Locus 2670

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,423,962 – 7,424,064
Length 102
Max. P 0.982207
window4179 window4180

overview

Window 9

Location 7,423,962 – 7,424,064
Length 102
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.19
Mean single sequence MFE -50.19
Consensus MFE -32.71
Energy contribution -33.35
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.24
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.91
SVM RNA-class probability 0.982207
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7423962 102 + 23771897
GGCCAAUUUGUUGCCGCAGCAGCAGUUGCUGCUGCAUCAGCAGAAUCUGCUAUCGAAUG------------CGGCGGUGGCCACAACGGU------AACGGCGGCUCCAAGUUCCAUUCA
((..((((((..(((((.......((..(((((((((((((((...)))))...).)))------------))))))..)).....((..------..)))))))..))))))))..... ( -41.40)
>DroVir_CAF1 84599 111 + 1
GGCCAAUUUGUUGCCACAGCAGCAGCUGUUGCUGCAUCAGCAGAAUCUGCUGUCGAAUGC---------GGCAGCCGUGGCCAGCACGGCGGCAACAACAGCGGCGCCCGGCGCUCUACA
.((....(((((((((((((....)))))((((((((((((((...))))))....))))---------))))((((((.....))))))))))))))..))(((((...)))))..... ( -53.60)
>DroPse_CAF1 72026 120 + 1
GGCCAAUUUGUUGCCGCAACAGCAGCUGCUGCUGCAUCAGCAGAGUCUGCUCUCAAAUGCCGCCACCGCGGCGGCAGUGGCCACCACGGCAGCCACAACGGCGGCUCCCGGUGCCCUCCA
((((.....((.(((((...(((((((.((((((...)))))))).)))))......(((((((.....)))))))))))).))..(((.((((.(....).)))).)))).)))..... ( -55.70)
>DroGri_CAF1 67653 111 + 1
GGCCAAUUUGCUGCCACAGCAGCAGCUGUUGCUGCAUCAGCAGAAUUUACUAUCAAAUGC---------GGCGGCUGUGGCCACAACAGCGGCCACGACAGCGGCGCCCGGCACACUUCA
.(((....((((((....))))))(((((((((((....(((...............)))---------.))))).((((((.(....).)))))))))))))))............... ( -46.06)
>DroWil_CAF1 92248 120 + 1
GGCCAAUUUGCUGCCACAGCAGCAACUUUUGCUGCAUCAGCAGAAUCUACUUUCGAAUGCUGCUACUGCAGCGGCAGUGGCCACUACGGCAGCCACGACAGCUGCUCCAAGUGCCCUCCA
.(((...(((((((....))))))).....((((((..(((((..((.......))...)))))..)))))))))((.(((.(((..((((((.......))))))...))))))))... ( -48.70)
>DroPer_CAF1 72644 120 + 1
GGCCAAUUUGUUGCCGCAACAGCAGCUGCUGCUGCAUCAGCAGAGUCUGCUCUCAAAUGCCGCCACCGCGGCGGCAGUGGCCACCACGGCAGCCACAACGGCGGCUCCCGGUGCCCUCCA
((((.....((.(((((...(((((((.((((((...)))))))).)))))......(((((((.....)))))))))))).))..(((.((((.(....).)))).)))).)))..... ( -55.70)
>consensus
GGCCAAUUUGUUGCCACAGCAGCAGCUGCUGCUGCAUCAGCAGAAUCUGCUAUCAAAUGC_________GGCGGCAGUGGCCACCACGGCAGCCACAACAGCGGCUCCCGGUGCCCUCCA
(((((.(((((((...(((((((....)))))))...))))))).............((((((....))))))....)))))......((.((.......)).))............... (-32.71 = -33.35 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 7,423,962 – 7,424,064
Length 102
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.19
Mean single sequence MFE -54.15
Consensus MFE -34.58
Energy contribution -35.80
Covariance contribution 1.22
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.74
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.64
SVM RNA-class probability 0.969193
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7423962 102 - 23771897
UGAAUGGAACUUGGAGCCGCCGUU------ACCGUUGUGGCCACCGCCG------------CAUUCGAUAGCAGAUUCUGCUGAUGCAGCAGCAACUGCUGCUGCGGCAACAAAUUGGCC
..........(((..(((......------..((.((((((....))))------------))..)).((((((...))))))..((((((((....)))))))))))..)))....... ( -39.30)
>DroVir_CAF1 84599 111 - 1
UGUAGAGCGCCGGGCGCCGCUGUUGUUGCCGCCGUGCUGGCCACGGCUGCC---------GCAUUCGACAGCAGAUUCUGCUGAUGCAGCAACAGCUGCUGCUGUGGCAACAAAUUGGCC
....(.((((...)))))(((.((((((((((((((.....))))))(((.---------((((....((((((...)))))))))).)))(((((....)))))))))))))...))). ( -50.90)
>DroPse_CAF1 72026 120 - 1
UGGAGGGCACCGGGAGCCGCCGUUGUGGCUGCCGUGGUGGCCACUGCCGCCGCGGUGGCGGCAUUUGAGAGCAGACUCUGCUGAUGCAGCAGCAGCUGCUGUUGCGGCAACAAAUUGGCC
.....(((....(..(((((...(((.((..((((((((((....))))))))))..)).)))...((.(((((.((((((((...)))))).))))))).)))))))..)......))) ( -65.00)
>DroGri_CAF1 67653 111 - 1
UGAAGUGUGCCGGGCGCCGCUGUCGUGGCCGCUGUUGUGGCCACAGCCGCC---------GCAUUUGAUAGUAAAUUCUGCUGAUGCAGCAACAGCUGCUGCUGUGGCAGCAAAUUGGCC
........(((((.....(((((.((((((((....))))))))....((.---------(((((.(.(((......)))).))))).)).)))))((((((....))))))..))))). ( -48.00)
>DroWil_CAF1 92248 120 - 1
UGGAGGGCACUUGGAGCAGCUGUCGUGGCUGCCGUAGUGGCCACUGCCGCUGCAGUAGCAGCAUUCGAAAGUAGAUUCUGCUGAUGCAGCAAAAGUUGCUGCUGUGGCAGCAAAUUGGCC
.((.((.((((..(.((((((.....)))))))..)))).)).))(((((((((.((((((.((((....)..))).)))))).)))))).....(((((((....)))))))...))). ( -56.70)
>DroPer_CAF1 72644 120 - 1
UGGAGGGCACCGGGAGCCGCCGUUGUGGCUGCCGUGGUGGCCACUGCCGCCGCGGUGGCGGCAUUUGAGAGCAGACUCUGCUGAUGCAGCAGCAGCUGCUGUUGCGGCAACAAAUUGGCC
.....(((....(..(((((...(((.((..((((((((((....))))))))))..)).)))...((.(((((.((((((((...)))))).))))))).)))))))..)......))) ( -65.00)
>consensus
UGGAGGGCACCGGGAGCCGCCGUUGUGGCUGCCGUGGUGGCCACUGCCGCC_________GCAUUCGAGAGCAGAUUCUGCUGAUGCAGCAACAGCUGCUGCUGCGGCAACAAAUUGGCC
...............(((((.((.((((((((....)))))))).)).(((((....))))).......(((((...)))))...((((((.....)))))).)))))............ (-34.58 = -35.80 +   1.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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