Locus 4302

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,621,258 – 12,621,361
Length 103
Max. P 0.992384
window6656

overview

Window 6

Location 12,621,258 – 12,621,361
Length 103
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.67
Mean single sequence MFE -41.12
Consensus MFE -37.30
Energy contribution -38.63
Covariance contribution 1.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.32
SVM RNA-class probability 0.992384
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12621258 103 + 23771897
CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA
........((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.30)
>DroSec_CAF1 109122 103 + 1
CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA
........((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.30)
>DroSim_CAF1 112469 103 + 1
CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA
........((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.30)
>DroEre_CAF1 112175 95 + 1
--------GGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA
--------((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.00)
>DroYak_CAF1 114305 103 + 1
CGGGAUUUGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA
.......(((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...)))))))))))) ( -44.10)
>DroAna_CAF1 105601 93 + 1
----------CGGGACCAGUUGACCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAAAGGCGGCUGUGUGCUCACCUAACAGCGGGGUGUCGUCGCAUUAGCCACUCCUCCC
----------.((((..(((......(((.(((..........)))...)))((((((((((.(((((.......)))))..).)))).))))))))..)))) ( -25.70)
>consensus
CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA
........(((((((.....((((((((((..((((.........))))..))))))((((((((((((.....))))))..))))))...))))))))))). (-37.30 = -38.63 +   1.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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