| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,778,927 – 11,779,047 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.783425 |
| Location | 11,778,927 – 11,779,047 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 94.08 |
| Mean single sequence MFE | -45.80 |
| Consensus MFE | -38.18 |
| Energy contribution | -39.54 |
| Covariance contribution | 1.36 |
| Combinations/Pair | 1.03 |
| Mean z-score | -1.52 |
| Structure conservation index | 0.83 |
| SVM decision value | 0.56 |
| SVM RNA-class probability | 0.783425 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 11778927 120 - 23771897 GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACGCUAACGGAUCGUUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAGCGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..((((((((((((((((((((((((...(((..((.((((...))))))..))))))))))..)))))))).(((...(....)...)))))))).)))).. ( -46.10) >DroSec_CAF1 14631 120 - 1 GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACACUAACGGAUCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAACGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..((((.((((((.(((..((((((((.......(.(((((...))))).)...))))))))..)))......(((...(....)...))))))))))))).. ( -42.50) >DroSim_CAF1 13831 120 - 1 GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUAUGCUGGAGGGCAAUGUUACACUAACGGAUCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAGCGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..((((.((((((.(((..(((((((...(((..((.((((...))))))..))))))))))..)))......(((...(....)...))))))))))))).. ( -42.40) >DroEre_CAF1 15152 120 - 1 GGACGCUGAGCAACAGCGCCGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAUCCCUAACGGACCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUCAGCGGUCAGUCGGAAGUGGGUCGCCUAUGCCGGG ...(((((.....)))))(((((((.((((((((((((((((((((((...((.(....).))...)))).))))))))..))))))))(..(...(....)..)..))).)).))))). ( -50.10) >DroYak_CAF1 14609 120 - 1 GGACGCUGAGCGACAGCAUCGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACCCUAACGGACCGUUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUCAGCGGACAGUCGGAGGUGGGUCGCCUAUGCCGGG ((.((..(.(((((.((.((((((.(.(((((((((((((((((..((....)).(((.......)))...))))))))..))))))))).).))))))..))..))))))..))))... ( -47.90) >consensus GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACACUAACGGAUCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAGCGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..(((((((((((((((((((((((((.......(.(((((...))))).)...))))))))..)))))))).(((...(....)...)))))))).)))).. (-38.18 = -39.54 + 1.36)
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