Locus 5226

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	14,413,128 – 14,413,287
Length	159
Max. P	0.966894

overview

Window 5

Location	14,413,128 – 14,413,247
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.05
Mean single sequence MFE	-24.40
Consensus MFE	-19.34
Energy contribution	-19.90
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.698377
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14413128 119 - 23771897
AAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGGAUCUAGAUAUAUGGAUUUUACGCCGCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUUAACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGGG-AAUUUAUGAAUA
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>DroSec_CAF1 15418 118 - 1
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>DroSim_CAF1 29208 120 - 1
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((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))))..............(((((.....)))))..((((((..(((((........)))))..)))))).... ( -28.10)
>DroEre_CAF1 34739 119 - 1
AAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCGUAUUUACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGUG-AAUUUAUGAUUA
((((((((.....(((((.(((((((...)))).))).))))))))))))).(((((.(((((...))))).).))))....((((((...((((........))))-..)))))).... ( -24.90)
>DroYak_CAF1 20740 119 - 1
GAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCACAUUAGCAUAAAAGCCACACUUUGCCAUGUG-AAUUUAUGAAUA
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>consensus
AAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUUAACAUAAAAACCACACUUUGCCAUGUG_AAUUUAUGAAUA
((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))))..............(((((.....)))))..((((((...((((........))))...)))))).... (-19.34 = -19.90 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,413,167 – 14,413,287
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.42
Mean single sequence MFE	-27.58
Consensus MFE	-21.52
Energy contribution	-21.48
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.48
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.966894
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14413167 120 - 23771897
UUGAUUAAUCAUUGCCUGCGUUUUUUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGGAUCUAGAUAUAUGGAUUUUACGCCGCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU
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>DroSec_CAF1 15457 119 - 1
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>DroSim_CAF1 29248 120 - 1
UUGAUUAAUCAUUGCCAGCAUUUUAUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU
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>DroEre_CAF1 34778 120 - 1
UUGAUUAAUUAUUGCCUACGUUUUUUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCGUAUU
(((((((((....((....)).....)))))))))....(((((((((.....(((((.(((((((...)))).))).))))))))))))))(((((.(((((...))))).).)))).. ( -26.10)
>DroYak_CAF1 20779 120 - 1
UUGAUUAAUUAUUGCCUACGUUUUUUAUUAAUCAAAGGUAGAUCCGUAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCUAUAAAAUGGAAGUCACAUU
(((((((((....((....)).....)))))))))(((((((((((((.....(((((.(((((((...)))).))).))))))))))))))...))))......((((.......)))) ( -25.30)
>consensus
UUGAUUAAUCAUUGCCUGCGUUUUUUAUUAAUCAAAUGUAAAUCCGAAUAUUAUCUCUCGAUCGAUUAGAUUGCAUCUAGAGAUAUGGAUUUUACGCCUCAAUGAAAUGGAAGUUCCAUU
(((((((((...((....))......)))))))))..(((((((((.....(((((((.(((((((...)))).))).)))))))))))).))))..........(((((.....))))) (-21.52 = -21.48 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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