| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,898,417 – 13,898,518 |
| Length | 101 |
| Max. P | 0.748585 |
| Location | 13,898,417 – 13,898,518 |
|---|---|
| Length | 101 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.24 |
| Mean single sequence MFE | -40.54 |
| Consensus MFE | -23.62 |
| Energy contribution | -24.93 |
| Covariance contribution | 1.31 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.54 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | 0.47 |
| SVM RNA-class probability | 0.748585 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13898417 101 - 23771897 UG-----AUUACUGGCAUU------AUUGGCUGCAGAAAUGAUGUCGUACUCCUUGUCCAGAAGAUGUUGGGCAAUGAGCUGAAGAUCGGAGUUUGCUUGCGCCAGCAAGGU ..-----....(((((...------....((.(((((..((((.(((..(((.((((((((......)))))))).))).)))..))))...)))))..)))))))...... ( -29.71) >DroPse_CAF1 7087 109 - 1 UGCCGCUACCACUGGUGCU---GGUGUUCGCUGCCGUUAUGAUCUCGUACUCUUUGUCCAGCAGGUGCUGCGCAAUGUGCUGCAGAUCCGUGUUGGCCUGGGCCAGCAGCGU .((((.((((...)))).)---)))...((((((......((((((((((...((((.((((....)))).)))).)))).).))))).....((((....)))))))))). ( -41.70) >DroEre_CAF1 7201 101 - 1 UG-----ACCACCGGCAUU------AUUGGCUGCAGACAUGAUUUCGUACUCCUUGUCCAGGAGAUGUUGGGCAAUUUGCUGAAGAUCGGAGUUCGCUUGCGCCAGCAAUGC ..-----.......(((((------.(((((.(((..(..(((((((..(((((.....)))))((.((.(((.....))).)).))))))))).)..)))))))).))))) ( -31.00) >DroMoj_CAF1 8229 101 - 1 GG-----ACGAGGAGCUGC------GCCCGCGGCUGACAUAAUCUCGUACUCCUUGUCCAGCAGGUGCUGGGCAAUGUGCUGCAGAUCUGCGUUGGCCUGACCCAGCAGCGC ((-----((((((((((((------....)))))..((........))..))))))))).((((((.((((((.....))).)))))))))(((((......)))))..... ( -43.10) >DroAna_CAF1 6930 104 - 1 UG-----U---GCGGCAUUGGUCGCAUUGGCCGCCGACAUAAUCUCGUACUCUUUGUCCAGCAGGUGCUGGGCAAUGUGCUGCAGGUCGGAGUUGGCCUGCGUCAGCAGCGU .(-----(---(((((....)))))))..((.((.(((........((((...(((((((((....))))))))).)))).((((((((....))))))))))).)).)).. ( -50.30) >DroPer_CAF1 7082 109 - 1 UGCCGCUACCACUGGUGCU---GGUGUUGGCUGCCGUUAUGAUCUCGUACUCCUUGUCCAGCAGGUGCUGGGCAAUGUGUUGCAGAUCCGUGUUGGCCUGGGCCAGCAGCGU ...(((((((((....).)---)))(((((((((((.((((((((.((((.(.(((((((((....))))))))).).).))))))).)))).))))...))))))))))). ( -47.40) >consensus UG_____ACCACUGGCAUU______AUUGGCUGCCGACAUGAUCUCGUACUCCUUGUCCAGCAGGUGCUGGGCAAUGUGCUGCAGAUCGGAGUUGGCCUGCGCCAGCAGCGU ..........................(((((.((((((..((((((((((...(((((((((....))))))))).)))).).)))))...))))))....)))))...... (-23.62 = -24.93 + 1.31)
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