Locus 3115

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,042,791 – 9,042,904
Length 113
Max. P 0.983759
window4855

overview

Window 5

Location 9,042,791 – 9,042,904
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.14
Mean single sequence MFE -37.35
Consensus MFE -22.64
Energy contribution -24.20
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.89
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.95
SVM RNA-class probability 0.983759
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9042791 113 - 23771897
ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAUCAAGAACAGAGUCU----UGGGUCA---UAAAGAGAUUGCAAAUCGACGGCCUACAUUAUGUAACCAGACCUGUUUGUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU
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>DroSec_CAF1 21193 113 - 1
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>DroSim_CAF1 21686 113 - 1
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>DroEre_CAF1 21369 112 - 1
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>DroYak_CAF1 21571 112 - 1
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>DroAna_CAF1 22780 105 - 1
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>consensus
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secondary structure

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