Locus 6271

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	16,712,651 – 16,712,779
Length	128
Max. P	0.980678

overview

Window 8

Location	16,712,651 – 16,712,750
Length	99
Sequences	5
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.31
Mean single sequence MFE	-35.55
Consensus MFE	-22.82
Energy contribution	-24.98
Covariance contribution	2.16
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.87
SVM RNA-class probability	0.980678
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16712651 99 + 23771897
GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGAGGGUGGUUUGGCCACCACCCGAGUGCAAAUCACGGCUAGCCACCCACCACCCACCACCCACCGCCCACUGAGAAA
(((.((((...((((.((((....(((((((......)))))))..)))).))))..((....)).)))).)))......................... ( -34.10)
>DroSec_CAF1 19994 95 + 1
GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGAGGGUGGUUUAGCCACCCCUUGAGUGCAAAUCACGGCUAGCCACCCACC----ACCACCCACCGCCCACUGAGAAA
(((.((((...((((.(((((((.((((((.....)))))))))..)))).))))..((....)).)))).)----))..................... ( -34.90)
>DroSim_CAF1 20928 92 + 1
GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGGGGGUGGUUUAGCCACCCCAUGAGUGCAAAUCACUGCUAGCUACCCAC-------CACCCACCGCCCACUGAGAAA
(((.((((..((.(((((.....(((((((.....)))))))...((((.....))))))))))).)))).-------))).................. ( -33.60)
>DroEre_CAF1 20038 96 + 1
GUGGGCGGCUAGGCUGGCGCA-AGGGGUGGUUUAGCCACCCC--GAGUGCAAAUCAGGGCUAACCACUCACCACCCACCACCCACCACCCACUGAGAAG
(((((.((...((.(((.(((-.(((((((.....)))))))--...)))......(((..............))).))).)).)).)))))....... ( -40.14)
>DroYak_CAF1 22065 83 + 1
GUGGGCGGGGAGUCUGCCUCAGAGGGGUGGUUUAGCCAUCCC--GAGUGCAAAUCAGAGCUAACC--------------ACCCACCACCCACUGGGAAA
(((((.((..((((((((((...(((((((.....)))))))--))).)).....))).))..))--------------.)))))..(((...)))... ( -35.00)
>consensus
GUGAUGGGGAAGAUUGGCACAAGGGGGUGGUUUAGCCACCCC__GAGUGCAAAUCACGGCUAGCCACCCACC____ACCACCCACCGCCCACUGAGAAA
(((.((((...((((.((((...(((((((.....)))))))....)))).))))..((....))...............)))).)))........... (-22.82 = -24.98 +   2.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	16,712,651 – 16,712,750
Length	99
Sequences	5
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.31
Mean single sequence MFE	-40.58
Consensus MFE	-22.20
Energy contribution	-23.76
Covariance contribution	1.56
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.63
SVM RNA-class probability	0.968803
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16712651 99 - 23771897
UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCGGGUGGUGGCCAAACCACCCUCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC
.......(((((.(((.(((((.(((((((.(((.((((.(((.(.......).))).)))).)))..))))))).))...))).)))...)))))... ( -41.00)
>DroSec_CAF1 19994 95 - 1
UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGU----GGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCAAGGGGUGGCUAAACCACCCUCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC
...((((.(....).))))..((----((((((.((....))..((((.((((....(((((((.....)))))))...)))).))))...)))))))) ( -37.70)
>DroSim_CAF1 20928 92 - 1
UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUG-------GUGGGUAGCUAGCAGUGAUUUGCACUCAUGGGGUGGCUAAACCACCCCCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC
.............((((((((-------.(((....))).))..((((.((((....(((((((.....)))))))...)))).))))...)))))).. ( -35.60)
>DroEre_CAF1 20038 96 - 1
CUUCUCAGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGUGAGUGGUUAGCCCUGAUUUGCACUC--GGGGUGGCUAAACCACCCCU-UGCGCCAGCCUAGCCGCCCAC
.......(((((((((((.(((((((((((...((((((.((((((.......))--)))))))))).)))))))..-...)))).))..))))))))) ( -52.10)
>DroYak_CAF1 22065 83 - 1
UUUCCCAGUGGGUGGUGGGU--------------GGUUAGCUCUGAUUUGCACUC--GGGAUGGCUAAACCACCCCUCUGAGGCAGACUCCCCGCCCAC
.......((((((((.((((--------------((((((((((((.......))--))...)))).))))))))....(((.....))).)))))))) ( -36.50)
>consensus
UUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGU____GGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUC__GGGGUGGCUAAACCACCCCCUUGUGCCAAUCUUCCCCAUCAC
.............((((((...............((....))..((((.((((....(((((((.....)))))))...)))).))))...)))))).. (-22.20 = -23.76 +   1.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	16,712,673 – 16,712,779
Length	106
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.15
Mean single sequence MFE	-46.83
Consensus MFE	-26.14
Energy contribution	-27.42
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.53
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	1.51
SVM RNA-class probability	0.960011
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16712673 106 - 23771897
GGCUUAGCCAUCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCGGGUGGUGGCCAAACCACCCUC
((((.(((((((((.(((.(((.(((((((..((.....))..))))))).))).))))))))))))))))(((.....)))..(((((((......))))))).. ( -56.10)
>DroSec_CAF1 20016 102 - 1
GGCUUAGCCAGCCGGCUGGUCAGCGUCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUGGU----GGUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUCAAGGGGUGGCUAAACCACCCUC
((((.(((((.(((((((.(((.((((((........)))))).))).))))----..))).)))))))))(((.....)))....(((((((.....))))))). ( -49.20)
>DroSim_CAF1 20950 99 - 1
GGCUUAGCCAGCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUG-------GUGGGUAGCUAGCAGUGAUUUGCACUCAUGGGGUGGCUAAACCACCCCC
.(((.(((..(((.((((.(((.((((((........)))))).))).))-------)).))).))))))((((.....))))...(((((((.....))))))). ( -47.80)
>DroEre_CAF1 20059 104 - 1
GGCUUAGCCAUCCGGCUGGUCAGCGCCCGCUUCUCAGUGGGUGGUGGGUGGUGGGUGGUGAGUGGUUAGCCCUGAUUUGCACUC--GGGGUGGCUAAACCACCCCU
......((((((((.(((.(((.((((((((....)))))))).))).)))))))))))(((((((((....))))...)))))--(((((((.....))))))). ( -53.10)
>DroYak_CAF1 22087 90 - 1
GGCUUAACCAUCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCCCAGUGGGUGGUGGGU--------------GGUUAGCUCUGAUUUGCACUC--GGGAUGGCUAAACCACCCCU
......((((((((.((((..(((....)))..))))))))))))((((--------------((((((((((((.......))--))...)))).)))))))).. ( -40.30)
>DroAna_CAF1 17000 83 - 1
GGCUUAGCC-GCCGGCUGGUCAGCGAGCGCUACUCUGUGGG---------------------UGGUUAGCAGUGAUUUACACUCG-GGGGUGGCAAGAACCCCGUA
.(((.((((-(((.((.(((.(((....))))))..)).))---------------------))))))))((((.....))))..-(((((.......)))))... ( -34.50)
>consensus
GGCUUAGCCAGCCGGCUGGUCAGCGCCCGUUUCUCAGUGGGCGGUGGGUG_______GUGGGUGGCUAGCCGUGAUUUGCACUC__GGGGUGGCUAAACCACCCCC
((((.((((..((....))(((.(((((((......))))))).)))................))))))))...............(((((((.....))))))). (-26.14 = -27.42 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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