Locus 6013

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 16,051,029 – 16,051,189
Length 160
Max. P 0.889666
window9618 window9619

overview

Window 8

Location 16,051,029 – 16,051,149
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.91
Mean single sequence MFE -44.62
Consensus MFE -40.10
Energy contribution -40.85
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.96
SVM RNA-class probability 0.889666
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16051029 120 - 23771897
CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGACUUGCGCUGCCUUGUGUGCGCAUCUG
(((((((((..((....))....((((((..(((((((((.(((((........)))))((..(((......)))..))...........)))))))))))))))......))))))))) ( -45.40)
>DroSim_CAF1 19002 119 - 1
CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGG-GGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGACUUGCGCUGCCUUGUGUGCGCAUCUG
(((((((((..((....))....((((((..(((((((((((((((........))))))(-(..(((....)))..))...........)))))))))))))))......))))))))) ( -44.10)
>DroEre_CAF1 21838 118 - 1
CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGAC--GCGCUGACUUGUGUGCGCAUCUG
(((((((((.(.((((.(((((..((((.((((((((((.((((((........)))))).))))......))))))))(((((......)))))--))))))).)))).)))))))))) ( -44.50)
>DroYak_CAF1 44391 118 - 1
CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGAC--GCGCUGACUUGUGUGCGCAUCUG
(((((((((.(.((((.(((((..((((.((((((((((.((((((........)))))).))))......))))))))(((((......)))))--))))))).)))).)))))))))) ( -44.50)
>consensus
CGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCGUUUGUAUAUUUAGAC__GCGCUGACUUGUGUGCGCAUCUG
(((((((((.(.((((.(((((..((((.((((((((((.((((((........)))))).))))......))))))))(((((......)))))..))))))).)))).)))))))))) (-40.10 = -40.85 +   0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 16,051,069 – 16,051,189
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 99.58
Mean single sequence MFE -39.23
Consensus MFE -38.15
Energy contribution -38.40
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.664852
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 16051069 120 - 23771897
AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG
........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). ( -39.60)
>DroSim_CAF1 19042 119 - 1
AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGG-GGCAUAUGUUUGUAUCCG
........((((..(((((((((.((..(((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))-)))))))))))).)))). ( -38.10)
>DroEre_CAF1 21876 120 - 1
AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG
........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). ( -39.60)
>DroYak_CAF1 44429 120 - 1
AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG
........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). ( -39.60)
>consensus
AUGAAAUAGGAUUUCGAAUAUAUUGUAUCCCUCGUCGAACCGGGUGCGCUAGAUAAAUCAGCCGGCGGCAUGCGAGUCUGUUCGGAAUAUCAUAUUCGAGGGGGCAUAUGUUUGUAUCCG
........((((..(((((((((.((.((((((..(((((.(((..(((..((....)).(((...)))..)))..))))))))(((((...)))))))))))))))))))))).)))). (-38.15 = -38.40 +   0.25)

alignment

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