Locus 2417

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	6,804,007 – 6,804,107
Length	100
Max. P	0.996172

overview

Window 6

Location	6,804,007 – 6,804,107
Length	100
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.35
Mean single sequence MFE	-31.35
Consensus MFE	-19.62
Energy contribution	-19.53
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.84
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	2.66
SVM RNA-class probability	0.996172
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6804007 100 + 23771897
GGU-CGGACUUACAACAUUGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUC----------GAGAGCAUUGACAAUUGUUUGGGCCAUGUUUGUCAUCAUCA---UCGAC-----UGGCAGAGA-
(((-(((((....(((((.((((((((((((((((..((....)).----------.)))))).....))))))..)))).))))).))).......---.))))-----)........- ( -29.40)
>DroVir_CAF1 91711 84 + 1
AAC-CAGACUUACAACAUGGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUU----------GAGAGCGUUGACAAUUGUUUGGGCCUUGUUUGUCGACGU-------------------------
...-..(((..((((...(((((((((((.(.((..(((((((...----------..))))))))))))))))..)))))))))..))).....------------------------- ( -30.70)
>DroPse_CAF1 78962 111 + 1
CUA-CCGACUUACAACAUGGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUCGAGUCGAGUCGAGAGCAUUGACAAUUGUUUGGGCCAUGUUUGUCAUCCUCCUCAUCGUUGUUGCUG--------
...-..(((....((((((((((((((((((((((....(((((......)))))..)))))).....))))))..)))))))))).)))......................-------- ( -38.20)
>DroGri_CAF1 78005 96 + 1
AACAGAGACUUACAACAUUGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUC----------GAGAGCGUUGACAAUUGUUUGGGCCUUGUUUGUCGACAUCGACAUCGAC-----A---------
....((.......((((..((((((((((.(.((..(((((((...----------..))))))))))))))))..))))..))))(((((....)))))))...-----.--------- ( -30.00)
>DroMoj_CAF1 84434 83 + 1
UA--CAGACCUACAACAUGGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUU----------GAGAGCGUUGACAAUUGUUCGGGCCUUGUUUGUCGACGU-------------------------
..--..(((..((((...(((((((((((.(.((..(((((((...----------..))))))))))))))))..)))))))))..))).....------------------------- ( -29.80)
>DroAna_CAF1 75817 106 + 1
GGC-CGAACUUACAACAUUGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUC----------GAGAGCAUUGACAAUUGUUUGGGCCAUGUUUGUCAUCAUCA---UCGAUGUGGUUGUCAGUGCA
(((-((.....(((((((.((((((((((((((((..((....)).----------.)))))).....))))))..)))).))).))))((((....---..)))))))))......... ( -30.00)
>consensus
AAC_CAGACUUACAACAUGGCCCACAAUUUGCUCUAAACGCUCGUC__________GAGAGCAUUGACAAUUGUUUGGGCCAUGUUUGUCAACAUC____UCGA______U_________
......(((....((((..((((((((((((((((......................)))))).....))))))..))))..)))).))).............................. (-19.62 = -19.53 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	6,804,007 – 6,804,107
Length	100
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.35
Mean single sequence MFE	-32.37
Consensus MFE	-23.67
Energy contribution	-24.03
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	2.38
SVM RNA-class probability	0.993198
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6804007 100 - 23771897
-UCUCUGCCA-----GUCGA---UGAUGAUGACAAACAUGGCCCAAACAAUUGUCAAUGCUCUC----------GACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCAAUGUUGUAAGUCCG-ACC
-.........-----((((.---.(((....((((.(((.((((..((((((.....((((((.----------(((....))).)))))))))))))))).)))))))..)))))-)). ( -31.70)
>DroVir_CAF1 91711 84 - 1
-------------------------ACGUCGACAAACAAGGCCCAAACAAUUGUCAACGCUCUC----------AACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCCAUGUUGUAAGUCUG-GUU
-------------------------.....(((.((((.(((((..((((((((.(((((((..----------...)))))))....)).))))))))))).))))....)))..-... ( -29.80)
>DroPse_CAF1 78962 111 - 1
--------CAGCAACAACGAUGAGGAGGAUGACAAACAUGGCCCAAACAAUUGUCAAUGCUCUCGACUCGACUCGACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCCAUGUUGUAAGUCGG-UAG
--------...................(((....((((((((((..((((((((.(((((((((((......)))).)))))))....)).))))))))))))))))....)))..-... ( -37.60)
>DroGri_CAF1 78005 96 - 1
---------U-----GUCGAUGUCGAUGUCGACAAACAAGGCCCAAACAAUUGUCAACGCUCUC----------GACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCAAUGUUGUAAGUCUCUGUU
---------(-----((((((......)))))))((((..((((..((((((((.(((((((..----------...)))))))....)).))))))))))..))))............. ( -32.40)
>DroMoj_CAF1 84434 83 - 1
-------------------------ACGUCGACAAACAAGGCCCGAACAAUUGUCAACGCUCUC----------AACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCCAUGUUGUAGGUCUG--UA
-------------------------.....(((.((((.(((((..((((((((.(((((((..----------...)))))))....)).))))))))))).))))....)))..--.. ( -30.90)
>DroAna_CAF1 75817 106 - 1
UGCACUGACAACCACAUCGA---UGAUGAUGACAAACAUGGCCCAAACAAUUGUCAAUGCUCUC----------GACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCAAUGUUGUAAGUUCG-GCC
.((.(.(((.....((((..---....))))((((.(((.((((..((((((.....((((((.----------(((....))).)))))))))))))))).)))))))..))).)-)). ( -31.80)
>consensus
_________A______UCGA____GAUGACGACAAACAAGGCCCAAACAAUUGUCAACGCUCUC__________GACGAGCGUUUAGAGCAAAUUGUGGGCAAUGUUGUAAGUCUG_GUC
..............................(((.((((..((((..((((((((.(((((((((((......)))).)))))))....)).))))))))))..))))....)))...... (-23.67 = -24.03 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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