Locus 7475

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 20,035,325 – 20,035,445
Length 120
Max. P 0.570716
window12156

overview

Window 6

Location 20,035,325 – 20,035,445
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.17
Mean single sequence MFE -52.09
Consensus MFE -44.34
Energy contribution -44.59
Covariance contribution 0.26
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.570716
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 20035325 120 + 23771897
UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA
....(.(((((((...((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((.(......).)))))).......))))))))))))).). ( -53.61)
>DroSec_CAF1 2452 120 + 1
UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAACGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA
....(.(((((((...((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((..((....)))))))).......))))))))))))).). ( -55.31)
>DroSim_CAF1 2466 120 + 1
UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA
....(.(((((((...((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((.(......).)))))).......))))))))))))).). ( -53.61)
>DroEre_CAF1 6490 120 + 1
UCCACCGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCCUCGGCCGGA
....((((((((....((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..))))))).(((((((((((((.(......).)))))).......))))))))))))))). ( -59.31)
>DroWil_CAF1 117896 120 + 1
UCCACUGGUCGAUACCCUGAUGACGUCUGCAAGAACAUUUUGUCUAUAUGCGCGGGCGUAUCAUCAGUGGGCGAGACGACCGGUGUGAAUGGAUUGUAGAUCUCUUCCCCCUCAGUUGGG
..(((((((((...((((((((((((((((.....................)))))))..))))))).))......))))))))).(((.(((((...))))).))).(((......))) ( -42.00)
>DroYak_CAF1 2415 120 + 1
UCCACCGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUAGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCCUCGGGAGGA
(((..(((.......)))((((.(((((((....(((((.....)))))..))))))))))).((((..((((((((((((.(......).)))))).......))))))..)))).))) ( -48.71)
>consensus
UCCACGGGUCGAUAUCCGGAUGACGUCUGCAGGAACAUCUUGUCGAUGUGCGCGGGCGCAUCGUCCGUGGGCGAGACGACCGGCGUGAAUGGGUUGUAGAUCUCCUCGCCAUCGGCCGGA
....(.((((((....((((((((((((((....(((((.....)))))..)))))))..)))))))..((((((((((((.(......).)))))).......)))))).)))))).). (-44.34 = -44.59 +   0.26)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:48:10 2006