((..((((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))).)))).. (-30.83 = -31.08 +   0.26)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 293,424 – 293,516
Length 92
Sequences 6
Columns 92
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.54
Mean single sequence MFE -36.60
Consensus MFE -29.70
Energy contribution -29.65
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -0.83
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.589097
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 293424 92 + 23771897
GGUAGAUUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGUUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGAGACGGACGCAGGGUGCGGCAGUCCAAUUCGGUGGAAGCGGC
........((((((((...((((..((....))((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))))).....)))))))).... ( -34.00)
>DroPse_CAF1 4470 79 + 1
-------------GCUCCAGGGCGAGCUGCUGCUGGCGCCUCUGCUUGCGCGAUGGACGCAGAGUGCGACAGUCCAGCUCGUUGGCGACUGC
-------------(((....(((((((((..((((.(((((((((.(.(.....).).)))))).))).)))).))))))))))))...... ( -36.20)
>DroSim_CAF1 5243 92 + 1
GGUAGAUUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUUCGAGACGGACGCAGGGUGCGGCAGUCCAGUUCGGUGGAAGCGGC
...........(((((((...(((.((((..((((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))).))))..))))).))))). ( -35.40)
>DroEre_CAF1 3216 92 + 1
GGUAGGUUCUUCCGCUCCAGGAGCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGGGACGGGCGCAAGGUGCGGCAGUCUAGUUCGGUGGAAGCGGU
...........((((((((.((((((..(((((((.((((((.((.((((...)))).))))))))))))))).))))))..))).))))). ( -39.10)
>DroYak_CAF1 4218 92 + 1
GGCACGUUGCUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGGGACGGACGCAGGGUGCGACAGUCCAAUUCGGUGGAAGCGGC
.....(((((((((((...((((..((....))((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))))).....))))).)))))) ( -37.50)
>DroPer_CAF1 4400 79 + 1
-------------GCUCCAGGGCGAGCUGCUGCUGGCGCCUCUGCUUGCGCGACGGACGCAGAGUGCGACAGUCCAGCUCGUUGGCGACUGC
-------------(((....(((((((((..((((.(((((((((.(.((...)).).)))))).))).)))).))))))))))))...... ( -37.40)
>consensus
GGUAG_UUCUUCCGCUCCAGGACCUGCUGCUGCUGUCGCUUUUGUUUCCGAGACGGACGCAGGGUGCGACAGUCCAGUUCGGUGGAAGCGGC
...........((((((((......((((..((((((((((((((.((((...)))).)))))).)))))))).))))....))).))))). (-29.70 = -29.65 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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