Locus 4178

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,202,602 – 12,202,692
Length 90
Max. P 0.630351
window6482

overview

Window 2

Location 12,202,602 – 12,202,692
Length 90
Sequences 6
Columns 95
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.73
Mean single sequence MFE -32.05
Consensus MFE -28.00
Energy contribution -28.03
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.630351
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12202602 90 + 23771897
GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50)
>DroSec_CAF1 16950 90 + 1
GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50)
>DroSim_CAF1 17336 90 + 1
GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50)
>DroEre_CAF1 17480 90 + 1
GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50)
>DroYak_CAF1 17335 90 + 1
GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50)
>DroAna_CAF1 14495 95 + 1
GGCGUGGCAGCGAGGGGUGUGACGUGAGCAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGCGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.(((((((((((((((((.((((.(....(((((....).))))....)..))))....))))))...))).)).)))))).)))).). ( -34.80)
>consensus
GGCGUGGCGGC_____GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU
(.((((.((((.....(((.(.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...)))))))....)))).)))).). (-28.00 = -28.03 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:16:11 2006