| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,356,290 – 9,356,410 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.585524 |
| Location | 9,356,290 – 9,356,410 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.44 |
| Mean single sequence MFE | -47.38 |
| Consensus MFE | -31.21 |
| Energy contribution | -32.63 |
| Covariance contribution | 1.42 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -1.55 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.10 |
| SVM RNA-class probability | 0.585524 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 9356290 120 + 23771897 GCCGCUAUGCUCUGCCACCCGGUUAUGAGGCUGAUAAGGUGGCCUCCACCUUGUCCUCCGAUGGUGUCCUGACCAUCAAGGUGCCCAAGCCACCGGCAAUCGAGGAUAAGGGCAACGAGC ...(((.(((...(((((((((((....)))))....)))))).....((((((((((.((((((......))))))..(((((....).)))).......)))))))))))))...))) ( -47.90) >DroVir_CAF1 6900 120 + 1 GCCGCUAUGCCCUGCCCCAGGGCUACGAGGCCGACAAGGUCGCUUCCACACUGUCCUCGGACGGAGUGCUCACAGUGAGCGUGCCGAAGCCGGCGGCAAUCGAGGAUAAGGGCAACGAGC ...(((.(((((((((....)))...(((((.(((...)))))))).....(((((((((.(((..(((((.....)))))..)))..(((...)))..)))))))))))))))...))) ( -53.30) >DroMoj_CAF1 7500 120 + 1 GCCGCUACGCUCUGCCCGAUGGCUAUGAAGCCGACAAAGUAACUUCAACCUUAUCCUCUGACGGUGUGCUCACUGUCAGCGUGCCGAAGCCAGCGGCCAUCGAAGAUAAGAGCAAUCCUC ........(((((.(.((((((((.(((((...((...))..)))))..(((..((.(((((((((....))))))))).).)...))).....))))))))..)...)))))....... ( -37.70) >DroAna_CAF1 5668 120 + 1 GCCGCUACGCUCUCCCGGAGGGCUACGAGGCCGACAAGGUGGCCUCCACUCUCUCCUCCGACGGAGUGCUCACCGUGAAUGUCCCCAAGCCGCCGGCAAUCGAGGACAAGGCCAGUGAGC ........(((((..(((((((....(((((((......))))))).......)))))))..)))))((((((.(.(..((((((...(((...)))....).)))))...)).)))))) ( -46.00) >DroSim_CAF1 6137 120 + 1 GCCGCUAUGCUCUGCCAGCCGGCUAUGAGGCUGAUAAGGUGGCCUCCACCUUGUCCUCCGAUGGUGUCCUGACCAUCAAGGUGCCCAAGCCACCGGCAAUCGAGGAUAAGGCCAACGAGC (((..(((.(((((((.(..((((.((.(((.((((((((((...))))))))))....((((((......)))))).....))))))))).).))))...))).))).)))........ ( -50.00) >DroEre_CAF1 5489 120 + 1 GCCGCUAUGCUCUGCCCCCCGGCUAUGAGGCCGAUAAGGUGGCCUCCACCUUGUCCUCCGAUGGCGUCCUAACCAUCAAGGUGCCCAAGCCACCGGCCAUCGAGGAUAAGGCCAACGAGC ........((((.(((....)))...(((((((......)))))))..((((((((((.((((((((....))......(((((....).)))).)))))))))))))))).....)))) ( -49.40) >consensus GCCGCUAUGCUCUGCCCCACGGCUAUGAGGCCGACAAGGUGGCCUCCACCUUGUCCUCCGACGGUGUCCUCACCAUCAAGGUGCCCAAGCCACCGGCAAUCGAGGAUAAGGCCAACGAGC ........((((.(((....)))...(((((((......)))))))..((((((((((.(((((........)))))...........(((...)))....)))))))))).....)))) (-31.21 = -32.63 + 1.42)
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