Locus 4448

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	12,950,570 – 12,950,730
Length	160
Max. P	0.975504

overview

Window 6

Location	12,950,570 – 12,950,690
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.58
Mean single sequence MFE	-36.84
Consensus MFE	-36.66
Energy contribution	-36.50
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.44
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.921255
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12950570 120 + 23771897
CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG
...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.40)
>DroSec_CAF1 67796 120 + 1
CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG
...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.40)
>DroSim_CAF1 72642 120 + 1
CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG
...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.40)
>DroEre_CAF1 73896 120 + 1
CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCACGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG
...(((..((((((...((((.....(((((..((((.(((((.......))).)).............((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.60)
>DroYak_CAF1 71673 120 + 1
CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCAUGAUGAUGAACUAACACGAACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG
...(((..((((((...((((.....(((((..((((((((((.......))).)))............((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -38.40)
>consensus
CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG
...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... (-36.66 = -36.50 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	12,950,610 – 12,950,730
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.08
Mean single sequence MFE	-39.50
Consensus MFE	-36.84
Energy contribution	-36.84
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.65
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975504
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12950610 120 + 23771897
GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCCUCAA
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>DroSec_CAF1 67836 120 + 1
GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCCUCAA
((((((((((((((((((........)))((((((((....))))))))......)))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... ( -40.60)
>DroSim_CAF1 72682 120 + 1
GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCUGGCCUCAA
(((((((((..(((((((..((((..(((((((((((....)))))))).)))...))))......(((((.(((.....)))))))).))))).....))...))).))).)))..... ( -38.10)
>DroEre_CAF1 73936 120 + 1
GCCGCAGGAGGGCGCACGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCAAAUACCGGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCUUCAA
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>DroYak_CAF1 71713 120 + 1
GCCGCAGGAGGGCGCAUGAUGAUGAACUAACACGAACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCUUCAA
(((((((((((((((((.........(((((((((((....)))))))).))))))))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... ( -40.40)
>consensus
GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCCUCAA
(((((((((((((((...........(((((((((((....)))))))).)))..)))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... (-36.84 = -36.84 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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