Locus 5450

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	14,922,324 – 14,922,422
Length	98
Max. P	0.996149

overview

Window 1

Location	14,922,324 – 14,922,422
Length	98
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.93
Mean single sequence MFE	-38.98
Consensus MFE	-31.82
Energy contribution	-32.29
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-4.55
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	2.66
SVM RNA-class probability	0.996149
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14922324 98 + 23771897
UUUUGGGAUAUCUG-GUCUAGAGAUAGCCGCUUCGAUUA---GUAUCUGCUGUGAAGUAGAAGUGGCUAUCUUCGCCAGAUCCCAACCAGCCCGAUAAUUGA
..((((((..((((-((...(((((((((((((((((..---..)))((((....)))))))))))))))))).))))))))))))................ ( -42.30)
>DroSec_CAF1 102915 99 + 1
UUUUGAGAUAUCUGAGUCUAGAGAUAGCCGCUCCGAUUA---GUAUCUGCUGUGAAGUAGAAGUGGCUAUCUCUGCCAGAUCCCAACCAGCCCGAUAAUUGA
......(..(((((.((..(((((((((((((.......---...((((((....))))))))))))))))))))))))))..).................. ( -32.50)
>DroSim_CAF1 100238 98 + 1
UUUUGGGAUAUCUG-GUCUAGAGAUAGCCGCUCCGAUUA---GUAUCUGCUGUGAAGUAGAAGUGGCUAUCUCUGCCAGAUCCCAACCAGCCCGAUAAUUGA
..((((((..((((-((..(((((((((((((.......---...((((((....)))))))))))))))))))))))))))))))................ ( -43.20)
>DroEre_CAF1 98383 98 + 1
UUUUGGGAUAUCUG-GUCUAGAGAUAGCCGCUCCGAUUA---GUAUCUGCUGUGAAGUAGAAGUGGCUAUCUCUGCCAGAUCCCAGCCAGCCCGAUAAUUGA
..((((((..((((-((..(((((((((((((.......---...((((((....)))))))))))))))))))))))))))))))................ ( -42.90)
>DroYak_CAF1 98364 98 + 1
UUUUGGGAUAUCUG-GUCUAGAGAUAGCCACUCCGAUUA---GUAUCUGCUGUGAAGUAGAAGUGGCUAUCUCUGCCAGAUCCCAGCCAGUGCGAUAAUUGA
..((((((..((((-((..(((((((((((((.......---...((((((....))))))))))))))))))))))))))))))).((((......)))). ( -44.80)
>DroAna_CAF1 89605 100 + 1
A-UUCGAAUAUCUC-GUCUGGAGAUAGACACUUCGAUUAUCUGUAUCCGAUGUCAAGUAGAGGUGGCUAUCUCUGCCAGAUCCCAGUUAGCCUGCUAAUUGU
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>consensus
UUUUGGGAUAUCUG_GUCUAGAGAUAGCCGCUCCGAUUA___GUAUCUGCUGUGAAGUAGAAGUGGCUAUCUCUGCCAGAUCCCAACCAGCCCGAUAAUUGA
..((((((..((((.((..(((((((((((((.............((((((....)))))))))))))))))))))))))))))))................ (-31.82 = -32.29 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	14,922,324 – 14,922,422
Length	98
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.93
Mean single sequence MFE	-32.73
Consensus MFE	-24.70
Energy contribution	-25.09
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-3.39
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.777694
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14922324 98 - 23771897
UCAAUUAUCGGGCUGGUUGGGAUCUGGCGAAGAUAGCCACUUCUACUUCACAGCAGAUAC---UAAUCGAAGCGGCUAUCUCUAGAC-CAGAUAUCCCAAAA
................((((((((((((..((((((((.((((..((....))..(((..---..))))))).))))))))...).)-))))..)))))).. ( -32.50)
>DroSec_CAF1 102915 99 - 1
UCAAUUAUCGGGCUGGUUGGGAUCUGGCAGAGAUAGCCACUUCUACUUCACAGCAGAUAC---UAAUCGGAGCGGCUAUCUCUAGACUCAGAUAUCUCAAAA
................((((((((((((((((((((((.((((..((....))..(((..---..))))))).)))))))))).).).))))..)))))).. ( -29.90)
>DroSim_CAF1 100238 98 - 1
UCAAUUAUCGGGCUGGUUGGGAUCUGGCAGAGAUAGCCACUUCUACUUCACAGCAGAUAC---UAAUCGGAGCGGCUAUCUCUAGAC-CAGAUAUCCCAAAA
................((((((((((((((((((((((.((((..((....))..(((..---..))))))).)))))))))).).)-))))..)))))).. ( -36.70)
>DroEre_CAF1 98383 98 - 1
UCAAUUAUCGGGCUGGCUGGGAUCUGGCAGAGAUAGCCACUUCUACUUCACAGCAGAUAC---UAAUCGGAGCGGCUAUCUCUAGAC-CAGAUAUCCCAAAA
.................(((((((((((((((((((((.((((..((....))..(((..---..))))))).)))))))))).).)-))))..)))))... ( -35.70)
>DroYak_CAF1 98364 98 - 1
UCAAUUAUCGCACUGGCUGGGAUCUGGCAGAGAUAGCCACUUCUACUUCACAGCAGAUAC---UAAUCGGAGUGGCUAUCUCUAGAC-CAGAUAUCCCAAAA
.........((....))((((((((((((((((((((((((((..((....))..(((..---..)))))))))))))))))).).)-))))..)))))... ( -40.30)
>DroAna_CAF1 89605 100 - 1
ACAAUUAGCAGGCUAACUGGGAUCUGGCAGAGAUAGCCACCUCUACUUGACAUCGGAUACAGAUAAUCGAAGUGUCUAUCUCCAGAC-GAGAUAUUCGAA-U
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>consensus
UCAAUUAUCGGGCUGGCUGGGAUCUGGCAGAGAUAGCCACUUCUACUUCACAGCAGAUAC___UAAUCGGAGCGGCUAUCUCUAGAC_CAGAUAUCCCAAAA
.................(((((((((((((((((((((.((((.........................)))).)))))))))).).).))))..)))))... (-24.70 = -25.09 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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