Locus 6495

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	17,259,160 – 17,259,497
Length	337
Max. P	0.991964

overview

Window 0

Location	17,259,160 – 17,259,278
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.96
Mean single sequence MFE	-35.20
Consensus MFE	-29.52
Energy contribution	-29.44
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.978951
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17259160 118 + 23771897
GCUGGUAUUGUUUGCGCUGAGCAAUAAACAAC--AUUUCGUUGACUUUGGCAUUUAAAAUUUUAUGCGCAAUUAGGAGUGCAAGAUGAAUGUGUUGAAUGGCUGCCGGCGCAGUAAUUAC
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>DroSec_CAF1 142820 118 + 1
GCUGGUAUUGUUUGCGCUGAGCAAUAAACAAC--AUUUCGUUAACUUUGGCAUUUAAAAUGUUAUGCGCAAUUAGGAGUGCAAGAUGAAUGUGUUGAAUGGCUGCCGGCGCAGUAAUUAC
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>DroSim_CAF1 137686 118 + 1
GCUGGUAUUGUUUGCGCUGAGCAAUAAACAAC--AUUUCGUUGACUUUGGCAUUUAAAAUGUUAUGCGCAAUUAGGAGUGCAAGAUGAAUGUGUUGAAUGGCUGCCGGCGCAGUAAUUAC
....(((....((((((((.(((.((..((((--((((((((.....((((((.....))))))(((((........))))).)))))).))))))..))..)))))))))))....))) ( -35.30)
>DroEre_CAF1 145890 117 + 1
-CUGGCAUUGUUUGCGUCGAGCAAUAAACAAC--AUUUCGUUGACUUUGGCAUUUAAAAUGUUAUGCGCAAUUAGGAGUGCAAGAUGAAUGUGUUGAACGGCUGCCGACGCAGUAAUUAC
-..........((((((((.(((.....((((--((((((((.....((((((.....))))))(((((........))))).)))))).))))))......)))))))))))....... ( -33.90)
>DroYak_CAF1 150080 119 + 1
-CUGGCAUUGUUUGCGCUGAGCCAUAAACAACAAAUUUCGUUGACUUUGGCAUUUAAAAUGUUAUGCGCAAUUAGGAGUGCAAGAUGAAUGUGUUGAAUGGCUGCCGGCGCAGUAAUUAC
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>consensus
GCUGGUAUUGUUUGCGCUGAGCAAUAAACAAC__AUUUCGUUGACUUUGGCAUUUAAAAUGUUAUGCGCAAUUAGGAGUGCAAGAUGAAUGUGUUGAAUGGCUGCCGGCGCAGUAAUUAC
...........((((((((.(((.....((((....((((((.....((((((.....))))))(((((........))))).))))))...))))......)))))))))))....... (-29.52 = -29.44 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	17,259,278 – 17,259,377
Length	99
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.14
Mean single sequence MFE	-27.56
Consensus MFE	-24.18
Energy contribution	-24.18
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.82
SVM RNA-class probability	0.858035
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17259278 99 - 23771897
UUGGUAAAUCAGCAAAAUAAUUUCGCUUGUUUUGCU--------------GCUU-------GCAGAUUGCCAUUUCAUUUGGGUUUUCAUUAUGCGUGGUGCGUCACGUGUGCAGAGUUU
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>DroSec_CAF1 142938 99 - 1
UUGGUAAAUCAGCAAAAUAAUUUCGCUUGUUUUGCU--------------GCUU-------GCAGAUUGCCAUUUCAUUCGGAUUUUCAUUAUGCGUGGUGCGUCACGUGUGCAGAGUUU
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>DroSim_CAF1 137804 99 - 1
UUGGUAAAUCAGCAAAAUAAUUUCGCUUGUUUUGCU--------------GCUU-------GCAGAUUGCCAUUUCAUUCGGAUUUUCAUUAUGCGUGGUGCGUCACGUGUGCAGAGUUU
.((((((.((((((((((((......))))))))))--------------(...-------.).))))))))........(((((((...(((((((((....))))))))).))))))) ( -23.60)
>DroEre_CAF1 146007 106 - 1
UUGGUAAAUCAGCAAAAUAAUUUCGCUUGUUUUGCU--------------GCUUGCAGAUUGCAGAUUGCCAUUUCAUUCGGAUUUUCAUUAUGCGUGGUGCGUCACGUGUGCAGAGUUU
.((((((..(((((((((((......))))))))))--------------).((((.....)))).))))))........(((((((...(((((((((....))))))))).))))))) ( -28.90)
>DroYak_CAF1 150199 120 - 1
UUGGUAAAUCAGCAAAAUAAUUUCGCUUGUUUUGCUGCUUGCUGCUUGCUGCUUGCAGAUUGCAGAUUGCCAUUUCAUUUGGAUUUUCAUUAUGCGUGGUGCGUCACGUGUGCAGAGUUU
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>consensus
UUGGUAAAUCAGCAAAAUAAUUUCGCUUGUUUUGCU______________GCUU_______GCAGAUUGCCAUUUCAUUCGGAUUUUCAUUAUGCGUGGUGCGUCACGUGUGCAGAGUUU
.((((((.((((((((((((......))))))))))..............((.........)).)))))))).............(((..(((((((((....)))))))))..)))... (-24.18 = -24.18 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	17,259,377 – 17,259,497
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.83
Mean single sequence MFE	-36.78
Consensus MFE	-35.10
Energy contribution	-35.50
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	2.10
SVM RNA-class probability	0.988069
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17259377 120 + 23771897
AGACAAACAUAAUUGAAUUACGGCAAGAGCGCACACGGACAUGGUUAUGAACACGUACACGUAUACGGACAAGGACUACGGUGCGUCUACGUAACGUGCUCCUUAGUGUUUGUGUGCACU
......................((....))((((((((((((.(((......(((....))).....)))(((((.((((.((((....)))).)))).))))).))))))))))))... ( -36.70)
>DroSec_CAF1 143037 120 + 1
AGACAAACAUAAUUGAAUUACGGAAAGAGCGCACACGGACAUGGUUAUGAACACGGACACGUAUACGGACAAGGUCUACGGUGCGGCUACGUAACGUGCUCCUUAGUGUUUGUGUGCACU
...........................((.((((((((((((.(((......(((....))).....)))((((..((((.((((....)))).))))..)))).)))))))))))).)) ( -35.60)
>DroSim_CAF1 137903 120 + 1
AGACAAACAUAAUUGAAUUACGGAAAGAGCGCACACGGACAUGGUUAUGAACACGGACACGUAUACGGACAAGGACUACGGUGCGGCUACGUAACGUGCUCCUUAGUGUUUGUGUGCACU
...........................((.((((((((((((.(((......(((....))).....)))(((((.((((.((((....)))).)))).))))).)))))))))))).)) ( -37.10)
>DroEre_CAF1 146113 120 + 1
AGACAAACAUAAUUGAAUUACGGAAAGAGCGCACACGGACAUGGUUAUGAACACGGACACGUAUCCGGACAAGGACUACGGUGCGGCUACGUAACGUGCUCCUUAGUGUUUGUGUGCACU
...........................((.((((((((((((...........((((......))))...(((((.((((.((((....)))).)))).))))).)))))))))))).)) ( -38.50)
>DroYak_CAF1 150319 120 + 1
AGACAAACAUAAUUGAAUUACGGAAAGAGCGCACACGGACAUGGUUAUGAACACGGACACGUAUCCGGACAAGGACUACGGUGCGGCUACGUAACAUGCUCCUUAGUGUUUGUGUGCACU
...........................((.((((((((((((.((((((....((.((.(((((((......))).)))))).))....))))))..........)))))))))))).)) ( -36.00)
>consensus
AGACAAACAUAAUUGAAUUACGGAAAGAGCGCACACGGACAUGGUUAUGAACACGGACACGUAUACGGACAAGGACUACGGUGCGGCUACGUAACGUGCUCCUUAGUGUUUGUGUGCACU
...........................((.((((((((((((.(((......(((....))).....)))(((((.((((.((((....)))).)))).))))).)))))))))))).)) (-35.10 = -35.50 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	17,259,377 – 17,259,497
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.83
Mean single sequence MFE	-34.88
Consensus MFE	-33.50
Energy contribution	-33.58
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.30
SVM RNA-class probability	0.991964
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 17259377 120 - 23771897
AGUGCACACAAACACUAAGGAGCACGUUACGUAGACGCACCGUAGUCCUUGUCCGUAUACGUGUACGUGUUCAUAACCAUGUCCGUGUGCGCUCUUGCCGUAAUUCAAUUAUGUUUGUCU
(((((((((..(((.....((((((((((((((.(((.((..........)).))).)))))).)))))))).......)))..))))))))).....((((((...))))))....... ( -36.80)
>DroSec_CAF1 143037 120 - 1
AGUGCACACAAACACUAAGGAGCACGUUACGUAGCCGCACCGUAGACCUUGUCCGUAUACGUGUCCGUGUUCAUAACCAUGUCCGUGUGCGCUCUUUCCGUAAUUCAAUUAUGUUUGUCU
(((((((((..(((.....(((((((.((((((..((.((..........)).))..))))))..))))))).......)))..))))))))).....((((((...))))))....... ( -33.40)
>DroSim_CAF1 137903 120 - 1
AGUGCACACAAACACUAAGGAGCACGUUACGUAGCCGCACCGUAGUCCUUGUCCGUAUACGUGUCCGUGUUCAUAACCAUGUCCGUGUGCGCUCUUUCCGUAAUUCAAUUAUGUUUGUCU
(((((((((..(((.....(((((((.((((((..((.((..........)).))..))))))..))))))).......)))..))))))))).....((((((...))))))....... ( -33.40)
>DroEre_CAF1 146113 120 - 1
AGUGCACACAAACACUAAGGAGCACGUUACGUAGCCGCACCGUAGUCCUUGUCCGGAUACGUGUCCGUGUUCAUAACCAUGUCCGUGUGCGCUCUUUCCGUAAUUCAAUUAUGUUUGUCU
(((((((((..(((.....(((((((.((((((.(((.((..........)).))).))))))..))))))).......)))..))))))))).....((((((...))))))....... ( -36.30)
>DroYak_CAF1 150319 120 - 1
AGUGCACACAAACACUAAGGAGCAUGUUACGUAGCCGCACCGUAGUCCUUGUCCGGAUACGUGUCCGUGUUCAUAACCAUGUCCGUGUGCGCUCUUUCCGUAAUUCAAUUAUGUUUGUCU
(((((((((..(((.....(((((((.((((((.(((.((..........)).))).))))))..))))))).......)))..))))))))).....((((((...))))))....... ( -34.50)
>consensus
AGUGCACACAAACACUAAGGAGCACGUUACGUAGCCGCACCGUAGUCCUUGUCCGUAUACGUGUCCGUGUUCAUAACCAUGUCCGUGUGCGCUCUUUCCGUAAUUCAAUUAUGUUUGUCU
(((((((((..(((.....(((((((.((((((.(((.((..........)).))).))))))..))))))).......)))..))))))))).....((((((...))))))....... (-33.50 = -33.58 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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