Locus 3838

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	11,092,582 – 11,092,709
Length	127
Max. P	0.996082

overview

Window 4

Location	11,092,582 – 11,092,676
Length	94
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.83
Mean single sequence MFE	-30.72
Consensus MFE	-14.43
Energy contribution	-16.18
Covariance contribution	1.76
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.60
SVM RNA-class probability	0.795448
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11092582 94 - 23771897
UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUGCAUGUACAUACAU------AAAUACAGCGGUGC----A---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG
(((..((((.((((((((....)))))((((((((((------((.((((.(.....----.---..).)))).)))))))))-))).))).)))).)))........ ( -33.10)
>DroPse_CAF1 7475 104 - 1
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>DroSec_CAF1 3688 94 - 1
UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUGUACAUACAU------AAAUACAGCGGUGC----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG
(((..((((.((((((((....)))))((((((((((------((.((((.(.....----.---..).)))).)))))))))-))).))).)))).)))........ ( -33.10)
>DroSim_CAF1 4137 94 - 1
UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUGUACAUACAU------AAAUACAGCGGUGC----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG
(((..((((.((((((((....)))))((((((((((------((.((((.(.....----.---..).)))).)))))))))-))).))).)))).)))........ ( -33.10)
>DroEre_CAF1 3727 90 - 1
UGCGGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUAUA----CGU------AUAUACAGCGGUGG----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUA-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG
(((..(((((((((((((....))))))).----(((------(((((((.((((.(----.---......).))))))))))-)))).)).)))).)))........ ( -27.90)
>DroYak_CAF1 3719 90 - 1
UGCCGACCGAGGUAUGUACACAUACAUAUA----CGU------AUAUACAGCGGUGU----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG
(((..((((.(((.((((((.(((((((((----(.(------.(((((....))))----)---.).)))))..))))).))-))))))).)))).)))........ ( -28.20)
>consensus
UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUAUACAUACAU______AAAUACAGCGGUGC____G___AAGGUGUGAUUGUGUAUG_UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG
(((..((((.(((.((((((((((((....(((((...........(((....)))............)))))..)))))))).))))))).)))).)))........ (-14.43 = -16.18 +   1.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	11,092,616 – 11,092,709
Length	93
Sequences	5
Columns	93
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.55
Mean single sequence MFE	-23.88
Consensus MFE	-18.76
Energy contribution	-20.36
Covariance contribution	1.60
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.56
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	2.65
SVM RNA-class probability	0.996082
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11092616 93 + 23771897
CACACCUUUGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGCAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA
.......((((..............((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))).))))....... ( -27.22)
>DroSec_CAF1 3722 93 + 1
CACACCUUCGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA
..............(((........((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))))))......... ( -26.72)
>DroSim_CAF1 4171 93 + 1
CACACCUUCGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA
..............(((........((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))))))......... ( -26.72)
>DroEre_CAF1 3761 89 + 1
CACACCUUCCCACCGCUGUAUAUACG----UAUAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCCGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGAAACAACAAA
.....((((..((((..((((.((((----(((....))))))).))))..)))).(((...........)))......)))).......... ( -17.50)
>DroYak_CAF1 3753 89 + 1
CACACCUUCACACCGCUGUAUAUACG----UAUAUGUAUGUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA
..............((((((((((((----((....))))))))..))).(((((((((.............))))))))))))......... ( -21.22)
>consensus
CACACCUUCGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA
..............(((........((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))))))......... (-18.76 = -20.36 +   1.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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