Locus 2406

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 6,766,889 – 6,767,016
Length 127
Max. P 0.922726
window3715 window3716

overview

Window 5

Location 6,766,889 – 6,766,989
Length 100
Sequences 6
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.71
Mean single sequence MFE -49.33
Consensus MFE -40.55
Energy contribution -39.92
Covariance contribution -0.63
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880022
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6766889 100 + 23771897
GGCGGGCGGAGCGGGUGGCGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUCGGCUAUGAGUCCUCCUAGGAUUCGGCGUCGAAUGGGUGGCCGCAUUUCAAGCGG
.((((.((..((((.((((((((...)))))))).))))((.(((((((..(((((((.....)))))))..))))))).)))).))))........... ( -47.60)
>DroVir_CAF1 41859 97 + 1
C---GGCGGUGCGGGCGGUGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUUGGUUACGAGUCCUCCUAGGACACAAUGCCAGACGGGUGGCCGGAAUGCAAGCGC
.---.(((.(((((((((((.....)).)))))(((((((((.((((((...(.((((.....)))).)...)))))))))))))))....))))..))) ( -44.60)
>DroGri_CAF1 38998 97 + 1
C---GGCGGUGCGGGUGGUGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUUGGCUAUGAGUCCUCCUAGGACCCACUGCCGGACCGGUGGCCGCAUUGCAAGCGU
.---.((((((((((((........)))))...(((((((.((((((((..((.((((.....)))).))..))))))))))))))))))))))...... ( -52.70)
>DroMoj_CAF1 42106 97 + 1
C---GGCGGUUCGGGUGGUGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUCGGCUACGAGUCCUCCUAGGACACGCUGUCGGACGGGUGGCCGCAAUGCAAGCGC
.---.((((((((.....))))).(((((.(.((((((((((.((((((..((.((((.....)))).))..))))))))))))))))))))))...))) ( -47.80)
>DroAna_CAF1 37279 100 + 1
GGCGGGCGGAGCGGGCGGCGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUCGGCUAUGAGUCCUCCUAGGACUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAGUUCAAGCGG
.((.....((((..(((((((((...)))))))(((((((((.((((((..(((((((.....)))))))..))))))))))))))))).))))..)).. ( -55.00)
>DroPer_CAF1 36166 100 + 1
UGCGGGCGGCGCCGGUGGGGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUUGGCUACGAGUCCUCCUAGGAUUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAUUUCAAGCGU
.((..(((((((((..(((........)))..))))((((((.((((((..(((((((.....)))))))..))))))))))))))))).......)).. ( -48.30)
>consensus
C___GGCGGUGCGGGUGGUGAAUAGCAUUCGUCGGCCGCCUGGUUCGGCUACGAGUCCUCCUAGGACUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAUUGCAAGCGC
.....((...(((((((........)))))))((((((((((.((((((..((.((((.....)))).))..))))))))))))))))........)).. (-40.55 = -39.92 +  -0.63)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 6,766,924 – 6,767,016
Length 92
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.24
Mean single sequence MFE -36.15
Consensus MFE -31.04
Energy contribution -30.15
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.922726
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6766924 92 + 23771897
CCGCCUGGUUCGGCUAUGAGUCCUCCUAGGAUUCGGCGUCGAAUGGGUGGCCGCAUUUCAAGCGGGAG---CAGCCCUAGAAU-------CGUACAGUCGAA
.((.((((((((((..(((((((.....)))))))..)))))))((((..((((.......))))...---..))))......-------....))).)).. ( -34.00)
>DroPse_CAF1 36529 82 + 1
CCGCCUGGUUUGGCUACGAGUCCUCCUAGGAUUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAUUUCAAGCGUGAGCCGCAGCCGUAGGA--------------------
...(((((((((((..(((((((.....)))))))..)))))))((((((((((.........))).)))))..)).)))).-------------------- ( -34.80)
>DroGri_CAF1 39030 92 + 1
CCGCCUGGUUUGGCUAUGAGUCCUCCUAGGACCCACUGCCGGACCGGUGGCCGCAUUGCAAGCGUGAG---CAGCCCUAGAU-------UCGUAUCCUCGAA
(((((.((((((((..((.((((.....)))).))..)))))))))))))...........((....)---).........(-------(((......)))) ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 42138 97 + 1
CCGCCUGGUUCGGCUACGAGUCCUCCUAGGACACGCUGUCGGACGGGUGGCCGCAAUGCAAGCGCGAG---CAGCCCUGAAAACCAGAUGCAGAUCU--GAC
(((((((.((((((..((.((((.....)))).))..)))))))))))))......((((.((....)---)....(((.....))).)))).....--... ( -37.80)
>DroAna_CAF1 37314 92 + 1
CCGCCUGGUUCGGCUAUGAGUCCUCCUAGGACUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAGUUCAAGCGGGAG---CAGCCCUAGAGC-------CGAACAGUCGAG
(((((((.((((((..(((((((.....)))))))..))))))))))))).(((.((((..((....)---).((......))-------.)))).).)).. ( -39.20)
>DroPer_CAF1 36201 82 + 1
CCGCCUGGUUUGGCUACGAGUCCUCCUAGGAUUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAUUUCAAGCGUGAGCCGCAGCCGUAGGA--------------------
...(((((((((((..(((((((.....)))))))..)))))))((((((((((.........))).)))))..)).)))).-------------------- ( -34.80)
>consensus
CCGCCUGGUUCGGCUACGAGUCCUCCUAGGACUCGGUGUCGAACGGGUGGCCGCAUUUCAAGCGUGAG___CAGCCCUAGAA________CG_A_____GA_
(((((((.((((((..(((((((.....)))))))..))))))))))))).(((.......)))...................................... (-31.04 = -30.15 +  -0.89)

alignment

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secondary structure

Postscript

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