Locus 5105

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 14,013,382 – 14,013,502
Length 120
Max. P 0.643107
window8088

overview

Window 8

Location 14,013,382 – 14,013,502
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.50
Mean single sequence MFE -45.46
Consensus MFE -33.62
Energy contribution -33.10
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.51
Mean z-score -1.18
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.643107
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 14013382 120 + 23771897
GUGGCGUGAGUACCACAAAUGUGGUGGAAGGUUAGCCGGUCAUCGUUCCUGGCUAUGGCUCGCGUGCUGGAAAUGGUCUCACUUAGGCCGCCGGCAGCGCCAGCGGCAUUCAUCUCGCUC
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>DroVir_CAF1 10912 120 + 1
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>DroGri_CAF1 11012 120 + 1
GUGGCAUGGCUGCCGCAGAUGUGAUGAAAUGUGAGCCGAUCAUCGUUGCGUGCGAUGGCCCGUGUGCUGGAUAUGGUCUCGCUCAAUCCACCAGCUGCACCGGCUACAUUCAUUUCGCUC
((((((....))))))....((((((((.(((.(((((.(((((((.....)))))))...(((((((((...(((...........)))))))).))))))))))))))))..)))).. ( -45.80)
>DroWil_CAF1 12552 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 11101 120 + 1
GUGGCAUGGCUGCCGCAAAUGUGAUGGAACGUGAGGCGAUCAUCGUUGCGUGCAAUGGCGCGCGUGCUGGAGAUGGUUUCGCUCAGGCCGCCAGCCGCGCCGGCCACGUUCAUCUCGCUC
((((((....))))))....((((..(((((((.(.((....((((((....)))))).(((((.(((((....(((((.....))))).)))))))))))).))))))))...)))).. ( -54.40)
>DroAna_CAF1 16676 120 + 1
GUGGCAUGAGUGCCGCAUAUGUGAUGGAAAGUCAAGCGAUCAUCAUUCCUAGCUGUGGCCCGAGUACUGGAUAUGGUCUCGCUCAGGCCGCCCGUUGCUCCGGCGACAUUCAUCUCGCUC
((((.(((((((.(((....(..((((.......(((..............)))((((((.((((...((((...)))).)))).))))))))))..)....))).))))))).)))).. ( -44.54)
>consensus
GUGGCAUGACUGCCGCAAAUGUGAUGAAAUGUGAGGCGAUCAUCGUUGCGUGCUAUGGCCCGUGUGCUGGAUAUGGUCUCGCUCAGGCCGCCAGCUGCGCCGGCCACAUUCAUCUCGCUC
((((((....))))))...((.((((((..(((.((((.....))))...)))..(((((.(((((((((...((((((.....))))))))))).)))).)))))..)))))).))... (-33.62 = -33.10 +  -0.52)

alignment

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secondary structure

Postscript

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