Locus 3800

Window 2

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10964823 97 + 23771897
---------CACCAAGUUGGCCAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCGAUUUCCUGC-----CACCAGGCCAAUUGUUGCUGCCGUGCCA-AGGAGCCA--CUGCAGCAGCACCA
---------.....((((((((..((((..(((((((.....)))).))).....)-----)))..))))))))((((((((.(((.(.-....).))--).)))))))).... ( -41.20)
>DroVir_CAF1 88479 98 + 1
AGCUAAUGCUACC--GUUGCACAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCAAUUUCCUGC-----CACUUGGCCAAUUGUUGCUGCCGUG---CAAGAGCAACAC----CCAGCAC--
......((((...--(((((.(((((((....(((((.....)))))........)-----))))))......(.((((......)---))).))))))..----..)))).-- ( -30.90)
>DroPse_CAF1 101554 108 + 1
--CUGCCGCUACC--GUUGACCAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCAAUUUCCUGCCUUGCCUCUUGGCCAAUUGUUGCUCCCGUGCCAAAGGAGCAACACUGCCACAGCAC--
--...........--((((..((((.(((...(((((.....)))))...)))...)))).....((((....(((((((((.........)))))))))..))))))))..-- ( -35.80)
>DroSec_CAF1 97073 93 + 1
---------CACCAAGUUGGCCAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCAAUUUCCUGC-----CACCAGGCCAAUUGUUGCUGCCGUGCCA-AGGAGCCA--CUGCAGCAGC----
---------.....((((((((..((((....(((((.....)))))........)-----)))..))))))))((((((((.(((.(.-....).))--).))))))))---- ( -39.60)
>DroEre_CAF1 97732 97 + 1
---------CACCAAGUUGGCCAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCAAUUUCCUGC-----CACCAGGCCAAUUGUUGCUGCCGUGCCA-AGGAGCAA--CAGCAACUGCGGCA
---------..((.((((((((..((((....(((((.....)))))........)-----)))..))))))))(((((((...(((..-....))).--)))))))...)).. ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 97379 99 + 1
-GCUACUGCUACU--GUUGCACAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCAAUUUCCUGC-----CACUUGGCCAAUUGUUGCUGCCGUGCCGCAACAGCAACAC----ACA-CAC--
-((....))...(--(((((.(((((((....(((((.....)))))........)-----))))))......((((((.((...)).)))))))))))).----...-...-- ( -34.20)
>consensus
_________CACC__GUUGGCCAAGUGGAUAAUGCCAGAUAAUGGCAAUUUCCUGC_____CACCAGGCCAAUUGUUGCUGCCGUGCCA_AGGAGCAA__CUGCAACAGCAC__
...............((((.......(((...(((((.....)))))...)))......................(((((.((........)))))))........)))).... (-15.65 = -16.68 +   1.03) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 3

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10964823 97 - 23771897
UGGUGCUGCUGCAG--UGGCUCCU-UGGCACGGCAGCAACAAUUGGCCUGGUG-----GCAGGAAAUCGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGGCCAACUUGGUG---------
......((((((.(--((.(....-.).))).)))))).(((((((((.((((-----(...(....)((((.....)))).....))))).)))))).)))...--------- ( -39.20)
>DroVir_CAF1 88479 98 - 1
--GUGCUGG----GUGUUGCUCUUG---CACGGCAGCAACAAUUGGCCAAGUG-----GCAGGAAAUUGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGUGCAAC--GGUAGCAUUAGCU
--..(((((----.(((((((.(((---((((((...........)))(((((-----(........(((((.....)))))....)))))))))))).--)))))))))))). ( -38.20)
>DroPse_CAF1 101554 108 - 1
--GUGCUGUGGCAGUGUUGCUCCUUUGGCACGGGAGCAACAAUUGGCCAAGAGGCAAGGCAGGAAAUUGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGGUCAAC--GGUAGCGGCAG--
--.((((((.((..((((((((((.......)))))))))).(((((((((..((...)).(((...(((((.....)))))...))).))))))))).--.)).)))))).-- ( -47.80)
>DroSec_CAF1 97073 93 - 1
----GCUGCUGCAG--UGGCUCCU-UGGCACGGCAGCAACAAUUGGCCUGGUG-----GCAGGAAAUUGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGGCCAACUUGGUG---------
----..((((((.(--((.(....-.).))).)))))).(((((((((.((((-----(........(((((.....)))))....))))).)))))).)))...--------- ( -40.50)
>DroEre_CAF1 97732 97 - 1
UGCCGCAGUUGCUG--UUGCUCCU-UGGCACGGCAGCAACAAUUGGCCUGGUG-----GCAGGAAAUUGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGGCCAACUUGGUG---------
.(((...(((((((--(((..(..-..)..))))))))))..((((((.((((-----(........(((((.....)))))....))))).))))))...))).--------- ( -41.50)
>DroMoj_CAF1 97379 99 - 1
--GUG-UGU----GUGUUGCUGUUGCGGCACGGCAGCAACAAUUGGCCAAGUG-----GCAGGAAAUUGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGUGCAAC--AGUAGCAGUAGC-
--...-...----.((((((((((((.((......)).((((...(((....)-----)).(((...(((((.....)))))...)))..)))))))))--))))))).....- ( -36.70)
>consensus
__GUGCUGUUGCAG__UUGCUCCU_UGGCACGGCAGCAACAAUUGGCCAAGUG_____GCAGGAAAUUGCCAUUAUCUGGCAUUAUCCACUUGGCCAAC__GGUA_________
................(((((((........)).)))))...((((((.(((.........(((...(((((.....)))))...)))))).))))))................ (-18.04 = -18.98 +   0.94) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:06:56 2006