Locus 7617

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	20,501,936 – 20,502,056
Length	120
Max. P	0.982736

overview

Window 0

Location	20,501,936 – 20,502,028
Length	92
Sequences	5
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.07
Mean single sequence MFE	-39.06
Consensus MFE	-19.12
Energy contribution	-22.24
Covariance contribution	3.12
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	1.92
SVM RNA-class probability	0.982736
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20501936 92 + 23771897
CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGUCGAUC---GGUGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGU
.....(((((((..((((((((((((((((((((((.(((.....)))))))).))))).))).)---))))))))((((....))))))))))) ( -44.50)
>DroSec_CAF1 44614 95 + 1
CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACACUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCAAUGGACGACGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGU
.....(((((((..(((((((((...((((((((((.(((.....))))))))..((((........)))).)))))..)))))))))))))))) ( -41.50)
>DroSim_CAF1 44483 83 + 1
CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGGACGACGGGUCGAU------------CGGU
...(((((((((((....((((((((((((((((((.(((.....)))))))).)))).))))))).)).)))))))))------------)).. ( -37.80)
>DroEre_CAF1 46816 80 + 1
CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUGAAUGCUGGCCAGGUCGGCGAUGGC---CGGG------------UCGAUCGGU
.....(((((((..(((((((((((((((((.......((((....))))....)))).))))))).---))))------------))))))))) ( -39.00)
>DroAna_CAF1 43161 86 + 1
CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCCCGGCCGAUUAUACAGUCCAUGUUGGUCAGGUUGGCG------GAUGCAUCGGCCAGUGGAC---UGGGC
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>consensus
CUAUGAUUGAUCUGGGCCCGCCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGG__GACGGGUCGAUC_GUGG_UCGAUCGGU
....((((((((((......((((((((((((((((.(((.....)))))))).))))).))))))....))))))))))............... (-19.12 = -22.24 +   3.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	20,501,956 – 20,502,056
Length	100
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.85
Mean single sequence MFE	-41.26
Consensus MFE	-19.52
Energy contribution	-19.54
Covariance contribution	0.02
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.833054
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20501956 100 + 23771897
CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGUCGAUC---GGUGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGUGGGUUGUUCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG----
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>DroSec_CAF1 44634 103 + 1
CCGUCGCGGCCGAUUAUACACUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCAAUGGACGACGGGUCGAUCGGUGGGUCGAUCGGUGGGUUGUCCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG----
((....((((((((((.(((.....)))))))).(((((((..((((((((..(((((((((....)))))))))..))))))))))))))).)))))...))---- ( -44.30)
>DroSim_CAF1 44503 91 + 1
CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGGACGACGGGUCGAU------------CGGUGGGUUGUUCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG----
((((((((((((((((.(((.....)))))))).)))).))))))).((((.(((((((------------.((........)).)))))))..)))).....---- ( -37.20)
>DroEre_CAF1 46836 88 + 1
CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUGAAUGCUGGCCAGGUCGGCGAUGGC---CGGG------------UCGAUCGGUGGGUUGUCCAGUUGGCCAGGUCGAUGGG----
(((((...(((((((...((((....))))....)))))))...(((---(.((------------(((((.((........)).))))))).))))))))).---- ( -39.90)
>DroAna_CAF1 43181 98 + 1
CCGUCCCGGCCGAUUAUACAGUCCAUGUUGGUCAGGUUGGCG------GAUGCAUCGGCCAGUGGAC---UGGGCCGACUUUUCAGUUGGCCAGGUCGAUGGGUCGA
.((.((((..(((((...((((((((..(((((.(((..((.------...))))))))))))))))---))((((((((....)))))))).))))).)))).)). ( -47.00)
>consensus
CCGUCGCGGCCGAUUAUACAGUCAAUGUUGGUCAGGUCGGCGAUGG__GACGGGUCGAUC_GUGG_UCGAUCGGUGGGUUGUUCAGUUGGCCAGGUCGAUAGG____
((....((((((((((.(((.....)))))))).(((((((.......((....))....................((....)).))))))).)))))...)).... (-19.52 = -19.54 +   0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

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