| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,501,190 – 6,501,280 |
| Length | 90 |
| Max. P | 0.733400 |
| Location | 6,501,190 – 6,501,280 |
|---|---|
| Length | 90 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.97 |
| Mean single sequence MFE | -26.57 |
| Consensus MFE | -12.53 |
| Energy contribution | -12.78 |
| Covariance contribution | 0.25 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -2.19 |
| Structure conservation index | 0.47 |
| SVM decision value | 0.43 |
| SVM RNA-class probability | 0.733400 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 6501190 90 - 23771897 AUACGGUCGUAGUAUAUA-------------UGUACGUUCAUGUGGAGCACUGUGUUUGUAC--------AUAUAUACGUGUUUAUUUGGCGACAGCCGUUGUGAUUGCAC .(((....)))(((((((-------------((((((..((((((...))).)))..)))))--------))))))))((((((((.((((....))))..))))..)))) ( -29.70) >DroSec_CAF1 35436 90 - 1 ACACGGUCGUAGUAUAUA-------------UGUACGUUGAUGUGGAGCACUGUGUUUGUAC--------AUAUAUACGUGUUUAUUUGGCGACAGCCGUUGUGAUUGCAC ...........(((((((-------------((((((..((((..(....)..)))))))))--------))))))))((((((((.((((....))))..))))..)))) ( -26.70) >DroSim_CAF1 35867 90 - 1 ACACGGUCGUAGUAUAUA-------------UGUACGUUGAUGUGGAGCACUGUGUUUGUAC--------AUAUAUACGUGUUUAUUUGGCGACAGCCGUUGUGAUUGCAC ...........(((((((-------------((((((..((((..(....)..)))))))))--------))))))))((((((((.((((....))))..))))..)))) ( -26.70) >DroEre_CAF1 37778 86 - 1 AUACGGUCGCAGUAUAUA-------------UGUACGUUUAUGUGAAGCACUGUGUUU------------AUAUAUUCGUGUUUAUUUGGCGACAGCCGUUGUGAUUGCAC ...(((((((((...(((-------------..((((..((((((((........)))------------)))))..))))..)))..(((....))).)))))))))... ( -23.20) >DroYak_CAF1 37215 96 - 1 AUACGAUCGUAGUACAUAUAUACAAG---UAUGUAUGUUUAUGUGGAGCACUGUGUUU------------AUAUAUACGUGUUUAUUUGGCGACAGCCGUUGUGAUUGCAC .(((((((((((.(((((((((....---))))))))))))))..((((((.((((..------------....))))))))))....(((....)))))))))....... ( -26.00) >DroAna_CAF1 37319 106 - 1 ACACA-CAGAACUAUAUA----CAAAUUGCAUAUAUGUUUAUGCUGUUCUGCGUGUUUAUUUGUCAGGGAGUGUGCUUGUGUUUAUUUGGUGACAGGCGUUGUGAUUGCAC ((((.-((((((......----......(((((......))))).)))))).))))....((((((..(((((.((....)).)))))..))))))(((.......))).. ( -27.12) >consensus ACACGGUCGUAGUAUAUA_____________UGUACGUUUAUGUGGAGCACUGUGUUUGUAC________AUAUAUACGUGUUUAUUUGGCGACAGCCGUUGUGAUUGCAC (((((((.((..(((((.......................)))))..)))))))))......................((((((((.((((....))))..))))..)))) (-12.53 = -12.78 + 0.25)
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