Locus 2080

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,715,943 – 5,716,049
Length 106
Max. P 0.720892
window3243

overview

Window 3

Location 5,715,943 – 5,716,049
Length 106
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.68
Mean single sequence MFE -47.25
Consensus MFE -33.89
Energy contribution -34.62
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.37
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.720892
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5715943 106 - 23771897
--------------CAUUCCACGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUCUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCUCUUCUGGUACAGACAGUCGAUGCAUGUAGUGUACUCCGGU
--------------((((..(((((.((((.....(((((((((.......)))))))))((((..(((((((((.....))))))))).....)))))))))))))))))......... ( -40.80)
>DroVir_CAF1 104250 113 - 1
-------UCCCGCUUAGGCCGCGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGGCUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUAUUCGGGC
-------.((((..((.(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))))(((....)))))))))).)))..(((.......)))......)))))))).))..)))). ( -54.60)
>DroGri_CAF1 95530 106 - 1
-----CAU---------GCCACGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGUUUCUGAUACAGACAAUCAAUGCAUGUGGUAUAUUCUGGU
-----.((---------((((((((((((....(((((((((((.......)))))))))))...))))...((..(((((.......)).)))..))....))))))))))........ ( -42.40)
>DroWil_CAF1 113533 115 - 1
--GGUCAUGCC---CAUGUUUCUUGGUGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCUCUUCUGAUAGAGACAAUCAAUGCAUGUGGUAUACUCGGGA
--(((.(((((---(((((((((((((((....(((((((((((.......)))))))))))...)))))))))).((((((......)))))).......))))).))))))))..... ( -48.90)
>DroMoj_CAF1 107612 120 - 1
CCGGGCAUGCCGCUCAGUCCGCGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUCUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUACUCGGGC
(((((.(((((((.......(((((((((((..(((((((((((.......)))))))))))....(((((((((.....))))))))).)))).))).))))..))))))).))))).. ( -55.00)
>DroPer_CAF1 96384 106 - 1
--------------CAUGCCUCGGGGCGUUUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUACUCGGGC
--------------....((((..(((((....(((((((((((.......)))))))))))...)))))..))))......(((((((((.(((((....)).)))..))))).)))). ( -41.80)
>consensus
_______U______CAUGCCACGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUACUCGGGC
.................((((((((.(((....(((((((((((.......)))))))))))....(((((((((.....)))))))))..........))))))))))).......... (-33.89 = -34.62 +   0.73)

alignment

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secondary structure

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