| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,241,011 – 15,241,117 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.988850 |
| Location | 15,241,011 – 15,241,117 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 88.54 |
| Mean single sequence MFE | -42.02 |
| Consensus MFE | -34.28 |
| Energy contribution | -34.58 |
| Covariance contribution | 0.31 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -4.05 |
| Structure conservation index | 0.82 |
| SVM decision value | 2.14 |
| SVM RNA-class probability | 0.988850 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 15241011 106 - 23771897 -GGCAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCAAAAAAU---AC -.(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).)))))).......---.. ( -42.30) >DroSec_CAF1 130311 106 - 1 -GGCAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCACAAAAU---AC -.(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).)))))).......---.. ( -42.30) >DroSim_CAF1 138117 106 - 1 -GGCAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGCGCACUGCAAAAAAU---AC -.(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).)))))).......---.. ( -43.90) >DroEre_CAF1 130428 106 - 1 -GGCAGU----------GAGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCGAAAAA---ACU -.(((((----------(..(((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).))))))......---... ( -43.50) >DroYak_CAF1 136251 110 - 1 CGGUAGU----------GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCGAAAAAUAAAAC ..(((((----------(.(.((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).)))))))))))))....))))))))))))).))))))............ ( -40.30) >DroAna_CAF1 123259 115 - 1 -GGCAGGGGCUUGGGCGGGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGACUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUC---CCUAUACUGAGAAAAAAAAGC- -........((..(...((((...(((((((((.(((((((((((((((..(((.......)))....)).))))))))))))).))))))))))---)))...)..))..........- ( -39.80) >consensus _GGCAGU__________GGGGCAGACGACAAUGCGUGACAAUAAGAGGCCACGGCUGACACUUGAACUGCGCUCUUAUUGUCAUUUAUUGUUGUUGUUUGUGCACUGCAAAAAAU___AC ..(((((...........(.(((((((((((((.(((((((((((((((.....(........)....)).))))))))))))).))))))))))...))).))))))............ (-34.28 = -34.58 + 0.31)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:53:07 2006