| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,820,628 – 16,820,720 |
| Length | 92 |
| Max. P | 0.722610 |
| Location | 16,820,628 – 16,820,720 |
|---|---|
| Length | 92 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 106 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 88.34 |
| Mean single sequence MFE | -37.33 |
| Consensus MFE | -31.68 |
| Energy contribution | -32.57 |
| Covariance contribution | 0.89 |
| Combinations/Pair | 1.07 |
| Mean z-score | -1.82 |
| Structure conservation index | 0.85 |
| SVM decision value | 0.40 |
| SVM RNA-class probability | 0.722610 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16820628 92 - 23771897 -ACGGCGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGGCGGAGCUGACGGAGCCGACGCUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGUCGACCCAUGGCGGGAUUGU------------- -.((((((......(((((((((..((((......)))).))))))))).(((((((....))))))).).))))).(((.....))).....------------- ( -37.80) >DroSec_CAF1 9787 92 - 1 -ACGGCGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGGCGGAGCUGACGGAGCCGACGCUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGUCGACCCAUGGCGGGAUUGU------------- -.((((((......(((((((((..((((......)))).))))))))).(((((((....))))))).).))))).(((.....))).....------------- ( -37.80) >DroSim_CAF1 10427 92 - 1 -ACGGCGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGGCGGAGCUGACGGAGCCGACGCUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGUCGACCCAUGGCGGGAUUGU------------- -.((((((......(((((((((..((((......)))).))))))))).(((((((....))))))).).))))).(((.....))).....------------- ( -37.80) >DroEre_CAF1 9764 92 - 1 -ACGGCGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGGCGCAGCUGACGGAGCCGACGCUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGUCGACCUAUUGCGGGAUUGU------------- -.((((((......(((((((((..((((......)))).))))))))).(((((((....))))))).).))))).(((.....))).....------------- ( -35.40) >DroYak_CAF1 9867 92 - 1 -ACGGCGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGGCGGAGCUGACGGAGCCGACGCUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGUCGACCCAUUGCGGGAUUGU------------- -.((((((......(((((((((..((((......)))).))))))))).(((((((....))))))).).))))).(((.....))).....------------- ( -37.80) >DroAna_CAF1 9444 106 - 1 AACGAAGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGCAAGAGCUGACGAAUCCCUCGUUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGACGACCCGUUGGGUGGGUGUAAGCGGAGGGGGA .............(((..((((((......))))))..)))..((((((.(((....(((.(((((.(((.......)))....))))).)))...))).)))))) ( -37.40) >consensus _ACGGCGCAAAUAUGUUGGCUCUUAUCAGGCGGAGCUGACGGAGCCGACGCUGAUGGACGGCCAUUAGGGACGUCGACCCAUGGCGGGAUUGU_____________ ..((((((.....((((((((((..((((......)))).))))))))))(((((((....))))))).).))))).(((.....))).................. (-31.68 = -32.57 + 0.89)
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