Locus 4547

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	13,083,723 – 13,083,863
Length	140
Max. P	0.980688

overview

Window 0

Location	13,083,723 – 13,083,823
Length	100
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.57
Mean single sequence MFE	-41.90
Consensus MFE	-32.48
Energy contribution	-32.92
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.72
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.63
SVM RNA-class probability	0.968665
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13083723 100 + 23771897
AGCGACUUCUGUCUCCCGGCUUUUGUCCCAU-----GUCCGAUGUCCAGUGGAUGGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCGCUG-GUAGAUAAGUCGAAUGCGA
..(((((..(((((.((((((((((((....-----(((((........)))))))))))).(((((((......)))))))))))-).))))))))))....... ( -40.40)
>DroSec_CAF1 71372 101 + 1
AGCGACUUCUGUCUCCCGGCUUUUGUCCCAU-----GUCCGAUGUCCAGUGGAUGGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCGCUGGGUAGAUAAGUCGAAUGCGA
..(((((..((((((((((((((((((....-----(((((........)))))))))))).(((((((......))))))))))))).))))))))))....... ( -43.40)
>DroSim_CAF1 66802 101 + 1
AGCGACUUCUGUCUCCCGGCUUUUGUCCCAU-----GUCCGAUGUCCAGUGGAUGGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCGUUGGGUAGAUAAGUCGAAUGCGA
..(((((..((((((((((((((((((....-----(((((........)))))))))))).(((((((......))))))))))))).))))))))))....... ( -40.90)
>DroEre_CAF1 68066 105 + 1
AACGACUUCUGUCCCCAGGCUUUUGUGCCAUGCAGUGUGCGAUGUCCAGUGGAUGGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCGCUG-GUAGAUAAGUCGAAUGCGA
..(((((..((((.((((.......((((((.((.((..(...)..)).)).))))))....(((((((......))))))).)))-)..)))))))))....... ( -40.20)
>DroYak_CAF1 70480 105 + 1
AACGACUUCUGUCUCCCGGCUUUUGUCCCAUUCAGUGUCCGUUGUCCAGUGGAUGGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCGCUG-GUAGAUAAGUCGAAUGCGA
..(((((..(((((.(((((...(.(((((((((.((..(...)..)).))))))).)).).(((((((......)))))))))))-).))))))))))....... ( -44.60)
>consensus
AGCGACUUCUGUCUCCCGGCUUUUGUCCCAU_____GUCCGAUGUCCAGUGGAUGGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCGCUG_GUAGAUAAGUCGAAUGCGA
..(((((..(((((.(((((................(((((..((((...))))..)).)))(((((((......))))))))))).).))))))))))....... (-32.48 = -32.92 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	13,083,757 – 13,083,863
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.01
Mean single sequence MFE	-39.60
Consensus MFE	-33.68
Energy contribution	-33.57
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.76
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	1.87
SVM RNA-class probability	0.980688
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13083757 106 + 23771897
CGAUGUCC--AGUGGAU----------GGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCG-CUG-GUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCAGAGGAU
.((((((.--.((((..----------.((.((.((((((((......))))))))-)).-))...((((((..(((.((((....)))).))).))))))))))..))))))....... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 71406 107 + 1
CGAUGUCC--AGUGGAU----------GGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCG-CUGGGUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCAGAGGAU
.((((((.--.((((.(----------(.(.((.((((((((......))))))))-)).).))..((((((..(((.((((....)))).))).))))))))))..))))))....... ( -39.80)
>DroSim_CAF1 66836 107 + 1
CGAUGUCC--AGUGGAU----------GGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCG-UUGGGUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCAGAGGAU
.((((((.--.((((..----------.((..((((((((((......))))))))-))..))...((((((..(((.((((....)))).))).))))))))))..))))))....... ( -40.50)
>DroEre_CAF1 68105 106 + 1
CGAUGUCC--AGUGGAU----------GGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCG-CUG-GUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCAGAGGAU
.((((((.--.((((..----------.((.((.((((((((......))))))))-)).-))...((((((..(((.((((....)))).))).))))))))))..))))))....... ( -40.30)
>DroYak_CAF1 70519 106 + 1
CGUUGUCC--AGUGGAU----------GGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCG-CUG-GUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCAGAGGAU
(((..(((--...))).----------.))).((((((((((......)))))))(-.((-((((((..((.(((((((.....))))).))))..))))))))).....)))....... ( -35.60)
>DroAna_CAF1 65771 115 + 1
-GAUGUCCACAGUGGCUUUCCAGCCCCGGAGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCUGGCUG-CUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCGCAG---
-((((((....((((((((((......)))))..(((((((((((......)).))))))-)))...(((((..(((.((((....)))).))).))))))))))..))))))....--- ( -41.10)
>consensus
CGAUGUCC__AGUGGAU__________GGCGAGAUGGCAGCCAUAUCAGGUUGCCG_CUG_GUAGAUAAGUCGAAUGCGAUAUGCGUAUCUCAUAGAUUUGCCACAAGACGUCAGAGGAU
.((((((....((((................((.((((((((......)))))))).)).......((((((..(((.((((....)))).))).))))))))))..))))))....... (-33.68 = -33.57 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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