| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,114,831 – 16,114,949 |
| Length | 118 |
| Max. P | 0.580041 |
| Location | 16,114,831 – 16,114,949 |
|---|---|
| Length | 118 |
| Sequences | 3 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 96.09 |
| Mean single sequence MFE | -46.13 |
| Consensus MFE | -40.99 |
| Energy contribution | -41.77 |
| Covariance contribution | 0.78 |
| Combinations/Pair | 1.02 |
| Mean z-score | -1.86 |
| Structure conservation index | 0.89 |
| SVM decision value | 0.09 |
| SVM RNA-class probability | 0.580041 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 16114831 118 + 23771897 --AAGACCCCGUGCAAUGUCUACGUCUACGGACGGAUGGCCAGCGGACACGCCGUACGUCGUAUGGCUACGGCUAUGGCUACGGCUAUAUGUGUGUACAUAUGCGUCUAGACUAGAUAGC --..............((((((.((((..(((((.(((....(((.(((.((((((.(((....)))))))))((((((....))))))))).)))...))).))))))))))))))).. ( -43.20) >DroSec_CAF1 686 120 + 1 GAAAGACCCCGUGCAAUGUCUACGUCUACGGACGGAUGGCCGGCGGACACGCCGUACGUCGUACGGCUACGGCUACGGCUACGGCUAUUGGUGUGUACAUAUGCGUCUAGACUAGAUAGC ................((((((.((((..((((((((((((((((....))))(((.(((((..(((....)))))))))))))))))).(((....)))...))))))))))))))).. ( -47.30) >DroSim_CAF1 1 118 + 1 --AAGACCCCGUGCAAUGUCUACGUCUACGGACGGAUGGCCGGCGGACACGCCGUACGUCGUACGGCUACGGCUACGGCUACGGCUAUAUGUGUGUACAUAUGCGUCUAGACUAGAUAGC --..............((((((.((((..(((((.((((((((((....))))(((.(((((..(((....)))))))))))))))))(((((....))))).))))))))))))))).. ( -47.90) >consensus __AAGACCCCGUGCAAUGUCUACGUCUACGGACGGAUGGCCGGCGGACACGCCGUACGUCGUACGGCUACGGCUACGGCUACGGCUAUAUGUGUGUACAUAUGCGUCUAGACUAGAUAGC ................((((((.((((..(((((.(((((((..(....)((((((.((((((....))))))))))))..)))))))(((((....))))).))))))))))))))).. (-40.99 = -41.77 + 0.78)
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