Locus 6616

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 17,595,023 – 17,595,113
Length 90
Max. P 0.917115
window10766

overview

Window 6

Location 17,595,023 – 17,595,113
Length 90
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.45
Mean single sequence MFE -29.32
Consensus MFE -25.75
Energy contribution -25.17
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.05
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.11
SVM RNA-class probability 0.917115
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17595023 90 + 23771897
AUA-AAU-------UAUCUUU-------------UUUUCAGGUGGCGUAUUCGUGUGUAUCGCAGAGUGUUCUACGGCACCGAGUUCGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGA
...-...-------.......-------------...((((.(((((.(((((.((((..((.((......)).))))))))))).))))).))))(((((....))))). ( -28.70)
>DroVir_CAF1 8076 102 + 1
UUA-UCU-------UAUCUUCUCCUCCAUCCGCU-UAACAGAUGGCGCAUUCGUGUCUAUCGCAAGGUGUUCUAUGGCAGCGAAUUUGUCAGCUGGCUUAUUGAGGUGGGC
...-...-------....(((.((((.((..((.-...(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).)))))..)).)))).))). ( -27.00)
>DroPse_CAF1 19372 97 + 1
CC--UAUUCUUGUGUGUGUGU--U---------U-CCUCAGGUGGCGCAUUCGUGUCUACCGCAAGGUAUUCUAUGGCAGCGAAUUCGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC
((--(((.((((.(((.((..--.---------.-...(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).))))).)))))))))))). ( -35.01)
>DroMoj_CAF1 8016 91 + 1
AUU-UCU-------GGUAUUCCCC------------AACAGAUGGCGCAUUCGUGUUUACCGCAAGGUAUUCUAUGGCAGCGAAUUCGUUAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC
...-..(-------((......))------------).(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).)))((((((....)))))) ( -29.50)
>DroAna_CAF1 7322 92 + 1
AUAUUAA-------UCUCUAU--U---------U-CCGCAGAUGGCGCAUUCGAGUCUAUCGCAAAGUAUUCUAUGGCAGCGAGUUCGUUAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC
.......-------.......--.---------(-((((.((((((.(((..((((((.......)).)))).)))))(((.(((......))).)))))))...))))). ( -22.00)
>DroPer_CAF1 7741 97 + 1
CC--UAUUCUUGUAUGUGUGU--U---------U-CCACAGGUGGCGCAUUCGUGUCUACCGCAAGGUGUUCUAUGGCAGCGAAUUUGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC
((--(((.((((.(((.((..--.---------.-...(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).))))).)))))))))))). ( -33.71)
>consensus
AUA_UAU_______UGUCUUU__U_________U_CCACAGAUGGCGCAUUCGUGUCUACCGCAAGGUAUUCUAUGGCAGCGAAUUCGUCAGCUGGCUCAUCGAGGUGGGC
......................................(((.(((((.(((((((((((((....))))......)))).))))).))))).)))((((((....)))))) (-25.75 = -25.17 +  -0.58)

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secondary structure

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