Locus 61

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	245,398 – 245,489
Length	91
Max. P	0.978532

overview

Window 7

Location	245,398 – 245,489
Length	91
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.51
Mean single sequence MFE	-36.67
Consensus MFE	-28.86
Energy contribution	-29.75
Covariance contribution	0.89
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-4.45
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.82
SVM RNA-class probability	0.978532
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 245398 91 + 23771897
GUUUUUCUGGCAGCCGAUUGCAAACAGUAAA-CAGCACGACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAGCGAGCUGC----GAACU
.........(((((((.((((..(((((..(-((((((.(.(((.(((.....))).)))).)))))))))))))))).)).)))))----..... ( -35.60)
>DroPse_CAF1 13818 94 + 1
AUUUAUCUAGCAGCCGCCUGCU--CAGUAAAGCAGCACAUCGCAAGGUUAUGUACCAAUUGGGUGCUGCGCUGAGCAAACGAGCUGCCUAUGAACU
.(((((...(((((((..((((--((((...((((((((((....)))......((....)))))))))))))))))..)).)))))..))))).. ( -41.90)
>DroSec_CAF1 13379 91 + 1
GUUUUUCUAGCAGCCGAUUGGAAACAGUAGA-CAGCACAACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAACGAGCUGC----GAACU
.........(((((((.(((...(((((..(-((((((...(((.(((.....))).)))..)))))))))))).))).)).)))))----..... ( -33.70)
>DroSim_CAF1 13796 91 + 1
GUUUUUCUAGCAGCCGAUUGGAAACAGUAGA-CAGCACAACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAACGAGCUGC----GAACU
.........(((((((.(((...(((((..(-((((((...(((.(((.....))).)))..)))))))))))).))).)).)))))----..... ( -33.70)
>DroEre_CAF1 13256 91 + 1
GUUUUUCUGGCAGCCGAUUGCAAACAGUAAA-CAGCACAAUCAUAGGUUAUUUACCAAUUUAGUGCUGUGCUGUGCAAGCGAGCUGC----GAACU
.........(((((((.((((..(((((..(-((((((.......(((.....)))......)))))))))))))))).)).)))))----..... ( -33.22)
>DroPer_CAF1 14188 94 + 1
AUUUAUCUAGCAGCCGCCUGCU--CAGUAAAGCAGCACAUCGCAAGGUUAUGUACCAAUUGGGUGCUGCGCUGAGCAAACGAGCUGCCUAUGAACU
.(((((...(((((((..((((--((((...((((((((((....)))......((....)))))))))))))))))..)).)))))..))))).. ( -41.90)
>consensus
GUUUUUCUAGCAGCCGAUUGCAAACAGUAAA_CAGCACAACGAUAGGUUAUUUACCAAUUUGGUGCUGUGCUGUGCAAACGAGCUGC____GAACU
((((.....(((((((.(((((..(((((...((((((.......(((.....)))......)))))))))))))))).)).)))))....)))). (-28.86 = -29.75 +   0.89)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	245,398 – 245,489
Length	91
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.51
Mean single sequence MFE	-34.15
Consensus MFE	-26.83
Energy contribution	-26.50
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-4.25
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972992
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 245398 91 - 23771897
AGUUC----GCAGCUCGCUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUCGUGCUG-UUUACUGUUUGCAAUCGGCUGCCAGAAAAAC
.....----(((((.((.((((((((.(((((((......(((.....))).......))))))-)...))))..)))).)))))))......... ( -30.92)
>DroPse_CAF1 13818 94 - 1
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>DroSec_CAF1 13379 91 - 1
AGUUC----GCAGCUCGUUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUUGUGCUG-UCUACUGUUUCCAAUCGGCUGCUAGAAAAAC
.....----(((((.((.(((.((((.(((((((......(((.....))).......))))))-)...))))...))).)))))))......... ( -27.92)
>DroSim_CAF1 13796 91 - 1
AGUUC----GCAGCUCGUUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUUGUGCUG-UCUACUGUUUCCAAUCGGCUGCUAGAAAAAC
.....----(((((.((.(((.((((.(((((((......(((.....))).......))))))-)...))))...))).)))))))......... ( -27.92)
>DroEre_CAF1 13256 91 - 1
AGUUC----GCAGCUCGCUUGCACAGCACAGCACUAAAUUGGUAAAUAACCUAUGAUUGUGCUG-UUUACUGUUUGCAAUCGGCUGCCAGAAAAAC
.....----(((((.((.((((((((.(((((((...((.(((.....))).))....))))))-)...))))..)))).)))))))......... ( -31.90)
>DroPer_CAF1 14188 94 - 1
AGUUCAUAGGCAGCUCGUUUGCUCAGCGCAGCACCCAAUUGGUACAUAACCUUGCGAUGUGCUGCUUUACUG--AGCAGGCGGCUGCUAGAUAAAU
........((((((.(((((((((((.(((((((......(((.....))).......)))))))....)))--))))))))))))))........ ( -43.12)
>consensus
AGUUC____GCAGCUCGUUUGCACAGCACAGCACCAAAUUGGUAAAUAACCUAUCGUUGUGCUG_UUUACUGUUUGCAAUCGGCUGCUAGAAAAAC
.........(((((.((.((((((((..((((((......(((.....))).......)))))).....)))..))))).)))))))......... (-26.83 = -26.50 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

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