Locus 6950

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 18,728,691 – 18,728,845
Length 154
Max. P 0.841151
window11273 window11274

overview

Window 3

Location 18,728,691 – 18,728,811
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.50
Mean single sequence MFE -44.72
Consensus MFE -38.42
Energy contribution -37.90
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.841151
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18728691 120 - 23771897
CCUGUUCGAGGAGCUUUGCCCCGUGUGUGGCGACAAGGUGAGCGGCUACCACUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCAAGGGAUUCUUCAAGCGCACCGUGCAGAACAAGAAGGUCUA
..((((((((((((...))(((...((..(.(((.((((((((((((........)))).))))))))....))))..)).)))..)))))..((((...)))).))))).......... ( -47.10)
>DroVir_CAF1 18785 120 - 1
UCUGUUCGAAGAGCUGUGCCCCGUCUGCGGCGACAAGGUGAGCGGCUAUCAUUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCAAGGGCUUCUUCAAGCGCACCGUUCAAAACAAAAAGGUCUA
..........((((.((((.((...(((((.(((.((((((((((((........)))).))))))))....)))))))).))((((....)))))))).))))................ ( -46.30)
>DroGri_CAF1 25567 120 - 1
UCUGUUCGAGGAGCUGUGCCCCGUUUGCGGGGACAAGGUGAGCGGCUAUCACUACGGCCUGCUCACUUGCGAGUCCUGCAAGGGCUUCUUCAAGCGCACCGUUCAAAACAAAAAGGUCUA
..((((....((((.((((.((...(((((((...((((((((((((........)))).)))))))).....))))))).))((((....)))))))).))))..)))).......... ( -45.80)
>DroWil_CAF1 24399 120 - 1
UCUCUUUGAAGAAUUAUGCCCCGUAUGCGGCGAUAAAGUCAGCGGCUAUCAUUAUGGUUUGCUAACCUGUGAGUCCUGCAAAGGUUUCUUCAAGCGAACGGUACAAAAUAAAAAAGUCUA
...((((.....(((.((..((((.((((((......))).((((...((((...((((....)))).))))...))))..............))).))))..)).)))...)))).... ( -27.20)
>DroMoj_CAF1 21547 120 - 1
CUUGUUCGAGGAACUAUGCCCUGUCUGCGGCGAUAAGGUGAGCGGCUAUCACUAUGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCAAGGGCUUCUUCAAGCGGACCGUGCAAAAUAAAAAGGUGUA
.(((((.((((((....(((((...(((((.(((.((((((((((((((....)))))).))))))))....))))))))))))))))))).)))))(((..............)))... ( -48.14)
>DroAna_CAF1 18580 120 - 1
UCUGUUCGAGGAACUGUGCCCCGUGUGCGGGGAUAAGGUGAGCGGCUAUCACUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCAAGGGCUUCUUCAAGCGCACCGUGCAGAACAAGAAGGUCUA
(((((((((((((....((((....(((((((...((((((((((((........)))).)))))))).....))))))).))))))))))..((((...)))).)))).)))....... ( -53.80)
>consensus
UCUGUUCGAGGAACUGUGCCCCGUCUGCGGCGACAAGGUGAGCGGCUAUCACUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCAAGGGCUUCUUCAAGCGCACCGUGCAAAACAAAAAGGUCUA
..((((.((((((....((((....(((((.(((.((((((((((((........)))).))))))))....)))))))).)))))))))).))))........................ (-38.42 = -37.90 +  -0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 18,728,731 – 18,728,845
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.74
Mean single sequence MFE -45.40
Consensus MFE -33.58
Energy contribution -33.01
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.737383
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 18728731 114 - 23771897
CGGGACACG------GCGGCGAGGUGAUCGACUUCAAGCACCUGUUCGAGGAGCUUUGCCCCGUGUGUGGCGACAAGGUGAGCGGCUACCACUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCA
....(((((------(.((((((((..((((...((......)).))))...))))))))))))))(..(.(((.((((((((((((........)))).))))))))....))))..). ( -54.10)
>DroVir_CAF1 18825 111 - 1
CUGG---CG------GCGGCGAGGCCAUCGACUUUAAGCAUCUGUUCGAAGAGCUGUGCCCCGUCUGCGGCGACAAGGUGAGCGGCUAUCAUUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCA
..((---((------(.((((.((((.(((((...........).)))).).))).))))))))).((((.(((.((((((((((((........)))).))))))))....))))))). ( -51.20)
>DroGri_CAF1 25607 111 - 1
CUGG---CA------GUGGUGAAGCGAUCGAUUUUAAGCAUCUGUUCGAGGAGCUGUGCCCCGUUUGCGGGGACAAGGUGAGCGGCUAUCACUACGGCCUGCUCACUUGCGAGUCCUGCA
...(---((------(.(((...((...........(((.(((......))))))((.(((((....))))))).((((((((((((........)))).))))))))))..))))))). ( -41.40)
>DroWil_CAF1 24439 118 - 1
--GGACAUAAUGCAUCCGGUGAAGCUAUCGAUUUCAAGCAUCUCUUUGAAGAAUUAUGCCCCGUAUGCGGCGAUAAAGUCAGCGGCUAUCAUUAUGGUUUGCUAACCUGUGAGUCCUGCA
--((((((((((...(((.(((...(((((.(((((((......))))))).........(((....))))))))...))).)))....))))))((((....)))).....)))).... ( -32.20)
>DroMoj_CAF1 21587 111 - 1
CUGG---CG------GAGGAGAAGCCAUCGACUUCAAGCACUUGUUCGAGGAACUAUGCCCUGUCUGCGGCGAUAAGGUGAGCGGCUAUCACUAUGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCA
..((---((------(.((.....((.((((...(((....))).)))))).......))))))).((((.(((.((((((((((((((....)))))).))))))))....))))))). ( -44.50)
>DroAna_CAF1 18620 114 - 1
CAGGACAUG------CCGGCGAUGUGAUCGACUUCAAGCAUCUGUUCGAGGAACUGUGCCCCGUGUGCGGGGAUAAGGUGAGCGGCUAUCACUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCA
((((((.((------((((((((...)))).((((.(((....))).))))..)))..(((((....)))))...((((((((((((........)))).))))))))))).)))))).. ( -49.00)
>consensus
CUGG___CG______GCGGCGAAGCGAUCGACUUCAAGCAUCUGUUCGAGGAACUGUGCCCCGUCUGCGGCGACAAGGUGAGCGGCUAUCACUACGGCCUGCUCACCUGCGAGUCCUGCA
.................((((.(((..((((..............))))...))).)))).....(((((.(((.((((((((((((........)))).))))))))....)))))))) (-33.58 = -33.01 +  -0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

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