| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,483,116 – 13,483,233 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.535590 |
| Location | 13,483,116 – 13,483,233 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.68 |
| Mean single sequence MFE | -49.70 |
| Consensus MFE | -33.17 |
| Energy contribution | -36.40 |
| Covariance contribution | 3.23 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -2.59 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.00 |
| SVM RNA-class probability | 0.535590 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13483116 117 + 23771897 CGGGCGGCAACAGCACCGCGGCCAUCCAGCUGCUGGGCACCAUACAGCCGCGUGCCCGCAACGUCCAGGUGGUGGGCACCAAGCAAUUGGCCAAC---AGGCAGCUCAUCACCACCCAGC .(((((....).((...(((((......))))).(((((((........).))))))))...)))).((((((((((..(((....)))(((...---.))).))))))))))....... ( -54.20) >DroSec_CAF1 16759 117 + 1 CGGGCGGCAACAGCACAGCGGCCAUCCAGCUGCUGGGCACCAUACAGCCGCGUGCCCGCAACGUCCAGGUGGUGGGCACCAAGCAAUUGGCCAAC---AGGCAGCUCAUCACCACCCAGC .(((((....).((..((((((......))))))(((((((........).))))))))...)))).((((((((((..(((....)))(((...---.))).))))))))))....... ( -55.30) >DroSim_CAF1 21860 117 + 1 CGGGCGGCAACAGCACAGCGGCCAUCCAGCUGCUGGGCACCAUACAGCCGCGUGCCCGCAACGUCCAGGUGGUGGGCACCAAGCAAUUGGCCAAC---AGGCAGCUCAUCACCACCCAGC .(((((....).((..((((((......))))))(((((((........).))))))))...)))).((((((((((..(((....)))(((...---.))).))))))))))....... ( -55.30) >DroEre_CAF1 21532 117 + 1 CGGGCGGCAACAGCACCGCGGCCAUCCAACUGCUGGGCACCAUACAGCCGCGUGCCCGCAACGUCCAGGUGGUGGGCACCAAGCAAUUGGCCAAC---AGGCAGCUCAUCACCACCCAGC .(((((((..(......)..))).......(((.(((((((........).)))))))))..)))).((((((((((..(((....)))(((...---.))).))))))))))....... ( -51.10) >DroWil_CAF1 30047 118 + 1 CAGACAACAACAA--CAGCGGCUAUCCAACUGGUGGGCACCAUACAGCAAAGGGCACGAAAUGUUCAAGUGGUGGGAGCCAAGCAAUUGGCCACCAAUCGCCAGAUAUUGACUGCACAAA .............--..((((.((.....(((((((.((((((...((.....))..((.....))..))))))((.(((((....)))))..))..)))))))....)).))))..... ( -33.00) >DroAna_CAF1 21938 120 + 1 CUGGCGGCGGCAGCACGGCGGCCAUCCAGUUGGUUGGCACCAUCCAGCCCCGGGCCCGCAACGUCCAGGUGGUGGGGGCCAAACAAUUGGCCACCAGUAGGCAACUCAUCACUGCUCAGC ((((((((....))...((((((.....(((((.((....)).)))))....)).))))..)).))))((((((((((((((....)))))).((....))...))))))))........ ( -49.30) >consensus CGGGCGGCAACAGCACAGCGGCCAUCCAGCUGCUGGGCACCAUACAGCCGCGUGCCCGCAACGUCCAGGUGGUGGGCACCAAGCAAUUGGCCAAC___AGGCAGCUCAUCACCACCCAGC .(((((((....))...((((.(((.(.((((...(....)...)))).).))).))))..))))).((((((((((..(((....)))(((.......))).))))))))))....... (-33.17 = -36.40 + 3.23)
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