Locus 2753

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,777,394 – 7,777,511
Length 117
Max. P 0.854256
window4303

overview

Window 3

Location 7,777,394 – 7,777,511
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.69
Mean single sequence MFE -57.69
Consensus MFE -41.78
Energy contribution -41.33
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.80
SVM RNA-class probability 0.854256
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7777394 117 + 23771897
CCGUGAGCCGAGGGAUACGCACU---CAAGCCCAGGGCAGCUGCCGCCGAAGUGGACGCCAUUGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAUGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU
(((((((((..(((.........---....)))..))).((..((((((.(((((...((((..((((.(......).))))..))))...))))).))))))..)).....)))))).. ( -51.52)
>DroPse_CAF1 20860 108 + 1
------------GCAUAGCCGCUGAUGAUGCCGGCGGCGGCCGCCGCCGAUGUGGACGCCAUGGUGGUCGUGGCCGUCGCCGUGGUGGAGGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUGAUGGGG
------------.(((((((((((.......)))))))(((((((((((..((((.(((((((((((.((....)))))))))))))....))))..)))))))))))..))))...... ( -62.20)
>DroSec_CAF1 17777 117 + 1
CCGUGCGCCGAGGGAUACGCACU---CAAGCCUAGGGCAGCUGCUGCCGAAGUGGACGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAAGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU
..(((((..........))))).---...(((((.(((((...)))))((((((..((((((.(..(((((..(((..(...)..)))..)))))..).))))))..)))).)).))))) ( -52.80)
>DroEre_CAF1 17819 117 + 1
CCAUGUGCCGGGGGAUAGGCACU---CAGGCCCAGGGCAGCUGCCGCCGAAGUGGACGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAAGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU
....(((((........))))).---...(((((.((((((..((((((.(((((...((((..((((.(......).))))..))))...))))).))))))..)...))))).))))) ( -58.90)
>DroYak_CAF1 18999 117 + 1
CCAUUCGCCGAGGGAUACGCACU---CAGGCCCAAGGCCGCCGCCGCCGAUGUGGAUGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAUGCCACCGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU
.(((((((.(((.........))---).((((...(((((((((((((...((((...)))))))))))))))))..))))...)))))))...((((((..((....))..)))))).. ( -61.40)
>DroPer_CAF1 21009 108 + 1
------------GCAUAGCCGCUGAUGAUGCCGGCGGCGGCCGCCGCCGAUGUGGACGCCAUGGUGGUCGUGGCCGUCGCUGUGGUGGAGGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUGAUGGGG
------------.(((((((((((.......)))))))(((((((((((..((((.(((((((((((.((....)))))))))))))....))))..)))))))))))..))))...... ( -59.30)
>consensus
CC_UG_GCCGAGGGAUACGCACU___CAAGCCCAGGGCAGCCGCCGCCGAAGUGGACGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAAGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU
.............................(((...))).((((((((((..((((...))))..))))))))))((((((....((((..(((((....)))))..)))).))))))... (-41.78 = -41.33 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:40:53 2006