Locus 5965

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,978,853 – 15,979,013
Length	160
Max. P	0.989462

overview

Window 4

Location	15,978,853 – 15,978,973
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.35
Mean single sequence MFE	-22.71
Consensus MFE	-18.54
Energy contribution	-19.54
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.69
SVM RNA-class probability	0.824239
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15978853 120 + 23771897
AUUUCAACUCCAUUCAGCAAAUGAGUGCCACAGAGAUACAUACAUAUAUACGCAAAUUUAUGGCCGCGCAUAUCUGUAUGUACACUUAUAAUGUGACUAAUUUGCGAUCUCUCGAUUUUC
................((((((.(((..(((((((.((((((((.((((.(((............))).)))).))))))))..)))....))))))).))))))((((....))))... ( -26.00)
>DroSec_CAF1 8055 112 + 1
UUUUCAGCUCCAUUCAGCAAAUGAGUGCCACUGAGAU--------AUAUACGCAAAUUUAUGGCCGCACAUAUCUGUAUGUACAUUUAUAAUGUGACUAAUUUGCGAUCUCUCGAUUUUC
.((((((...((((((.....))))))...)))))).--------.....(((((((...(((.((((.(((..(((....)))..)))..)))).)))))))))).............. ( -24.20)
>DroSim_CAF1 8736 112 + 1
UUUUCAACUCCAUUCAGCAAAUGAGUGCCACUGAGAU--------AUAUACGCAAAUUUAUGGCCGCACAUAUCUGUAUGUACAUUUAUAAUGUGACUAAUUUGCGAUCUCUCGAUUUUC
...((.....((((((.....)))))).....(((((--------.....(((((((...(((.((((.(((..(((....)))..)))..)))).)))))))))))))))..))..... ( -21.30)
>DroEre_CAF1 8290 110 + 1
AUUUCAGCUCCAUUCAGCAAAUGAAUGCCACUGAGAU----------AUACGCAAAUUUAUGGCCGCACAUAUCUGUAUGUACAUUUAUAAUCUGACUAAUUUGCGAUCUCUCGAUUUUC
(((((((...((((((.....))))))...)))))))----------...((((((((((((......))))((..((((......))))....))..)))))))).............. ( -22.10)
>DroYak_CAF1 8228 110 + 1
AUUUCAGCUCCAUUCAGCAAACGAAUGCCACUGAGAU----------AUACGCAAAUUUAUGGCCGCACACAUCUGUAUGUACAUUUAUAAUCUGACUAAUUUGCGAUCUCUCGAUUUUC
(((((((...(((((.......)))))...)))))))----------...((((((((.(((..((.(((....))).))..))).............)))))))).............. ( -19.94)
>consensus
AUUUCAGCUCCAUUCAGCAAAUGAGUGCCACUGAGAU________AUAUACGCAAAUUUAUGGCCGCACAUAUCUGUAUGUACAUUUAUAAUGUGACUAAUUUGCGAUCUCUCGAUUUUC
.((((((...((((((.....))))))...))))))..............(((((((...(((.((((.(((..(((....)))..)))..)))).)))))))))).............. (-18.54 = -19.54 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	15,978,893 – 15,979,013
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.86
Mean single sequence MFE	-27.28
Consensus MFE	-25.34
Energy contribution	-25.46
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.17
SVM RNA-class probability	0.989462
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15978893 120 - 23771897
AUAGAAGAUUGAAGCCCAGAUUGGAUGAGUCUGGGAUUUGGAAAAUCGAGAGAUCGCAAAUUAGUCACAUUAUAAGUGUACAUACAGAUAUGCGCGGCCAUAAAUUUGCGUAUAUAUGUA
......((((((..((((((((.....)))))))).((((((...((....)))).))))))))))((((.....))))...((((.((((((((((........)))))))))).)))) ( -33.40)
>DroSec_CAF1 8092 115 - 1
AUAGAAGAUUGAAGCCCAGAUUGGAUGAGUCUGGGAUUUGGAAAAUCGAGAGAUCGCAAAUUAGUCACAUUAUAAAUGUACAUACAGAUAUGUGCGGCCAUAAAUUUGCGUAUAU-----
........(..((.((((((((.....)))))))).))..)...(((....)))((((((((.(((.(((.(((..(((....)))..)))))).)))....)))))))).....----- ( -29.20)
>DroSim_CAF1 8773 115 - 1
AUAGAAGAUUGAAGCCCAGAUUGGAUGAGUCUGGGAUUUGGAAAAUCGAGAGAUCGCAAAUUAGUCACAUUAUAAAUGUACAUACAGAUAUGUGCGGCCAUAAAUUUGCGUAUAU-----
........(..((.((((((((.....)))))))).))..)...(((....)))((((((((.(((.(((.(((..(((....)))..)))))).)))....)))))))).....----- ( -29.20)
>DroEre_CAF1 8327 113 - 1
AUAGAAGAUUGAAGCCCAGAUUGGAUGAGUCUUGGAUUUGGAAAAUCGAGAGAUCGCAAAUUAGUCAGAUUAUAAAUGUACAUACAGAUAUGUGCGGCCAUAAAUUUGCGUAU-------
...............(((((((.((......)).)))))))...(((....)))((((((((........(((...((((((((....))))))))...)))))))))))...------- ( -22.60)
>DroYak_CAF1 8265 113 - 1
AUAGAAGAUUGAAGCCCGGAUUGGAUGAGUCUUGGAUUUGGAAAAUCGAGAGAUCGCAAAUUAGUCAGAUUAUAAAUGUACAUACAGAUGUGUGCGGCCAUAAAUUUGCGUAU-------
........(..((.((.(((((.....))))).)).))..)...(((....)))((((((((........(((...((((((((....))))))))...)))))))))))...------- ( -22.00)
>consensus
AUAGAAGAUUGAAGCCCAGAUUGGAUGAGUCUGGGAUUUGGAAAAUCGAGAGAUCGCAAAUUAGUCACAUUAUAAAUGUACAUACAGAUAUGUGCGGCCAUAAAUUUGCGUAUAU_____
........(..((.((((((((.....)))))))).))..)...(((....)))((((((((.(((..((.....))(((((((....))))))))))....)))))))).......... (-25.34 = -25.46 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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