Locus 5500

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	15,085,639 – 15,085,742
Length	103
Max. P	0.866598

overview

Window 5

Location	15,085,639 – 15,085,742
Length	103
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.81
Mean single sequence MFE	-42.65
Consensus MFE	-27.27
Energy contribution	-28.75
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-2.27
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.54
SVM RNA-class probability	0.776010
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15085639 103 + 23771897
GUGGACCAAAAUUGAGGUGCCAUUCGUGGUUUGCGAUUUCAGUGGCUCUAGCCACUGACCCGCGCCGCAGGGUCCUCGGCUAUACAGCUUGUGGCACUGCCCA
(((((((........))).))))..(((((..(((...((((((((....))))))))..)))))))).((((.....((((((.....))))))...)))). ( -42.90)
>DroVir_CAF1 2818 103 + 1
AUAGCUCAAGAGCGCGGUGCCGUUGAUCGAUUGCGUUUUUAGCGGCUCCAGCCACUGGCCGGCACCGCAGGGUCCUCGCGAGUACAGUUUAUGGCACUGGCCA
...(((....))).(((((((((.(((.(.(((((..((..((((..((.(((...))).))..))))..))....)))))...).))).))))))))).... ( -37.90)
>DroSec_CAF1 2993 103 + 1
GUGGACCAAAAUCGAGGUGCCAUUCGUGGCUUGGGAUUUCAGUGGCUCUAACCACUGACCCGCGCCGCAGGGUCCUCGGCUAUACAGCUUGUGGCACUGCCCA
(..(........(((((.(((....(((((.((((...(((((((......))))))))))).)))))..))))))))((((((.....)))))).)..)... ( -44.30)
>DroEre_CAF1 2872 103 + 1
GUGGGCCAAAAUUGAAGUGCCAUUCGUGGCUUGCGAUUUCAGUGGCUCCAGCCACUGACCCGCGCCGCAGGGUCCUCGGCUAUACAGCUUGUGGCACUGCCCA
.(((((((....)).((((((((....((((.(((...((((((((....))))))))..)))((((.((....)))))).....)))).))))))))))))) ( -49.70)
>DroYak_CAF1 2886 103 + 1
AUGUGCCACGAUCGAGGUGCCAUUCGUGGCUUGUGAUUUCAGUGGCUCCAGCCACUGACCCGCGCCGCAGGGUCCUCGUGUAUACAGCUUGUGGCACUGCCCA
..(((((((((.(((((.(((....(((((..(((...((((((((....))))))))..))))))))..))))))))((....))..)))))))))...... ( -48.60)
>DroMoj_CAF1 2801 103 + 1
AUAGCCAAAGAGCGCACUGCCAUUGGUUGUUUGCGUUUUCAACGGCUCCAGCCAUUGGCCGGCACCACAAGGUCCUCGCGUGUAAAGCUUGUGACACUGGCCA
...((((..((((((((.((((.((((((...((((.....)).))..)))))).)))).((.(((....)))))....))))...)))).......)))).. ( -32.50)
>consensus
AUGGACCAAAAUCGAGGUGCCAUUCGUGGCUUGCGAUUUCAGUGGCUCCAGCCACUGACCCGCGCCGCAGGGUCCUCGGCUAUACAGCUUGUGGCACUGCCCA
.(((((.....((((((.(((....(((((..(((...((((((((....))))))))..))))))))..))))))))).......((.....))...))))) (-27.27 = -28.75 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	15,085,639 – 15,085,742
Length	103
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.81
Mean single sequence MFE	-42.67
Consensus MFE	-29.80
Energy contribution	-29.89
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.45
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.85
SVM RNA-class probability	0.866598
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 15085639 103 - 23771897
UGGGCAGUGCCACAAGCUGUAUAGCCGAGGACCCUGCGGCGCGGGUCAGUGGCUAGAGCCACUGAAAUCGCAAACCACGAAUGGCACCUCAAUUUUGGUCCAC
(((((.((((((...........((((((....)).))))((((.((((((((....))))))))..))))..........))))))..((....))))))). ( -43.30)
>DroVir_CAF1 2818 103 - 1
UGGCCAGUGCCAUAAACUGUACUCGCGAGGACCCUGCGGUGCCGGCCAGUGGCUGGAGCCGCUAAAAACGCAAUCGAUCAACGGCACCGCGCUCUUGAGCUAU
..((.(((((........))))).)).........(((((((((...((((((....)))))).....((....)).....)))))))))(((....)))... ( -39.20)
>DroSec_CAF1 2993 103 - 1
UGGGCAGUGCCACAAGCUGUAUAGCCGAGGACCCUGCGGCGCGGGUCAGUGGUUAGAGCCACUGAAAUCCCAAGCCACGAAUGGCACCUCGAUUUUGGUCCAC
(((((.((((((...(((.....((((((....)).))))..(((((((((((....))))))))...))).)))......))))))(........)))))). ( -41.00)
>DroEre_CAF1 2872 103 - 1
UGGGCAGUGCCACAAGCUGUAUAGCCGAGGACCCUGCGGCGCGGGUCAGUGGCUGGAGCCACUGAAAUCGCAAGCCACGAAUGGCACUUCAAUUUUGGCCCAC
((((((((((((...(((.....((((((....)).))))((((.((((((((....))))))))..)))).)))......))))))).((....))))))). ( -48.10)
>DroYak_CAF1 2886 103 - 1
UGGGCAGUGCCACAAGCUGUAUACACGAGGACCCUGCGGCGCGGGUCAGUGGCUGGAGCCACUGAAAUCACAAGCCACGAAUGGCACCUCGAUCGUGGCACAU
......(((((((....((....))(((((..(((((...)))))((((((((....))))))))........((((....)))).)))))...))))))).. ( -46.30)
>DroMoj_CAF1 2801 103 - 1
UGGCCAGUGUCACAAGCUUUACACGCGAGGACCUUGUGGUGCCGGCCAAUGGCUGGAGCCGUUGAAAACGCAAACAACCAAUGGCAGUGCGCUCUUUGGCUAU
(((((.(..(((((((((((......))))..)))))))..).)))))(((((..(((((((((..............)))))))((....)).))..))))) ( -38.14)
>consensus
UGGGCAGUGCCACAAGCUGUAUACCCGAGGACCCUGCGGCGCGGGUCAGUGGCUGGAGCCACUGAAAUCGCAAGCCACGAAUGGCACCUCGAUCUUGGCCCAC
(((((.((((((...((((((.............))))))(((..((((((((....))))))))...)))..........))))))..........))))). (-29.80 = -29.89 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

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