Locus 1664

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,825,057 – 4,825,168
Length 111
Max. P 0.532738
window2575

overview

Window 5

Location 4,825,057 – 4,825,168
Length 111
Sequences 5
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.78
Mean single sequence MFE -28.51
Consensus MFE -23.20
Energy contribution -23.88
Covariance contribution 0.68
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.81
SVM decision value -0.00
SVM RNA-class probability 0.532738
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4825057 111 - 23771897
CGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC
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>DroSec_CAF1 52727 111 - 1
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>DroSim_CAF1 55177 115 - 1
UCUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAAGCAAGCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC
((((((.....(((((((((((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..)))))))))............))))))((((.(..((((....))))...).)))). ( -30.03)
>DroEre_CAF1 53828 111 - 1
UGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAGUUGAGUGCCUGAACAAUUUGGAGUAAGUACCAGUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUGCCC
.....................(((((.((((((((((----(..(((...(((((..(((...(((........))).)))...)))))..)))..)))).))).)))).))))) ( -26.80)
>DroYak_CAF1 53667 111 - 1
UGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAUUUGAGUGCUCGAACAAUUUGGAGUAAGUACCAGUGUCAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC
...........(((((((((.(((((..(((((....----..)))))..)))))...)))))))))....((((.((((((((((((......))))).))))))))))).... ( -27.30)
>consensus
UGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA____GCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC
...((((((..(((((((((((((((..((((((.......).)))))..))))))..)))))))))((...(((((.......)))))...)).....)))))).......... (-23.20 = -23.88 +   0.68)

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secondary structure

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