| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,793,256 – 19,793,376 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.718521 |
| Location | 19,793,256 – 19,793,376 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.94 |
| Mean single sequence MFE | -46.13 |
| Consensus MFE | -29.89 |
| Energy contribution | -30.37 |
| Covariance contribution | 0.48 |
| Combinations/Pair | 1.34 |
| Mean z-score | -1.80 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.39 |
| SVM RNA-class probability | 0.718521 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 19793256 120 + 23771897 CAUCGAAAUCAGCACCGUGGAGCUGCAGUGGGUGCAAGUACUGGCCGAGGGAUGGGCAUAUCCACUGCGCGGCUUCAUGCGCGAGGAUGAGUACCUGCAGACGCUGCACUUCAACACACU .................(((((.(((((((..((((.(((((.(((.(....).))).(((((..((((((......)))))).)))))))))).))))..))))))))))))....... ( -48.20) >DroVir_CAF1 1649 120 + 1 UCUGUCGAUUAGCACAGUGGAGCUGCAAUGGGUGCAGGUGCUUUCCGAGGGCUGGGCAUAUCCACUGCGCGGCUUCAUGCGCGAAGACGAGUAUCUGCAAACGUUGCAUUUCAACACGCU ..........(((....(((((.(((((((..(((((((((((((((.((((((.(((.......))).))))))....)).))....)))))))))))..))))))))))))....))) ( -46.20) >DroPse_CAF1 774 120 + 1 GCUGCCAAUCAGCACCGUGGAGCUGCAGUGGGUGCAGGUGCUGUCCGAGGGAUGGGCCUAUCCCCUGCGUGGAUUUAUGCGGGAGGACGAAUACCUGCAGACGCUGCACUUCAAUACACU ((((.....))))....(((((.(((((((..((((((((.(((((..((((((....))))))(((((((....)))))))..)))))..))))))))..))))))))))))....... ( -57.60) >DroGri_CAF1 6884 120 + 1 GCUGUCCAUCAGCACUGUGGAGCUGCAAUGGGUGCAGGUGCUCUCCGAGGGUUGGGCGUAUCCACUGCGCGGCUUUAUGCGCGAGGAUGAGUAUCUGCAGACGCUGCACUUUAAUACGCU ((((.....))))....(((((.((((.((..((((((((((((((..((((.......))))..((((((......)))))).))).)))))))))))..)).)))))))))....... ( -49.70) >DroWil_CAF1 778 120 + 1 ACUCGACAUUAGUACGGUAGAAUUGCAAUGGGUUCAAGUCCUUGCCGAAGGAUGGGCCUUCCCUUUGCGGGGAUUCAUGCGUGAGGAUGAGUAUUUGCAGACGCUGCACUUCAAUACGUU ((.((((....)).)))).(((.((((.((((((((..(((((....))))))))))).....((((((((.((((((.(....).)))))).)))))))))).)))).)))........ ( -36.50) >DroMoj_CAF1 10874 120 + 1 UCUAUCUAUUAGCACCGUUGAACUCCAAUGGGUGCAGGUACUCUCUGAGGGCUGGGCUUAUCCAUUGCGUGGCUUUAUGCGAGAGGACGAGUAUCUGCAGACGCUGCAUUUCAAUACGCU .........((((.((((((.....)))))).((((((((((((((.(((((((.((.........)).)))))))........))).)))))))))))...)))).............. ( -38.60) >consensus GCUGUCAAUCAGCACCGUGGAGCUGCAAUGGGUGCAGGUGCUCUCCGAGGGAUGGGCAUAUCCACUGCGCGGCUUCAUGCGCGAGGACGAGUAUCUGCAGACGCUGCACUUCAAUACGCU ................((((((.((((.((..((((((((((((((.......(((....)))..((((((......)))))).))).)))))))))))..)).)))).)))..)))... (-29.89 = -30.37 + 0.48)
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