Locus 7565

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,328,163 – 20,328,300
Length 137
Max. P 0.883781
window12287 window12288 window12289

overview

Window 7

Location 20,328,163 – 20,328,262
Length 99
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.30
Mean single sequence MFE -24.88
Consensus MFE -15.98
Energy contribution -16.45
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.883781
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20328163 99 + 23771897
ACACGAAAUAGUCAGCAACUGCACAUUUUGGGGACAAAAGUCUAAGAUAUGUAUACGA-UUUACGCACAUAAAUAUGCGGC-GUGCGUACGACCACGUACU
.((((....((((.((....))((((.((..((((....))))..)).))))....))-))..((((........)))).)-))).(((((....))))). ( -24.30)
>DroSec_CAF1 23807 95 + 1
ACACGAAAUAGUCCGCAACUGCACAUUUUGGGGACAAAAGUCUAAAAU----AUACGA-UUUACGCACAUAAAUAUGCGGC-GUGCGUACGCACACGUACU
..(((.....(.(((((........(((((....)))))((.((((..----......-)))).)).........))))))-((((....)))).)))... ( -22.60)
>DroSim_CAF1 23987 95 + 1
ACACGAAAUAGUCCGCAACUGCACAUUUUGGGGACAAAAGUCUAAAAU----AUACGA-UUUACGCACAUAAAUGUGCGGC-GUGCGUACGACCACGUACU
.((((.....((((.(((.........))).))))..(((((......----....))-))).((((((....)))))).)-))).(((((....))))). ( -26.70)
>DroEre_CAF1 24048 96 + 1
ACACGAAAUAGACAGGAACUGCACAUUUUGGGGACAAAAGUCUGAAGU----GUACAGUUUUACGCACAUAAAUAUGCGGC-GUGCGUACGAGCACGUACU
..............(((((((.(((((((..((((....)))))))))----)).))))))).((((........))))((-((((......))))))... ( -30.00)
>DroYak_CAF1 32465 96 + 1
AUUCGAAAUAGACAGGAACUGCACAUUUUGGGGACAAAAGUGUGAAGU----AUACAAUUUUACGCACAUAAAUAUGCGGC-GUGCGUACGACCACGGUCU
.........((((.....(((((..(((((....)))))(((((((((----.....))))))))).........)))))(-(((.(.....))))))))) ( -26.40)
>DroPer_CAF1 25683 88 + 1
---AUAAAUAAUGAGGAACUGAAAAUUUUGGGGACAGUGGUCCCGAAU----AUAUAU-AUU--GUAUAUAUAAUUGCGUCUGUGCGUACA---GUGCACC
---...........((.((((......((.(((((....))))).))(----((((((-(..--.))))))))..(((((....)))))))---))...)) ( -19.30)
>consensus
ACACGAAAUAGUCAGCAACUGCACAUUUUGGGGACAAAAGUCUAAAAU____AUACAA_UUUACGCACAUAAAUAUGCGGC_GUGCGUACGACCACGUACU
....................((((.(((((....)))))........................((((........))))...))))(((((....))))). (-15.98 = -16.45 +   0.47)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 20,328,163 – 20,328,262
Length 99
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.30
Mean single sequence MFE -24.95
Consensus MFE -14.97
Energy contribution -14.95
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.844147
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20328163 99 - 23771897
AGUACGUGGUCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAA-UCGUAUACAUAUCUUAGACUUUUGUCCCCAAAAUGUGCAGUUGCUGACUAUUUCGUGU
.(((((....)))))((((-(..((((((((.((((((....-.)))))).........(((....)))....))))))))((((...))))....))))) ( -25.90)
>DroSec_CAF1 23807 95 - 1
AGUACGUGUGCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAA-UCGUAU----AUUUUAGACUUUUGUCCCCAAAAUGUGCAGUUGCGGACUAUUUCGUGU
.(((((....)))))((((-((((((.((((((....)))))-).((((----(((((.(((....)))...)))))))))...))))).......))))) ( -28.21)
>DroSim_CAF1 23987 95 - 1
AGUACGUGGUCGUACGCAC-GCCGCACAUUUAUGUGCGUAAA-UCGUAU----AUUUUAGACUUUUGUCCCCAAAAUGUGCAGUUGCGGACUAUUUCGUGU
..((((..((.((.((((.-((.(((((((((((((((....-.)))))----))....(((....)))....)))))))).)))))).)).))..)))). ( -29.70)
>DroEre_CAF1 24048 96 - 1
AGUACGUGCUCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAAACUGUAC----ACUUCAGACUUUUGUCCCCAAAAUGUGCAGUUCCUGUCUAUUUCGUGU
.(((((....)))))((((-(.((((((....))))))...((((((((----(.....(((....))).......)))))))))...........))))) ( -28.30)
>DroYak_CAF1 32465 96 - 1
AGACCGUGGUCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAAAUUGUAU----ACUUCACACUUUUGUCCCCAAAAUGUGCAGUUCCUGUCUAUUUCGAAU
((((.(..((..(((((((-(...........))))))))..))..)..----(((.((((.(((((....))))))))).)))....))))......... ( -21.80)
>DroPer_CAF1 25683 88 - 1
GGUGCAC---UGUACGCACAGACGCAAUUAUAUAUAC--AAU-AUAUAU----AUUCGGGACCACUGUCCCCAAAAUUUUCAGUUCCUCAUUAUUUAU---
.((((..---.....)))).(((.....((((((((.--..)-))))))----)...(((((....)))))...........))).............--- ( -15.80)
>consensus
AGUACGUGGUCGUACGCAC_GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAA_UCGUAU____AUUUUAGACUUUUGUCCCCAAAAUGUGCAGUUCCUGACUAUUUCGUGU
.(((((....)))))........((((((((..(((((......)))))..........(((....)))....)))))))).................... (-14.97 = -14.95 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 20,328,201 – 20,328,300
Length 99
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.53
Mean single sequence MFE -24.27
Consensus MFE -14.45
Energy contribution -15.65
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.726615
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20328201 99 - 23771897
CAGUGUUCUAAAUAACUUUAGAUUGCUGCAAUUGUAUGAGUACGUGGUCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAA-UCGUAUACAUAUCUUAGACU
((((..((((((....))))))..))))....((((((((((((....)))))..((-((.((((....))))))))...-)))))))............. ( -25.20)
>DroSec_CAF1 23845 95 - 1
CAGUGUUCUAAAUAACUUUAGAUUGCUGCAAUUGUAUGAGUACGUGUGCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAA-UCGUAU----AUUUUAGACU
((((..((((((....))))))..))))....(((((((.(((((((((....))))-)).(((((....))))))))..-))))))----)......... ( -28.10)
>DroSim_CAF1 24025 95 - 1
CAGUGUUCUAAAUAACUUUAGAUUGCUGCAAUUGUAUGAGUACGUGGUCGUACGCAC-GCCGCACAUUUAUGUGCGUAAA-UCGUAU----AUUUUAGACU
((((..((((((....))))))..))))....((((((((((((....)))))....-..((((((....))))))....-))))))----)......... ( -26.40)
>DroEre_CAF1 24086 96 - 1
CAGUGUUCUAAAUAGCUUUAGAUUGCUGCAAUUGUAUGAGUACGUGCUCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAAACUGUAC----ACUUCAGACU
((((..((((((....))))))..)))).....((((((((....))))))))..((-((.((((....))))))))....(((...----....)))... ( -25.50)
>DroYak_CAF1 32503 96 - 1
CAGUGUUCUAAAUAACUUUAGAUUGCUGCAAUUGUAUGAGACCGUGGUCGUACGCAC-GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAAAUUGUAU----ACUUCACACU
.(((((((((((....))))))....(((((((......(((....))).(((((((-(...........)))))))).))))))).----.....))))) ( -23.70)
>DroPer_CAF1 25718 88 - 1
CUGUGUACUAAAUAACUGCAAACUUUU---AUAGUAUAGGUGCAC---UGUACGCACAGACGCAAUUAUAUAUAC--AAU-AUAUAU----AUUCGGGACC
((((((.....((((..(....)..))---)).((((((.....)---))))))))))).(.(...((((((((.--..)-))))))----)...).)... ( -16.70)
>consensus
CAGUGUUCUAAAUAACUUUAGAUUGCUGCAAUUGUAUGAGUACGUGGUCGUACGCAC_GCCGCAUAUUUAUGUGCGUAAA_UCGUAU____AUUUUAGACU
(((((.((((((....)))))).))))).....(((((((((((....))))).......((((((....)))))).....)))))).............. (-14.45 = -15.65 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:50:19 2006