Locus 2168

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,903,372 – 5,903,476
Length 104
Max. P 0.955753
window3365

overview

Window 5

Location 5,903,372 – 5,903,476
Length 104
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.05
Mean single sequence MFE -39.33
Consensus MFE -23.07
Energy contribution -24.05
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 1.46
SVM RNA-class probability 0.955753
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5903372 104 - 23771897
CCAAUCACCAG---UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCCUGUAUCAGUGCCUCGAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUCGUAUCGGCACAGUCCA
..........(---((((.((.((((((.....))))))))((((((..((.((((((((...(((((....))).)))))))))).)).)))))))))))...... ( -38.70)
>DroPse_CAF1 30942 89 - 1
AUGUCCUCCAU---UG------CAGCUGCGCUUCAAUUGCAGCUGUGCGUGGAUAAGGGCCUCUAAACAGUCGACGUA--AUCG-------GCUUCGCUGUAGUCCA
......(((((---((------((((((((.......)))))))))).)))))...((((..(.....((((((....--.)))-------))).....)..)))). ( -31.50)
>DroSec_CAF1 29547 104 - 1
CCCAUCACCAG---UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUGGUAUCGGCACAGUUCA
..........(---((((.((.((((((.....))))))))(((((.(.(((((((((((.....(((....)))...))))))))))).)))))))))))...... ( -43.70)
>DroSim_CAF1 29541 104 - 1
CCGAUCACCAG---UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUGGUAUCGGCACAGUUCA
(((((.(((((---(((.(((.((((((.....)))))))))..)))).(((((((((((.....(((....)))...))))))))))))))))))))......... ( -46.20)
>DroEre_CAF1 31528 104 - 1
UCGAUCACCAG---UGCCCUGACAGUUGAGACACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGGGCCUCCAGGCACUCGCCAUCGAAUUGGUCCAUGUCAUCGGCACAGUCCA
..........(---((((.((.((((((.....))))))))((((.((.((((((((.(((....)))..(((....))).)))))))).)))))))))))...... ( -37.00)
>DroYak_CAF1 31116 107 - 1
UCGAUCACCAGUAGUGCGCUGACAGCUAAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGAAUUGGUCCAACGUAUCGGCACAGUCCA
.............((((..((.(((((.......)))))))((((((.(((((((((((((....)))..(((....))))))))))))))))))).))))...... ( -38.90)
>consensus
CCGAUCACCAG___UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUGGUAUCGGCACAGUCCA
..............((((....((((((.....))))))..((((((((((((........)))))))....((((......)))).....)))))))))....... (-23.07 = -24.05 +   0.98)

alignment

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secondary structure

Postscript

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