Locus 2912

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,299,264 – 8,299,364
Length 100
Max. P 0.635100
window4548

overview

Window 8

Location 8,299,264 – 8,299,364
Length 100
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.03
Mean single sequence MFE -29.88
Consensus MFE -21.66
Energy contribution -21.55
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.635100
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8299264 100 + 23771897
UUUGGUUUU------GU-----UGGUGUUGUCGUGGUAAUUAUAACGACGCCCCGUUUGAUUGCCACAGAUAUGGUAAUAAUAUUUUUUCGGCCAACUUGUGCGGACUC------GA
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>DroSec_CAF1 5765 104 + 1
UUUGGUUUU-UUGGUGU-----UGGUGUUGUCGUGGUAAUUAUAACGACGCCCCGUUUGUUUGCCACAGAUAUGGUAAUAAUAUUU-UUCGGCCAAGUUGUGCGGACUC------GA
.........-.......-----.((((((((..((.....))..)))))))).((...((((((.((((...((((...((....)-)...))))..)))))))))).)------). ( -25.20)
>DroSim_CAF1 4433 105 + 1
UUUGGUCUUGUUGGUGU-----UGGUGUUGUCGUGGUAAUUAUAACGACGCCCCGUUUGAUUGCCACAGAUAUGGUAAUAAUAUUU-UUCGGCCAAGUUGUGCGGACCC------GA
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>DroEre_CAF1 4554 97 + 1
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-----.(---(....((-----(.(..(((((((((((((((.((((......))))))))))))))((((((.......))))))-....))))....)..).)))))------.. ( -29.50)
>DroYak_CAF1 4553 102 + 1
-----UU----UGCUGUUGGUUUGGCGUUGGCGUGGUAAUUAUAACGACGCCCCGUUUGAUUGCCACAGAUAUGGUAAUAAUAUUUUUUCGGCCAAGUUGUGCGGACCC------AA
-----..----.....((((.((.((((((((((((((((((.((((......))))))))))))))((((((.......)))))).....)))))....))).)).))------)) ( -31.10)
>DroAna_CAF1 9482 111 + 1
CC-CGUGU---UGCUGCU-UUAUGGUGUUGGCGUGGUAAUUAUAACGCCGC-CCGUUUGAUUGCCACAGAUAUGGUAAUAAUAUUUUUAUAGCCAAAACUGGCAGGCUCUGGCACAA
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>consensus
UU_GGUUU___UGCUGU_____UGGUGUUGGCGUGGUAAUUAUAACGACGCCCCGUUUGAUUGCCACAGAUAUGGUAAUAAUAUUU_UUCGGCCAAGUUGUGCGGACCC______GA
...............((.....((((......((((((((((.((((......))))))))))))))((((((.......)))))).....))))......)).............. (-21.66 = -21.55 +  -0.11)

alignment

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secondary structure

Postscript

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